Но рядом с светлою стороною жизни христианской во время Суздальщины были и стороны мрачные, не согласные с духом истинной церкви, как в клире, так и в мирских людях. В церковном клире в это время нередко замечались значительные беспорядки; так, митрополит Кирилл в своих церковных правилах пишет, что некоторые епископы дерзали продавать священный сан, т. е. посвящать во священники и другие степени церковной службы за деньги, и учреждали при этом разные поборы под именем уроков и посошного. А по свидетельству Патерика Печерского, самые епископские кафедры получались происками у князей и других сильных мира и даже подарками. Епископ Симон Суздальский и Владимирский пишет печерскому иноку Поликарпу: «Писала ко мне княгиня Ростиславля Верхуслава, что она не пожалела бы потратить и тысячу серебра, только бы тебя поставить епископом Новгороду и Смоленску; но я отвечал ей, дочь моя Анастасия, дело небогоугодное ты хочешь сделать». А Феодор епископ Ростовский, современник Андрея Боголюбского, племянник знаменитого киевского боярина Петра Бориславича, получил сан епископа Ростовского обманом и подкупами у патриарха Константинопольского, обойдя киевского митрополита. Этот же Феодор, прибывши в Ростовско-Суздальскую землю, повел свое управление епархией с таким самовластием и жестокостью, что вооружил против себя и князя, и народ. Он не хотел принять благословения от киевского митрополита, и когда князь Андрей Боголюбский настаивал, чтобы он ехал в Киев принял благословение, и без того не признавал его своим епископом, то Федор, в ответ на требования князя затворил все церкви во Владимире и ключи церковные взял к себе, так что по всему городу не было ни звону, ни пения церковного. Мало этого, считая себя властью независимою, он начал страшные грабительства: у кого отнял села, у кого оружие, у кого коней, других предал работе и заточенью и разоренью не только простых, но иноков, игуменов и священников, иным людям порезывал головы и бороды, иным выжигал глаза, иным вырезывал язык, иных, распиная по стене, мучил немилостиво, желая исхитить от всех имение, ибо был жаден к богатству и ненасытен. Но таковое самовластие епископа в такой стране, как ростовская и суздальская, где общество всегда имело большое значение и голос, естественно, не могло быть продолжительно, едва ли прошло и два месяца, как князь Андрей Боголюбский по требованию народа приказал схватить Феодора и отвести в Киев на суд к митрополиту, где митрополит нарядил над ним суд и по приговору суда приказал отрезать ему язык, отсечь правую руку, выколоть глаза и отвезти на Песий остров в заточение. Летопись также свидетельствует, что епископ Ростовский Леон грабил священников, без нужды умножая церкви, и за это был изгнан ростовцами и суздальдами. Беспорядки, допускаемые епископами, естественно, вели к беспорядкам и в низшем духовенстве; так, митрополит Кирилл в своих правилах пишет, что в Новгородском крае многие священники, надеясь на своих прихожан, покорялись повелениям архиерея и предавались чрезмерному пьянству, так что начиная от Светлой недели до Всех Святых не служили ни литургии, ни отправляли других треб церковных. А прихожане иные силой удерживали таковых священников у себя, противясь повелениям архиерейским. Беспорядки в клире, естественно, давали простор беспорядкам и между мирянами; так, в правилах митрополита Кирилла между прочим указывается на языческие обычаи в божественные праздники творить некие бесовские позорища с свистаньем, кличем и воплем, на которых, по свидетельству летописи, в память Перуна, древнего идола, бились дрекольем до смерти и снимали с убитых платье. Потом указывается еще на другой старый языческий обычай – водить невест к воде; и наконец, на третий обычай праздновать Дионисов языческий праздник, собирая в субботу вечером в ночь на Св. Воскресенье мужей и жен вкупе для бесстыдных и развратных игр и плясок.

Мало этого, время Суздальщины было временем борьбы и споров между церковной иерархией, князем и обществом, в которой борьбе князь и общество представляли одно начало, а церковная иерархия другое. В это время в одном Новгороде были изгнаны народом три архиепископа, в Ростове также были изгнаны три епископа и один присланный митрополитом не принят. Андрей Боголюбский замыслил устроить особую митрополию в Ростовско-Суздальском крае, чтобы совершенно не зависеть от киевского; митрополита. В самом Киеве в это время были споры, признавать ли киевским митрополитом Климента, поставленного русскими епископами при Изяславе Мстиславнче, или Константина, присланного патриархом Константинопольским, так что Константин принужден был бежать в Чернигов, где и скончался. А в 1463 году Ростислав Киевский не хотел признать киевским митрополитом Иоанна, присланного константинопольским патриархом. Князь и общество, поддерживаемые некоторыми из духовенства, даже спорили об уставах церковных; так, в это время был довольно продолжительный и горячий спор о посте в среду и пяток, ежели в эти дни случатся какие господские праздники. Ростовцы и суздальцы, поддерживаемые каким-то беглецом, греческим епископом Феодором, выгнали от себя епископа Нестора за то, что он не разрешал есть мясо в среду и пяток в господские праздники, исключая дни Пасхи, Пятидесятницы, дня Рождества Христова и Богоявления. Грек Феодор разрешал ростовцам пост не только в господские праздники, но и в дни нарочитых святых. Потом ростовский епископ Леон не разрешал поста ни для каких праздников и, изгнанный из Ростова, спорил об этом предмете пред патриархом Константинопольским. В это же время и о том же предмете был спор в Киеве и в Чернигове: игумен Печерский Поликарп учил, подобно греку Феодору, что должно есть сыр и мясо не только в господские праздники, но и в дни нарочитые святых, ежели они случатся в среду или пяток; и это учение поддерживал черниговский князь Святослав и выгнал из Чернигова епископа Антония, не разрешавшего поста в господские праздники, случающиеся в среду или в пяток; митрополит же Киевский заточил Поликарпа Печерского за учение о нарушении поста в означенные дни. Но заточение Поликарпа, несмотря на то что сделано по соборному определению, не успокоило его последователей, и современники были недовольны судом митрополита и, по прямому замечанию летописи, даже говорили, что Киев был взят войсками Андрея Боголюбского за неправду митрополичью по делу Поликарпа.

Впрочем, явные и очень прискорбные беспорядки клира и мирских людей в церкви, отмеченные летописями и другими памятниками за время Суздальщины, были или случайными, отрывочными местными явлениями, или выражали естественный рост церкви и постепенное укоренение ее в русском обществе, но отнюдь не были выражением ее слабости или шаткости; чему лучшим доказательством служит то, что беспорядки сии скоро прекращались и не возбуждали сильных раздоров и разделения, столь гибельного в делах церкви. Естественно, что чем более поднимался рост церкви в обществе, тем заметнее становились временные и случайные недостатки тех или других клириков; а с другой стороны, чем глубже церковь проникала в общество, тем скорее отыскивала на глубине старую плесень язычества и разных суеверий, потерявших уже смысл, когда-то им принадлежавший. Все это было в порядке вещей, борьба была необходима для развития жизни; но, что всего важнее среди самых беспорядков, церковь во время Суздальщины, постепенно принимая на себя чисто народный характер, делалась чисто русскою церковью, яснее определяла и установляла свои отношения к русскому обществу и в то же время не разрывала мира и согласия с церковью Греческою. Во время Суздальщины замечается какая-то дружная и согласная деятельность клира и мирских людей на пользу церкви; так что о мире церкви одинаково заботятся и клир, и мирские люди; например, когда в 1227 году в Новгороде появились волхвы и начали делать разные волхвования и ложные знамения, то уже не духовенство одно на них восстало, а весь город, и граждане, сами приведши их на Ярославлев двор, предали сожжению. В самых беспорядках иерархии первые восставали против злоупотреблений низшее духовенство и мирские люди; так, по требованию низшего духовенства и мирских людей были изгнаны из Ростовской земли и преданы суду епископ Леон, грабивший священников, и самовластный и корыстолюбивый епископ Феодор.