В 40-е годы Бебутов активно участвовал в боевых действиях с мюридами на Северном Кавказе и за ряд одержанных побед над отрядами Шамиля в 1846 году получил чин генерал-лейтенанта и орден Св. Георгия 3-й степени. Теперь ему предстояло возглавить действия всех войск на Кавказском театре войны в борьбе не только с внутренним, но, прежде всего, с внешним противником.

Первоначально турки владели инициативой. 16 октября 1853 года их морской десант захватил форт Святого Николая на Черноморском побережье Кавказа. В это же время 58-тысячная армия противника начала наступление от Карса на Ахалцих и Александрополь. Слабые русские части прикрытия вынуждены были отходить, с трудом сдерживая противника.

Низкие темпы наступления турецких войск позволили Бебутову предпринять соответствующие меры. Был сформирован 7-тысячный отряд под командованием генерала И М. Андронникова, который 12 ноября на подступах к Ахалцихе нанес поражение 18-тысячному турецкому корпусу Али-паши и отбросили его к Карсу.

Поражение турок под Ахалцихе создало благоприятные условия для действий русских войск на александропольском направлении, где во главе соединения из 7 тысяч пехоты и 3 тысяч кавалерии находился сам командующий. 19 ноября в сражении при Башкадикларе он разгромил 36-тысячную армию Реймс-Ахмет-паши, уничтожив и пленив более 6 тысяч турок. Потери русских войск составили 319 человек убитыми и 976 ранеными. За одержанную победу Бебутов был удостоен ордена Св. Георгия 2-й степени.

Победы Кавказской армии на суше и русского флота в Синопском сражении на Черном море наглядно показали турецкому командованию, что на быструю победу на Кавказе рассчитывать не следует. Временно активные боевые действия в том регионе были приостановлены. Но к весне следующего года против 40-тысячной Кавказской армии турки имели уже более 100 тысяч штыков и сабель. С этими силами их командование рассчитывало в ходе кампании захватить все Закавказье.

В мае 1854 года турецкие войска возобновили наступление на русскую территорию. Их 12-тысячный отряд устремился к Кутаиси. Но 27 мая у Нигоети он был остановлен и разбит трехтысячным отрядом полковника князя Н.Д. Эрнстова. В ходе ожесточенного боя противник потерял 2 тысячи человек, русские — 149 человек убитыми и 313 ранеными.

Разгромленные турецкие части отошли к Чолоку, где соединились с частями Селима-паши, образовав 34-тысячный корпус. Там 4 июня он был атакован и рассеян 10-тысячным соединением генерала И.М. Андронникова. Потери турок в сражении составили 4 тысячи человек, русских -305 человек убитыми и 1202 ранеными.

Другой, 16-тысячный турецкий корпус, наступавший на Эривань со стороны Баязета, 17 июня на Чингильских высотах был встречен 3-тысячным отрядом генерал-майора барона К.К. Врангеля. После ожесточенного боя противник начал отступление, вскоре превратившееся в паническое бегство. Русские части, преследуя врага, буквально на его «плечах» ворвались в Баязет. Общие потери турок составили две тысячи человек убитыми, ранеными и 370 пленными. Урон русских был 149 человек убитыми и 299 ранеными.

Победы, одержанные русскими в мае и июне, вынудили турецкое командование действовать более крупными силами. Но и это не спасло положения. 24 июля 60-тысячная турецкая армия Зафир-Мустафа-паши у селения Кюрюк-Дана встретилась с 18-тысячным корпусом Бебутова. Сражение продолжалось с четырех часов утра до полудня и было выиграно русскими. Турки, потеряв более 8 тысяч человек убитыми и ранеными, 2018 пленными, 15 орудий и 26 знамен, отступили к Карсу. Урон русских составил 599 человек убитыми и 2455 ранеными. Николай I, узнав о результатах этого сражения, сказал: «Князь Бебутов решил удивить меня победой, я же удивлю его наградой», и послал генералу высший орден империи — Св. Андрея Первозванного.

Борьба с внешним противником временно отвлекла внимание и силы русского командования от Северного Кавказа. Турецкое командование решило использовать это в своих интересах и начало переговоры с Шамилем о военном союзе. Имаму была обещана большая военная помощь. Указом султана он был возведен в чин генералиссимуса черкесских и грузинских войск. И если черкесы считались подданными Турции, то грузин требовалось предварительно завоевать. По-видимому, именно это обстоятельство стало причиной активизации действий чеченцев на границе с Грузией. Летом 1854 года один из их отрядов, прорвав русские кордоны, спустился в Алазанскую долину, где, разделившись на части, где разгромил несколько богатых имений. В одном из них были захвачены княгини Орбелиани и Чавчавадзе — внучки последнего грузинского царя, вместе с детьми и слугами.

Происходившие события в Петербурге были истолкованы как следствие продолжительного отсутствия на Кавказе Воронцова и низких организаторских способностей Бебутова. Василий Осипович был отстранен от командования войсками и назначен управляющим гражданскими делами в Закавказье. Воронцов получил почетную отставку с чином генерал-фельдмаршала и умер на покое в 1856 году.

Намного сложнее оказалось найти нового военачальника, способного решить задачи вооруженной борьбы на отдельном театре войны. Неудачи русских войск на Дунае показали отсутствие полководцев в рядах армии. Пришлось искать в резервах. И тогда в Петербурге вспомнили об опальном генерале Н.Н. Муравьеве. В ноябре 1854 года он получил рескрипт императора о назначении наместником Кавказа и командующим всеми находившимися там войсками.

Николай Николаевич Муравьев свою боевую службу начал в Отечественную войну 1812 года и в заграничном походе русских войск в Западную Европу. В 1816 году он в составе посольства А.П. Ермолова посетил Персию, после чего остался на Кавказе. В 1819 году молодой офицер совершил разведывательную поездку в Среднюю Азию, описанную им в книге «Путешествие в Туркмению и Хиву», изданной в Москве в 1822 году. По результатам поездки Муравьев получил чин полковника и вновь вернулся на Кавказ. Там он в составе войск Паскевича участвовал в войнах с Персией и Турцией, за отличие при штурме Карса получил орден Св. Георгия 4-й степени, за Ахалцих — 3-ю степень этого ордена, а за другие бои — золотое оружие.

После завершения этих войн из-за разногласий с Паскевичем Муравьев покинул Кавказ, а вслед за тем вышел в отставку и занялся научной работой. И лишь 12 лет спустя, в 1849 году, во время венгерской войны, он вернулся на военную службу с чином генерал-лейтенанта и получил в командование резервный пехотный корпус. Спустя пять лет Николай Николаевич стал полным генералом и был назначен наместником Кавказа.

В его карьере большим препятствием было фамилия, созвучная с фамилией декабристов. Поэтому некоторые начальники к нему относились в пристрастием. Но позже все сомнения были развеяны после того как Муравьев заявил: «Я не из тех Муравьевых, кого вешают, я из тех, кто сам вешает врагов империи».

Ознакомившись по документам с делами Кавказского корпуса, собранными в Главном штабе в Петербурге, Муравьев нашел их весьма расстроенными. Хотя по спискам в корпусе числилось 260 тысяч человек, но войска эти были раздроблены и разбросаны по огромной территории. Солдаты и казаки в большей части отвыкли от походов, жили оседло, занимались хозяйством, и лишь выставляли дозоры для охраны своих станиц и селений. Значительное количество нижних чинов использовалось на всяких строительствах, заготовках камня и леса, на обслуживании хозяйств своих командиров.