Зорге нужно было время, чтобы обдумать свое положение и выработать линию поведения на предстоящих допросах. Поэтому он сообщил надзирателям, что очень плохо себя чувствует, что у него болит сердце и он должен лежать. Врача ему не предоставили, вместо этого его посетил представитель прокуратуры, чтобы удостовериться, что заключенный действительно не может покидать камеру по состоянию здоровья. На неделю Рихарда оставили в покое, это устраивало и органы следствия, которые надеялись получить показания у задержанных японцев и иностранцев, чтобы предъявить их главному фигуранту и заставить признаться в незаконной деятельности в Японии. Зорге не знал, что за несколько дней до его ареста были задержаны Одзаки и Мияги, а одновременно с ним — Вукелич и Клаузен.

Рамзай не мог понять, в чем была причина провала. Он всегда своевременно реагировал на возникающую опасность, чтобы не допустить раскрытия своей группы. Несколько лет назад посол Отт рассказал ему, что японская полиция пришла к выводу, что в окрестностях Токио работает какая-то шпионская радиостанция, передающая закодированные сообщения. Расшифровать их и запеленговать передатчик местным специалистам не удается, поэтому они обратились за помощью к немцам, просят поставить соответствующие технические средства. Посол посмеялся над «глупыми японцами», которые, видимо, слушали обычных радиолюбителей, так как представить, что в Японии действует какая-то шпионская сеть, просто невозможно. Просьбу местной полиции он все же переслал в Берлин, и оттуда через некоторое время поступили пеленгаторные машины, о чем сразу узнал Зорге. Они переговорили с Клаузеном, и тот стал чаще менять место выхода в эфир, в том числе используя взятую напрокат рыбачью лодку. На ней радист выходил в море и оттуда посылал радиограммы во Владивосток.

Весной и летом 1941 года его соратники стали замечать около своих домов подозрительных людей, которые явно вели за ними наблюдение. Однако не было уверенности, что полицейские шпики что-то узнали о деятельности разведывательной группы. Близкая знакомая Рихарда Исии Ханако рассказала ему, что ее вызывали в полицию, где принуждали следить за ним и сообщать о всех его поездках и встречах. В последнее время полицейские приходили к ней все чаще, интересуясь всем, чем занимается днями и вечерами ее знакомый. Рамзай посчитал, что все это связано с усилением внутреннего режима из-за обострения военной напряженности в мире, но все-таки предупредил своих людей, чтобы они были предельно осторожны при оперативных контактах.

Даже находясь в тюрьме, Рихард Зорге продолжал считать себя руководителем, отвечающим за судьбу своих помощников и членов нелегальной группы. Ему необходимо было выбрать такую линию защиты, чтобы по возможности спасти их жизни или снизить сроки заключения, если дело дойдет до суда. Очень многое зависело от того, что известно спецслужбам о их работе на разведку и кто будет ввести следствие. Поиском лиц, подозреваемых в «антигосударственной деятельности», как хорошо знал Рихард, в Японии занимались два основных органа: токко — специальный отдел при департаменте полиции министерства внутренних дел и кэмпэтай — военная жандармерия, находившаяся в подчинении военного министерства.

У кэмпэтай была зловещая репутация. В середине 1940 года в Токио исчез известный английский журналист Дж. Кокс, представлявший агентство Рейтер. Никто не знал о его судьбе, пока в июле в японских газетах не появилось сообщение, что англичанин, арестованный по подозрению в шпионаже агентами кэмпэтай, во время допроса выбросился из окна военной жандармерии и погиб. Журналистский корпус в Японии был уверен, что таким образом японцы пытались скрыть совершенное жандармами убийство иностранного корреспондента. Поэтому необходимо было попытаться сделать все возможное, чтобы его, Зорге, дело и дела других задержанных вели органы гражданской полиции.

Агенты токко контролировали левые политические движения Японии, занимались общественной безопасностью, осуществляли надзор за иностранцами. Как правило, материалы расследования, которые вела полиция токко, передавались в суд, где японские чиновники старались придерживаться общепринятых правовых норм. Это давало шанс побороться с органами следствия, организовать свою защиту, попытаться добиться гласности рассматриваемого дела. Пробыв длительное время в Японии, Зорге хорошо изучил местное законодательство. В стране действовал закон «О поддержании общественного порядка», направленный против коммунистического рабочего движения. Он предусматривал суровые наказания для тех, кто стремился изменить государственный строй, — вплоть до смертной казни. Рихард также знал о действующих законах «Об обеспечении государственной обороны» и «О сохранении военных секретов». Именно в их нарушении могли обвинить «иностранных шпионов», задержанных на территории Японии. Среди мер наказания для таких лиц также предусматривалась смертная казнь.

Ожидая начала допросов, Зорге заранее подготовил аргументы для своей защиты. Он решил максимально брать всю вину на себя, чтобы облегчить участь своих соратников и помощников по разведывательной работе. Вскоре разведчика вызвали на первый вопрос, который проходил в здании тюрьмы в достаточно просторной, по сравнению с его камерой, комнате священника. Допрос начался в 9 утра и продолжался до позднего вечера. Арестованного допрашивали инспектор токко Охаси и несколько его помощников. Их вопросы переводил специально приглашенный переводчик Икома — преподаватель Токийского института иностранных языков, владевший немецким языком. Зорге предъявили улики — радиопередатчик, захваченный полицией на квартире у Клаузена, и, как оказалось, не уничтоженные радиограммы, хранившиеся у радиста его нелегальной резидентуры, — и потребовали дать объяснения.

Из вопросов следователя Зорге стало ясно, что его помощник арестован и дал подробные показания, которые в значительной степени раскрыли деятельность возглавляемой им нелегальной резидентуры. Признательные показания были также получены от Мияги. Зорге не знал, что его соратник не выдержал допросов «с пристрастием» и попытался покончить жизнь самоубийством, выбросившись в окно во время допроса. Однако он остался жив и после непродолжительного лечения опять попал в руки безжалостных следователей. Одзаки также не стал скрывать, что добывал информацию по заданию Зорге и передавал ему в ходе последующих встреч. Наиболее упорно держался Вукелич, который не признавался в нарушении законов японского государства.

Зорге решительно отверг все предъявленные ему обвинения, настаивая, что он немецкий корреспондент, приближенный к послу и другим высокопоставленным сотрудникам германского дипломатического представительства. Этой линии он придерживался в течение нескольких дней, анализируя складывающуюся ситуацию. Он обратил внимание, что следствие не считает главной «шпионскую» составляющую его дела, а придает особое значение «заговору» против государственного строя страны, который замышлялся «группой Коминтерна», специально посланной для этого в Японию. Это давало шанс избежать передачи его дела военной жандармерии.

Не питая особых иллюзий в отношении конечного результата расследования, Рихард попытался использовать версию следствия, чтобы увести его в сторону от реальной деятельности его людей. Он начал давать показания о своем «коммунистическом прошлом», а также неких «московских инстанциях», которым он направлял всю получаемую информацию. В качестве основного источника разведывательных сведений Зорге указал германское посольство. Именно там он лично получал необходимые ему данные, которые на сугубо добровольной основе передавали ему высшие должностные лица диппредставительства.