Поначалу строительство первых двух прототипов Ме 163 велось, можно сказать, в полуподпольных условиях — группа Липпиша вынуждена была использовать для этого паузы в работе производственной линии, выпускавшей двухмоторные истребители Bf 110. Но успешные испытания DFS 194 возродили интерес Технического отдела рейхсминистерства авиации к ракетному самолету. Количество прототипов, заказных «Мессершмитту», увеличили с двух до шести. Им присвоили общее обозначение Ме 163А (наряду с индивидуальными номерами «V»), а для будущего боевого варианта зарезервировали обозначение Ме 163В. Надо сказать, это шло вразрез с планами самого Липпиша — в его видении Ме 163 был опытной машиной, всего лишь очередным шагом в исследовании скоростных самолетов схемы «бесхвостка». Создание же на его базе боевого самолета он считал неоправданным и перспектив для его боевого применения не видел. Уже в послевоенные годы Липпишу приходилось отбиваться от нападок «историков от авиации», обвинявших его в создании самолета, заведомо негодного для воздушного боя. Он заявлял: «В момент начала разработки Ме 163 мы даже подумать не могли о том, что эта машина будет использоваться в роли боевого самолета. На том этапе проводившихся работ нашей задачей было исследование области высоких дозвуковых скоростей, соответствовавших числу М=0,8–0,9, а также выбора наиболее подходящих профилей крыла. В сущности, Ме 163 был очередным опытным самолетом и именно поэтому он не имел шасси в общепринятом смысле этого слова, а небольшая емкость его топливных баков обеспечивала полеты только вблизи аэродрома…» Что там говорить — даже нормального шасси на самолете не было: взлет производился при помощи сбрасываемой тележки, а посадка — на подфюзеляжную лыжу.

Один из двух прототипов с ракетным двигателем DFS 194, который был собран в Аугсбурге. Судьба другого прототипа не известна.

Ме 163A V4 KE + SW, июль 1941 г.

Повышение приоритета «Проекта Х» сразу же сказалось на темпе работ группы Липпиша. Уже к концу 1940 г. был готов первый прототип — Me 163V4 (бортовой буквенный код KE+SW), но подвели двигателисты, все ещё доводившие ЖРД Вальтера R II-203b. Поэтому Липпиш решил, так же, как и в случае с DFS 194, начать испытания в режиме планера, с баками топлива и окислителя, заполненными водой. В марте 1941 г. Хейни Диттмар выполнил первый полет на буксире за Bf 11°C. Поскольку заводской аэродром в Аугсбурге был слишком мал, испытания поначалу велись в Лехфельде. Уже в первом безмоторном полете Ме 163 продемонстрировал отличные пилотажные качества. При скорости 220 км/ч снижение составляло 1,5 м/с, то есть, при отцепке от буксировщика на высоте 1000 м самолет до посадки мог преодолеть добрых два десятка километров! Правда, первый полет едва не закончился потерей машины: не имеющий ни закрылков, ни аэродинамических тормозов Me 163V4 проскочил на высоте считанных сантиметров всю взлетную полосу и коснулся её лишь в самом конце бетонки. К счастью, грунт за пределами ВПП был хорошо утрамбован, и машина благополучно приземлилась, остановившись в нескольких метрах от забора.

Продолжить испытания решили на аэродроме Хаунштеттен в окрестностях Аугсбурга. Me 163V4 перелетел туда на буксире, а в пределах воздушного пространства авиабазы пилотировавший его Диттмар отцепил буксирный трос и попытался приземлиться. Однако пилот ещё не успел приноровиться к «летучести» Me 163V4 и неверно выполнил расчет захода на посадку — попросту, проскочил полосу. Уйти на второй круг было невозможно, и Диттмар решил развернуться, заложив крутой вираж с потерей скорости, одновременным снижением на развороте и выходом на обратный курс. Александр Липпиш впоследствии вспоминал: «Несмотря на тихое утро, к середине дня поднялся сильный ветер, дувший поперек ВПП и, стоя неподалеку от полосы, я подумал, что посадка будет непростой. При подходе к аэродрому наша серебристая «дельта» слишком круто снижалась на развороте, и Диттмару при заходе на посадочный курс не хватило высоты, а впереди было два огромных ангара, в которых находились около трех десятков самолетов различных типов. Честно говоря, мне стало страшно — не за самолет, у нас уже строили следующий опытный экземпляр, а за Диттмара и многих людей, пребывавших в ангарах, где было полно горючего. Казалось, катастрофа неминуема, но Диттмар недаром был чемпионом планеризма — он смог завершить разворот, пройдя с креном между крышами ангаров и, выйдя к полосе, успешно посадил нашу «птичку».»

Уже самые первые полеты показали, что, несмотря на внедренные в конструкцию Ме 163 полсотни изобретений, защищенных патентами, самолет не был лишен многочисленных недостатков. Прежде всего, это касалось отсутствия закрылков — без них самолет при посадке, даже на лыже, мог скользить по бетонке практически целый километр. Дальнейшие безмоторные полеты показали, что на скорости 360 км/ч возникает флаттер руля направления, а на 520 км/ч — флаттер элевонов. Правда, справиться с этими неприятными явлениями удалось довольно быстро — путем перебалансировки управляющих поверхностей. Стоит отметить, что именно схема управления самолетом бесхвостой схемы, защищенная патентом № 55811, по мнению Липпиша, являлась самым важным изобретением, внедренным на Ме 163. Она позволяла управлять самолетом, не прилагая чрезмерных усилий, и обеспечивала хорошую курсовую устойчивость машины. В дальнейших испытаниях в планерном варианте Диттмар смог развить на Me 163V4 скорость 850 км/ч (в пикировании).

Ме 163A V4 в полете. В начале августа 1941 года самолет еще не был оснащен ракетным двигателем.

Ме 163А V6 (CD+IK), Ме 163А AV8 (CD+IMI и Ме 163А AV10 (CD+IO) готовятся к полету.

Удачный в целом ход программы Ме 163 едва не был сорван победами германской армии. Успехи, достигнутые летом 1941 г. в ходе операции «Барбаросса», позволяли предполагать, что конец войны не за горами. В связи с этим Гитлер отдал распоряжение о сокращении финансирования разработок оружия, не имеющего шансов принятия на вооружение в течение ближайших 18 месяцев. Поэтому рейхсминистерство авиации сократило заказ на постройку прототипов Me 163, причем только V4 и V5 предполагалось испытать в полете, а ещё два экземпляра предназначались для наземных испытаний.