Принадлежавшим им землям стали грозить новые опасности. Владения Строгановых в Перми всё чаще подвергались нападению со стороны монгольских и остяцких кочевых племён. Военной силы для защиты таких обширных владений было недостаточно.

Трудности усугубились ещё тем, что восстали местные жители – татары и черемисы, недовольные тем, что в 1572 году были ограничены их права на рыбную ловлю и охоту на пушного зверя. Восставшим удалось привлечь на свою сторону остяков, башкир и бунитов. Вначале они заманили в ловушку и убили русских торговых купцов, которые направлялись к Строгановым, затем восставшие напали на имения Строгановых и на поселения в районе Большой Перми, разграбили речные суда, стоявшие на Каме, убив при этом семьдесят семь человек. Григорий и Яков, которых эти события застали врасплох, собрали войска под командованием надёжных людей и двинули их против черемисов. Бунтовщики сдались, некоторые заложники были переданы наместнику царя в Перми.

Теперь Строгановы были вправе просить у царя разрешения не только защищать себя от нападений, но и самим продвинуться дальше на восток. Они сообщили царю о том, что непокорные черемисы нашли поддержку «у нашего врага, сибирского хана Кучума».

Хан запретил остяцким, вогульским, югорским племенам под угрозой смертной казни платить Москве ясак (дань). «Брат» хана Мехмет-Куль раньше уже брал в плен большое число остяков, союзников Строгановых, и убивал их. Его людьми был пойман посланник царя, в то время как он направлялся к киргизам, которые затем снова скрылись за каменной грядой.

В начале правления Ивана IV московское правительство под руководством деятельного окольничего Адашева занималось в первую очередь внутренними делами страны. Золотая Орда была разбита на три ханства: на западе – Казанское ханство, побеждённое русскими; на юге сформировалась империя крымских татар, чьё влияние необходимо было ограничить; волжские татары, со столицей в городе Сарай, господствовали над всей областью по нижнему течению Волги, хотя они были существенно ослаблены после поражения в Куликовской битве в 1380 году, а также из-за нашествий Тамерлана.

В 1575 году Иван IV женился на Анне Васильчиковой. Вскоре после этого его зятя направили царским поездом к персидскому шаху. Шах принял молодого боярина, сидя верхом на лошади на площади Мейдани в Исфахане. Васильчиков решительно потребовал лошадь и для себя, чтобы предстать перед шахом на равных, или, заявил он, шах должен сойти с лошади. На мгновение все пришли в замешательство. Прежде здесь было принято неугодных посланников отправлять домой в бочке с рассолом. Однако после Куликово и Казани всё-таки сочли такую посылку неуместной. Для московского посла привели лошадь. Этот эпизод является примером тех изменений, которые в то время произошли на Востоке. На северо-западе царь вёл войну с Ливонией, в связи с чем было совершенно необходимо срочно укрепить сибирскую границу. Поэтому предложение Строганова защищать Пермь своими собственными войсками и вооружить экспедицию против Кучума пришлось как нельзя более кстати.

В 1572 году царским указом Строгановым было дано право создать собственное войско «под началом хорошего командующего», чтобы подчинить русскому царю враждебных сибирских кочевников.

После того как было завершено вооружение целого воинства, усиленного дружелюбием остяков и вогулов, и был найден энергичный, способный командующий, Строгановы, со своей стороны, перешли в наступление. Захваченные врасплох мятежники были разбиты. На некоторое время вновь воцарился покой.

Яков и Григорий умерли между 1574 и 1579 годами, «но свой великий план они не унесли с собой в могилу».

Их владения были разделены на три части и переданы по наследству младшему брату Семёну, сыну Якова Максиму и сыну Григория Никите. Никита получил северную область по обоим берегам Камы, Максим – центральную область на правом берегу Чусовой и Камы между реками Инва и Сальво. Семён Строганов унаследовал южную часть по левому берегу Чусовой и Камы до её устья. Семён не получил царских даров, как его старшие братья, с которыми он постоянно спорил. Возможно, окончательный раздел владений был великодушной уступкой со стороны его племянников. Максим и Никита оказались такими же умными и дальновидными, как и их отцы. Они решили продолжить осуществление их далеко идущих намерений. «Вскоре отзвук их дел», которые они начали вместе со своим энергичным дядей Семёном, «снова прокатился по Сибири раскатами грома».

После того как Строгановы получили право вооружать собственные войска и осуществлять в Азии военные действия, в апреле 1579 года они послали дружественное письмо и богатые подарки в казачьи деревни на Волге. Они призывали казачьего атамана Ермака Тимофеевича заключить «мир с Россией» и вместе с ним осуществить славный и доблестный поход, чтобы защитить Большую Пермь и восточные земли христианского мира. (Карамзин, т. 9, с. 224)

«Казак» – турецкое слово, оно обозначает «искатель приключений» или «мятежник», во всяком случае, «вольный человек». В старину казаками называли людей, бежавших от закона или от своих крепостников. Они предпочитали вести кочевой образ жизни в степях или вдоль рек севернее от Чёрного моря; их там справедливо называли «речными разбойниками».

Для России и Польши казаки являлись выгодной наёмной силой для защиты своих границ. Когда границы России расширились до Кавказа и Каспийского моря, из казаков были образованы передовые отряды. Позднее различные казачьи семьи расселились на Дону, Урале, Кубани, Тереке и Амуре. Они стали трудолюбивыми крестьянами и фермерами, получили некоторые льготы и обязались за это исполнять военную службу в своей местности. В случае войны они должны были объединяться с другими казачьими войсками, но были обязаны иметь своё собственное оружие и коней. Казачья деревня называлась станицей и управлялась выборным народным сходом, что в особенности получило своё распространение после кавказских войн в XIX веке. Станицы объединялись в округа; несколько округов составляли войско. Войско подчинялось атаману, назначавшемуся центральным правительством. В XIX веке они носили собственную военную форму, напоминавшую форму кавказцев.

В 1567 году два казачьих атамана, Петров и Яличев, побывали в Пекине; вернувшись, они подробно и образно рассказали о своём путешествии царю.

Как стало известно Строгановым, волжские и кубанские казаки навлекли на себя царский гнев. Ими были ограблены иностранные и русские купцы, а также русский посол в Персии Карамышев. Недолго думая, Строгановы решили взять мародёрствовавших казаков для защиты своих находившихся под угрозой границ. При этом, однако, сочли, что будет лучше, если своё намерение покамест сохранят в тайне, чтобы не привлечь гнев царя, так как они решили заключить договор с нарушителями закона.

Историк Устрялов упоминает о более чем пятистах добровольцах, последовавших призыву. Осенью того же года, прежде чем встали реки, они под предводительством атамана Ермака поплыли вверх по Волге, Каме и Чусовой, чтобы связаться со Строгановыми. Два последующих года они защищали пограничные поселения от остяков, вогулов, ногайцев и других всегда готовых к нападению кочевых племён.