Вдоль всего пути следования процессии стояли, отдавая честь, войска. Впереди всех вышагивали местные рыцари-масоны со своим штандартом и музыкой, затем шла гвардейская рота, городские школьники распевали псалмы, чинно вышагивало православное и протестантское духовенство. Отдельно шел герольд процессии — старый и испытанный друг адмирала генерал-цейхмейстер Ломен с церемониальным жезлом в руке, за ним офицеры несли три адмиральских флага, подушки с орденами и серебряную чашу. Катафалк с гробом везли лошади, запряженные шестерней. За катафалком же тянулся бесконечный генералитет, семья и местное дворянство. Замыкала всю процессию рота Павловского полка. Когда Грейга погребали, разом зазвонили все лютеранские и православные церкви. В тот день флотские офицеры заказали золотые перстни с инициалами своего бывшего командующего.

Смерть адмирала Грейга получила вскоре самое неожиданное продолжение. Дело в том, что кронштадтские масонские ложи «Нептуна», у которых Грейг числился в немалом звании мастера стула, потеряв всякую бдительность, закатили пышное траурное заседание по случаю смерти адмирала. На этом деятельность ложи, собственно, и закончилась. Екатерина II, узнав об этом заседании, велела кронштадтских масонов безжалостно разогнать. Основания у нее для этого были весьма веские. Шведская система, к которой, по-прежнему, принадлежало большинство российских лож, все еще подчинялась главе шведских масонов — «девятиградусному» Карлу Зюдерманландскому. А потому Карл, как и в прежние времена, слал в Кронштадт своим собратьям указующие меморандумы, прося лишь одного — денег. О том, давали или не давали эти деньги своему шведскому начальству российские масоны, история умалчивает, хотя ряд исследователей этой проблемы говорят прямо и однозначно: давали!

— Это же какую наглость надо иметь, чтоб на наши же деньги с нами и воевать! — возмущалась Екатерина, когда перед ней выложили целые пачки перлюстрированных писем.

Когда же ей доложили о масонском погребении Грейга, и о том, что Ревельские масоны задумали создать новую ложу памяти адмирала, императрица (что бывало с ней крайне редко) была взбешена:

— Мое терпение лопнуло, и лавочка масонская в России закрывается!

И закрыла и в первую очередь ложи «Нептуна» и «Аполлона». А чтобы придать делу масонского разгона и должный общественный резонанс, самолично в несколько ночей написала на злобу дня сразу две пьесы: «Обманщик» и «Обольщенный», которые велела ставить во всех столичных театрах. В последние годы царствования Екатерины два видных деятеля русского масонства, Новиков и поручик Кречетов, были заключены в Шлиссельбургскую крепость.

Павел Петрович, по вступлении на престол, немедленно освободил Новикова. Однако, в 1799 году снова последовало запрещение лож, подтвержденное Александром I в 1802 году. Несмотря на это, уже с 1803 года число масонских лож в России начало быстро увеличиваться. Имеется даже указание, что в 1803 году сам император Александр I был посвящен в масоны. Точны эти сведения или нет, во всяком случае, Александр I в течение многих лет своего царствования сочувствовал масонству. Т. Соколовская цитирует ответ русских масонов на пункты инструкции, данной Вибелю в Германии в 1818 году, что «здание масонства возобновлено и терпимо в России с 1809 года». В этот период среди русского масонства появилось очень сильное течение в сторону демократизации масонской организации. Это движение выразилось в создании новой великой ложи Астреи на новых основаниях, противных прежней иерархической структуре. Однако уже с 1820 года Александр I охладел к масонам и начал относиться с недоверием к их деятельности. Соколовская упоминает, что видный масон фон Визин не был назначен губернатором только вследствие своей принадлежности к масонству.

Ложи, о которых имеются сведения относительно принадлежности к ним флотских офицеров, как-то: Кронштадтская ложа Нептуна к надежде, Ревельская Изиды и Петербургская Избранного Михаила, принадлежали к союзу Астреи. Ложа Нептуна, так же как и Изиды, была в числе первых, принявших эту новую конституцию (с 20 августа 1815 года), а Избранного Михаила примкнула к ней 29 января 1816 года. Мастером стула этой последней ложи был граф Ф.П. Толстой, известный скульптор, бывший морской офицер. В этой ложе участвовали декабристы капитан-лейтенант Н. Бестужев и лейтенант Гвардейского экипажа Кюхельбекер. Другой офицер Гвардейского экипажа, Л.П. Беляев, отец которого был масоном и занимал пост секретаря в ложе Лабзина, посещал ложу Ланского.

Из более старших офицеров следует упомянуть С. Грейга, Барша и Спиридова, игравших видную роль в деятельности военно-морской ложи «Нептуна» в Кронштадте в XVIII веке».

Д.Н. Федоров-Уайт в своей работе «Русские флотские офицеры начала XIX века» пишет: «Из морских офицеров, стоявших близко к Павлу I, были масонами С.С. Плещеев и Г.Г. Кушелев. П.П. Голенищев, служивший адъютантом при адмирале Грейте и впоследствии сделавшийся попечителем Московского университета и академиком, был также членом масонской ложи. Н.П. Римский-Корсаков и А.О. Поздеев (служивший корпусным офицером) были также масонами.

Из этих офицеров Плещеев присоединился к масонству за границей, вступив в 1788 году в организацию Новый Израиль, основанную в Авиньоне графом Грабианкою. Имея влияние на Павла Петровича, Плещеев, назначенный в 1797 году состоять при государе, пытался вовлечь императора в масонство. Известный государственный деятель и создатель Черноморского флота не Мордвинов был членом московской ложи к мертвой голове.

Имеются указания, что в царствование Александра I кронштадская ложа Нептуна в значительной степени утеряла свой облик флотской ложи, свойственный ей в царствование Екатерины II, и объединяла проживавших в Кронштадте иностранцев, так же как и русских офицеров и гражданских чиновников этого города. Из письма князя П.М. Волконского В. Васильчикову от 7 (19) 1820 года видно, что в кронштадской ложе принимали участие и гвардейские офицеры: «с некоторого времени государь замечает, что много офицеров разных полков ездят в Кронштадт, так как там существует масонская ложа, вновь устроенная».

После запрещения масонских лож 1-го августа 1820 года в правительственных сферах существовало мнение, что «коль скоро ложи закроются, тогда члены оных или братья, как насекомые, расползутся по всем углам и, не имея над собой ни малейшего уже надзора, более и более заражать будут простодушных, непросвещенных и любопытных сограждан своих, тем паче, что бдение полиции не в силах тогда будет объять всех частичных их действий». Масоны пели перед самым запрещением:

Связуйте крепче узел братства;

Мы счастливы, нам нет препятства

Для добрых и великих дел.

Однако запрещение положило, по-видимому, резкий предел распространению масонства и оторвало от него значительное число членов. Беляев указывает, как запрещение повлияло на масонов-моряков: «Когда мы стояли с фрегатом в Бресте… гость… при пожатии руки подал… масонский знак… наш офицер прежде был масоном, то и ответил тем же… старший лейтенант фрегата Константин Иванович Ч… просил передать гостю, что у нас в России масонство запрещено».

Многие русские масоны поступали в ложи в бытность за границей. Есть указание на то, что неаполитанские карбонарии имели связи в России и даже были осведомлены о подготовке декабрьского восстания. Возможно, что эти связи установились во время длительных плаваний русских эскадр в Средиземном море. У Броневского есть в его «Записках» двусмысленная фраза: «бедные жители сих гор имеют свое пропитание от продажи угольев, почему и называют их карбонарии (угольщиками)». Не исключена возможность, что тут имеется намек на итальянских карбонариев.