В послании первого латинского императора Балдуина к папе говорилось о «чудесном успехе» крестоносцев, о падении Константинополя, о беззаконии греков, «которые в самом Господе вызывали тошноту», о надежде в будущем совершить крестовый поход в Святую землю и т. д.[530]и ничего не говорилось об избрании патриарха. Когда же новый клир Св. Софии, состоявший из венецианцев, избрал в патриархи венецианца Фому Морозини, то папа, хотя и объявивший его избрание неканоническим, тем не менее вынужден был уступить и «по собственной инициативе» посвятил Фому в патриархи.

Интересен также вопрос от отношении к греческому духовенству, оставшемуся в пределах латинского государства. Известно, что много епископов и большинство низшего духовенства не покинули своих мест. В данном случае папство придерживалось примирительной политики, разрешая назначать епископов из греков в епархии с исключительно греческим населением и предоставляя льготы относительно сохранения греческого обряда при совершении таинств. Но вместе с тем папские легаты появлялись на Балканском полуострове и в Малой Азии, пытаясь склонить представителей греческого духовенства к унии.

В 1204 году папский легат предпринял первую попытку добиться согласия от греческого духовенства на признание папы главой их церкви. Переговоры проходили в Св. Софии в Константинополе, но успеха не имели[531]. Весьма важную роль в переговорах этого времени играл Николай Месарит, впоследствии епископ Эфесский, личность и деятельность которого впервые по-настоящему оценены А. Гейзенбергом. В 1205–1206 гг. переговоры продолжились. Николай из Отранто, аббат южноитальянского города Касоле, принимал участие в переговорах как переводчик; придерживаясь православных взглядов, он признавал, подобно всему клиру Южной Италии, примат папы и был сторонником унии. Николай из Отранто, который оставил немало поэм и прозаических сочинений, большинство из которых не опубликовано, заслуживает, как справедливо заметил А. Гейзенберг, специальной монографии[532]. Позиция греческого клира стала более сложной, когда в 1206 году патриарх Константинопольский Иоанн Каматир умер в Болгарии, бежав туда от крестоносцев. С разрешения императора Генриха греческий клир Латинской империи обратился к Иннокентию III за позволением избрать нового патриарха. Генрих позволил избрать патриарха при том условии, что тот признает главенство папы. Греки, однако, не хотели ни подчинения Святому престолу, ни примирения с ним. Поэтому-то ни к чему не привел диспут, имевший место в том же 1206 году, когда во главе латинян стоял латинский патриарх Фома Морозини, а греков возглавлял Николай Месарит. Греки Латинской империи стали поворачиваться к Феодору Ласкарю[533]. В 1208 году новый православный патриарх, Михаил Автореан, был избран в Никее. Он короновал Феодора Ласкаря императором Никеи. Это был великий момент не только для Никеи, но также и для греков Латинской империи.

Переговоры 1214 года, проходившие в Константинополе и Малой Азии при участии кардинала Пелагия, его представителей и Николая Месарита, прервались без какого-либо результата. Николай Месарит, в это время митрополит в Эфесе с титулом экзарха всей Азии, был глубоко разочарован высокомерным приемом со стороны Пелагия в Константинополе[534]. В смысле влияния на латинское духовенство Востока Иннокентий III к концу своего понтификата одержал блестящую победу: Латеранский собор 1215 года, признаваемый западной церковью Вселенским собором, признал папу главой всех восточных латинских патриархов, то есть Константинопольского, Иерусалимского, Антиохийского, которые с этих пор находились в полном подчинении Святому престолу.

Однако Иннокентий III был совершенно разочарован в своих надеждах, что Константинополь двинется в обещанный крестовый поход. Светские, политические и международные интересы настолько поглотили Латинскую империю, что государи ее совершенно оставили план похода в Святую землю, так что Иннокентий III стал стремиться к проведению нового крестового похода из Европы уже не через Константинополь.

Надежды папы не были осуществлены и внешним подчинением восточной церкви Риму: для полной победы нужна была уния религиозная, подчинение духовное. А последнего ни Иннокентий III, ни его преемники добиться не могли.

Никейская империя имела своего греческого православного патриарха, который, имея местопребывание в Никее, продолжал носить титул патриарха Константинопольского. Но сами никейцы смотрели на перенесенный к ним патриарший престол, по словам современника, как на «чужой и присоединенный»[535], который, как они надеялись, будет со временем возвращен в Константинополь, на свое настоящее место, Иннокентий III не признавал в первом никейском государе Феодоре I Ласкаре ни императора, ни даже деспота, называя его в своем послании просто «благородным мужем Феодором Ласкарем» (nobili viro Theodoro Lascari)[536]. В этом ответном послании Ласкарю папа, не оправдывая лично насилий крестоносцев при взятии Константинополя, тем не менее ссылается на то, что латиняне явились орудием Провидения в деле наказания греков за их отрицание главенства римской церкви и что единственно правильным с их стороны было бы теперь вполне подчиниться римскому престолу и латинскому императору. Это папское увещание успехом не увенчалось.

Весь интерес церковных отношений в Никейской империи сводится к ряду попыток в форме собеседований или переписки найти пути сближения между обеими церквями. В самой Никейской империи были люди, например митрополит Эфесский Николай Месарит, которые склонялись к сближению и соглашению с римской церковью, однако греческое население никогда не было склонно к принятию унии. Иоанн III Ватац особенно казался расположенным принять унию, но руководствовался он в данном случае лишь политическими интересами. Прежде всего, он был встревожен избранием храброго Жана де Бриена, бывшего короля Иерусалимского, сперва регентом, а затем и соправителем малолетнего в то время Константинопольского императора Балдуина II. Жан де Бриен при поддержке папы мог начать вести против империи опасную наступательную политику. Поэтому Ватац и постарался отвлечь внимание папы от Латинской империи.