От идеи создания польского правительства пришлось отказаться почти сразу, так как она не получила поддержки не только национальных демократов и их единомышленников, но и других партий и организаций. Но и из затеи с Национальным комитетом тоже ничего не вышло. В конце концов 18 декабря 1915 года в Варшаве на съезде представителей ППС, Национального рабочего союза и еще нескольких небольших левых партий и групп был создан Центральный национальный комитет (ЦНК), безоговорочно поддерживавший Пилсудского и его план. Поскольку ни одна из вошедших в ЦНК организаций не обладала сколько-нибудь массовой базой, то его влияние в обществе было незначительным.

После ухода на фронт 22 августа 1915 года варшавского батальона Польской военной организации, а затем и еще нескольких групп добровольцев работу по формированию этой очень важной для Пилсудского структуры пришлось начинать чуть ли не с нуля. С середины сентября 1915 года по поручению Пилсудского ее возглавил капитан Тадеуш Каспшицкий, один из самых близких ему на тот момент людей из 1-й бригады. Была подготовлена новая программная декларация организации, определившая в качестве стратегической цели подготовку собственных вооруженных сил с целью борьбы за независимость Царства Польского. Хотя в историографии широко распространено мнение, что одной из целей деятельности ПВО ее руководители считали подготовку сил к будущей борьбе с Центральными державами, в декларации на это не было ни малейшего намека. Там содержались только традиционные антироссийские выпады. Формально эта полуконспиративная структура имела аполитичный характер, но, учитывая политические амбиции Пилсудского и его ближайшего окружения, ее следует считать военно-политической организацией. В пользу такого определения говорит и то, что одной из важнейших задач ПВО ее руководители считали преодоление безразличного и даже враждебного отношения значительной части населения Царства Польского к идее изменения его государственного статуса. А это была задача сугубо политическая.

Формально аполитичный характер Польской военной организации позволял ей вести работу во всех слоях общества Царства Польского. В ее рядах состояли рабочие и крестьяне, ремесленники и предприниматели, интеллигенты и помещики. Несмотря на достаточно благоприятные условия для деятельности ПВО в обеих оккупационных зонах, рост ее рядов вряд ли можно назвать быстрым. В декабре 1916 года в Царстве Польском она насчитывала около семи тысяч членов обоего пола.

После возвращения в сентябре 1915 года из Отвоцка на фронт главным объектом нападок Пилсудского становится командование польского легиона. Причем бригадир не останавливался даже перед неисполнением приказов вышестоящего командования, как это было в случае с так называемым маршем на Черемошно на Волыни. Суть происшествия такова. Получив приказ командира польского легиона генерала Кароля Дурского-Тшаски об отправке двух батальонов 1-й бригады на другой участок фронта, Пилсудский не выполнил его, а поднял бригаду по тревоге под предлогом атаки русских на одну из рот бригады и покинул расположение кавалерийского корпуса, которому она была придана, в неизвестном направлении «за реку Стырь». Этот демарш Пилсудского сошел ему с рук, хотя Дурский требовал отстранения его от командования бригадой.

И на фронте главным для Пилсудского оставалась политическая деятельность. Воспользовавшись тем, что в сентябре 1915 года все три бригады легиона оказались на одном участке фронта, будущий маршал развернул активную деятельность по распространению на них своего влияния. Одним из средств к этому стала идея «легионизации легиона», то есть замены в них австрийских офицеров польского происхождения легионерами. Сама по себе идея была весьма привлекательной, давая возможность продвинуться по служебной лестнице тем офицерам из числа легионеров, которые не имели военного образования. В случае ее реализации у Пилсудского появлялся шанс занять место командира легиона.

Не без его ведома офицерами 1-й бригады было направлено открытое письмо своим коллегам из двух других бригад с протестом против попыток неодинаковой трактовки командованием прав и обязанностей легионеров. Сам Пилсудский его не подписал, но зато не преминул переслать это обращение председателю ГНК Яворскому, снабдив его сопроводительным письмом. В нем он помимо прочего опять угрожал подать в отставку, если к командованию легиона не будут приняты меры. Поскольку Яворский проигнорировал его требования, в середине ноября 1915 года Пилсудский дал аналогичные по содержанию инструкции своим агентам влияния в Главном национальном комитете Дашиньскому и Сокольницкому. Но и на этот раз его усилия не увенчались успехом.

Не исключено, что последовательная критика Пилсудским командования легиона могла оказать какое-то влияние на уход в первой половине декабря 1915 года Дурского в длительный отпуск и последующее его отстранение от командования легионом в конце января 1916-го. Но причиной мог быть и возраст генерала, родившегося в 1849 году. Пилсудский попытался использовать этот момент в своих целях, выступив устами Соснковского с предложением Главному национальному комитету развернуть польский легион в 150-тысячную армию. Основным условием этого была передача командования армией кому-то из легионеров. Но и из этой инициативы ничего не вышло, ГНК идея не заинтересовала, а новым командиром был назначен очередной польский генерал на австрийской службе – Станислав Пухальский. В борьбе Пилсудского с командованием легиона наступил перерыв, так как никто не знал, какую политику будет проводить новый командир. Но это не значило, что Пилсудский прекратил свои усилия по политизации легиона. Воспользовавшись инициативой снизу, он создал в середине февраля 1916 года Совет полковников в составе командиров полков 1-й и 2-й бригад – по сути политический орган, не предусмотренный ни одним армейским уставом. С его помощью он планировал оказывать давление на командование легиона.

27 февраля 1916 года Пилсудский решился на важный шаг – возвращение в католицизм. Акт об отречении от протестантизма и переходе в лоно католической церкви был составлен капелланом 1-го пехотного полка 1-й бригады Хенриком Чепихаллом. Его заверили ближайшие Пилсудскому люди – начальник штаба Соснковский и адъютант Венява-Длугошовский. Невозможно установить, что послужило причиной этого решения, которое почти до конца жизни Пилсудского хранилось в тайне. Можно только строить предположения, но в данном случае это не очень продуктивное занятие. Известно только, что этот глубоко личный шаг бригадир сделал во время своей очередной «инфлюэнцы». Пилсудский никогда не отличался крепким здоровьем и часто простужался, что в полевых условиях не было чем-то исключительным. Стоит напомнить, что его возраст приближался к пятидесяти, а жил он на фронте в таких же условиях, как и его подчиненные.

В начале марта 1916 года Пилсудский оставил 1-ю бригаду, вместе с двумя другими находившуюся на зимних квартирах, и уехал в отпуск, во время которого планировал подлечиться, а также решить волновавшие его политические проблемы. К числу главных на тот момент вопросов он относил «легионизацию» и передачу ему командования всеми формированиями легиона, свертывание деятельности военного департамента ГНК в Царстве Польском. Эти же проблемы он поручил ставить перед ГНК и Совету полковников. Причем этот самозваный орган должен был запугивать политических покровителей легиона возможностью его раскола на два отдельных формирования – галицийское и царствопольское.