Год спустя Антонов пытался захватить Орёл. И хотя эта попытка не удалась, его орда опустошила земли в окрестностях Орла. На сей раз Строгановы выступили втроём и заманили своего противника в ловушку. Разразился упорный бой, длившийся целый день. Антонов был разбит и взят в плен; вскоре он умер от полученных в бою ран.

В то же время чердынский воевода пытался вызвать у царя недоверие к Строгановым. В донесении к государю он обвинил Строгановых в том, что они используют опальных разбойничающих казаков и занимаются самоуправством, что уговорили верные государю племена поддержать войско Ермака, и из-за этого эти племена не участвовали в обороне Перми от орд Антонова. Такое поведение Строгановых вызвало гнев царя. Он отправил Строгановым грозное послание, которое заканчивалось словами: «Когда казаки вернутся, отправить их немедля назад в Чердын и при себе не оставлять. При непослушании лишу своей милости, а атаманы и казаки, кои по вашему указанию не защищают Наши земли, будут повешены».

Это грозное послание царя, его «опала», высказанная угроза, вызвали беспокойство даже у Строгановых. К счастью, вскоре они получили и радостное известие о том, что экспедиция Ермака закончилась исключительно успешно, что ему удалось даже захватить столицу Кучума.

С этим радостным известием они поспешили в Москву, чтобы передать это лично государю. Одновременно в российскую столицу прибыл посланец Ермака Иван Кольцо и подтвердил сообщение Строгановых. Государь назначил им приём, на котором донесение Ермака было зачитано вслух. После того как были изложены все подробности, «они просили государя принять новые территории под свою высокую руку».

Эти новости вызвали в российской столице ликование. «Уныние сменилось радостью, раздражительность – благожелательностью», – сообщает летописец.

В соборе была проведена благодарственная служба, а бедным раздавали щедрые подарки. Сибирским казакам даровали значительные суммы денег; каждый из них получил, кроме того, двенадцать штук сукна, щедро были возмещены их расходы. Государь простил казакам и их предводителям всё содеянное. Самому Ермаку были пожалованы два рыцарских доспеха, один из них серебряный; кроме этого, государь пожаловал ему серебряный шлем и богатую меховую шубу со своего царского плеча. Ермаку было дозволено управлять новыми землями до тех пор, пока их не примет под своё управление посланец государя со своим войском. Кроме того, в своём указе государь выразил Ермаку благодарность и ещё раз подтвердил свою благосклонность, своё благоволение к нему и его казакам.

Строгановым, «благодаря которым российское государство увеличилось на такую огромную территорию», было прощено их самоуправство, их освободили от налогов, и они получили право вести торговлю с новыми землями.

Хотя хан Кучум и его мурзы были изгнаны из своей столицы, им удалось всё же снова собрать силы на Иртыше. Они постоянно держали казаков в напряжении. Ермак понимал, что до полного покорения Сибири было ещё очень далеко, он готовился к новым действиям.

Наследник Кучума, Мехмет-Куль, названный россиянами «сибирским царевичем», укрепился вблизи Вагая, между Тоболом и Ишимом. По пути к Куларскому озеру на него внезапно напали шестьдесят казаков и разгромили его отряд, а самого Мехмет-Куля захватили в плен. Ермак после некоторого колебания велел своему атаману Ивану Грозе передать знатного пленника и добычу новому государю Фёдору Ивановичу, вступившему на престол в 1584 году. Мехмет-Куля встретили в Москве с почётом. Он принимал участие в войне со Швецией в 1590 году и снискал уважение русских своей храбростью. В 1598 году Мехмет-Куль оказал помощь царю Борису Фёдоровичу Годунову под Серпуховом, где россияне подверглись нападению крымских татар.

Тем временем Ермак отправил атамана Богдана Брязгу с пятьюдесятью казаками на нижнее течение Иртыша собрать подать с татар и с остяков. Атаману удалось пройти без труда через все завоёванные земли. Однако на реке Аримдзянке татары, укрепившиеся в маленькой крепости, оказали ему сопротивление. Богдан взял крепость штурмом, а пленных, отказавшихся присягать российскому государю на скрещённых саблях, с которых ещё капала кровь, приказал расстреливать или вешать за ноги. Жестокость Брязги не осталась в будущем без последствий. Сам Ермак со своим войском подошёл к Оби и захватил остяцкие форты на реке Назым, притоке Оби, при её впадении в Иртыш. Проходя через Кодек, представлявший собой несколько селений, он захватил богатую добычу. В том же 1583 году Ермак вышел к реке Тардын и подавил восстание вогульских племён, подчинив их снова российскому государю.

Татарский мурза Карача, владения которого на Тоболе разграбили казаки, попытался посредством военной хитрости расчленить войско Ермака. Он направил Ермаку послание с просьбой оказать ему помощь в борьбе против киргизских казаков. В призрачной надежде переманить этого важного мурзу на свою сторону Ермак послал тому в помощь атамана Ивана Кольцо с сорока казаками. Их всех до единого уничтожили. Мурза Карача призывал татар и остяков убивать сборщиков налогов, которых посылал Ермак. Затем Карача осадил столичный город Сибирь, окружив его своей ратью. Не надеясь на выручку, небольшой гарнизон предпринял отчаянную попытку вырваться из окружения в ночь на 9 мая, в день поминания Святого Николая, которого казаки считали своим покровителем. Не нападая на осаждавших в открытую, казаки осторожно и очень тихо переплыли на лодках Иртыш и обрушились на лагерь Карачи. Противник был застигнут врасплох. В последующих стычках погибли оба сына Карачи. Ему самому с небольшим количеством своих воинов едва удалось спастись бегством, однако осаждавшие уже не могли оказать помощь своему князю, было слишком поздно. На следующее утро они перешли в контратаку. Бой длился весь день; в конце концов, казаки одержали победу над противником, который понёс большие потери.

Из-за восстания татар в городе Сибирь ощущался недостаток в продовольствии. Прежде всего это почувствовал на себе новый губернатор. Князь Болыновский и его помощник Иван Глухов прибыли из Москвы с отрядом в пятьсот человек водным путём по Волге, Каме и Чусовой. Наступила зима, а с ней в городе Сибирь разразился страшный голод, приведший к многочисленным жертвам. Среди них оказался и несчастный губернатор.

Если в низовье Иртыша наступили мирные дни, то в его верховье бушевали страсти: местные племена наотрез отказались признать верховенство Ермака. С тремястами человек атаман двинулся вверх по течению Иртыша между Тоболом и Ишимом и его притоком Вогаем, где натолкнулся на ратные силы враждебного россиянам татарина Бегаша. После долгой и кровавой битвы Ермак одержал над ним победу.

В Турпенде сдался добровольно его правитель, мелкопоместный князь Елигай, потомок ишимского хана Сарганки. Ермак получил от него большую дань, Елигай даже предложил Ермаку свою дочь, которая, по представлению татар, была особенно хороша. Однако Ермак отказался от великодушного подарка и запретил своим людям даже дотрагиваться до девушки.

После нескольких стычек в устье Иртыша Ермак так и не сумел захватить неприступную крепость Кулар, он решил осадить её позже. Сдался без боя небольшой городок Ташатку. Войско Ермака вышло к устью реки Шиши, у деревни Шиштамак. Неподалёку находился город Турга, где татары жили ещё в юртах. Соседние племена, кочевавшие в просторных плодородных степях, назывались «турали» или «туролинцы». Они были такими бедными, что Ермак не стал брать с них «ясак», то есть подать. Кроме того, войско Ермака, продвигающееся по реке, задержалось бы без всякой надобности, если бы начало преследовать эти кочевые племена на огромных степных просторах.