Ряд дореволюционных русских авторов верно придерживается представлений С. К. Смирнова о лихудовской академии как об оплоте греческой культуры, хотя их труды содержат ряд новых важных мыслей о российской религии и культуре XVII века. Заслуживают упоминания работы, в которых изучаются биографии основных участников церковных и культурных процессов той эпохи. Жизнеописания патриарха Иоакима (на престоле с 1674 по 1690 год) и Адриана (на престоле с 1690 по 1700 год) авторства П. А. Смирнова и Григория Скворцова полезны для понимания деятельности двух последних лиц, занимавших эту должность в России раннего Нового времени18. И Иоаким, и Адриан покровительствовали Лихудам, и приоритетные для них моменты частично определяли круг предметов, которые Лихуды преподавали в московской академии. П. А. Смирнов изображает Иоакима как архиконсервативного патриарха-«грекофила», увидевшего в Лихудах просвещенных союзников в его борьбе с «латинофильскими» тенденциями царского двора и учеными с Украины и из Белоруссии (таких, как Симеон Полоцкий и его русский ученик Сильвестр Медведев). С другой стороны, Григорий Скворцов предлагает гораздо более нюансированный портрет патриарха Адриана как церковного лидера, вовсе не противившегося всем западным влияниям, но оказавшегося неспособным проводить в жизнь последовательную просветительскую и религиозную программу по причине все более активного вмешательства Петра I в церковные дела. И все же, поскольку в центре внимания у Скворцова находятся отношения между церковью и государством, ему не удается избежать ловушки – дихотомии «грекофильство – латинофильство», когда он затрагивает тему русской культурной жизни в последнем десятилетии XVII века. Аналогичным образом Василий Певницкий и Иерофей Татарский изучают деятельность Епифания Славинецкого и Симеона Полоцкого как представителей двух противоположных интеллектуальных течений – грекофильского и латинофильского19. Г. Миркович прибегает к той же дихотомии в своем подробном разборе диспутов о точном моменте пресуществления при евхаристии, шедших в 1680‐е годы20.

Следующей важной вехой в исследовании первого периода деятельности академии стал труд М. Н. Сменцовского, посвященный биографии Лихудов. Хотя автор неотступно следует С. К. Смирнову, его труд все же внес огромный вклад в представления о деятельности Лихудов в России21. В своей всеобъемлющей работе о Лихудах Сменцовский пытался проследить всю их жизнь в России, в ходе своих изысканий выявив новые важные архивные материалы. Кроме того, он уделяет немалое внимание институциональным рамкам академии и лихудовским учебникам. И все же он остается в зависимости от текста Смирнова и потому в целом недооценивает значение сделанных им открытий. При всем значении его вклада он не приводит сколько-нибудь глубокого разбора преподавательской деятельности Лихудов. Более того, Сменцовский, как и Смирнов за много лет до него, опирался в первую очередь на лихудовскую полемику при анализе вклада его героев в русскую культуру 1680–1690‐х годов. В итоге Сменцовский изображает Лихудов главным образом стороной яростного конфликта, ключевого в жизни Русской православной церкви в конце 1680‐х годов, – как защитников православной интерпретации пресуществления, сопровождающего евхаристию. Соответственно, Лихуды помещаются в число основных фигур «грекофильского» лагеря в русской церкви, боровшегося против «латинизаторских» тенденций при дворе Софьи Алексеевны и среди ее сподвижников, включавших ряд украинских, белорусских и русских духовных лиц. В действительности вовсе не Сменцовский первым поставил в центр внимания полемические труды Лихудов: он позаимствовал этот подход у других историков церкви, работавших в конце XIX века, – у Смирнова и Мирковича. Однако книга Сменцовского о Лихудах приобрела статус их авторитетной биографии и стала поэтому стандартной точкой отсчета для интерпретаций у авторов всех последующих исследований о Лихудах. Несмотря на изображение Лихудов как «грекофилов», их биография авторства Сменцовского по-прежнему не имеет себе равных.

После революции интерес к академии пошел на убыль, несмотря на то что советские и постсоветские историки внесли серьезный вклад в изучение истории образования в России. С 1917 по 1980‐е годы появилось совсем немного работ, касавшихся лихудовского периода академии. Изучая документы Патриаршего казенного приказа, А. И. Рогов обнаружил новые архивные данные о составе учащихся академии22. А. П. Богданов предпринял попытку проанализировать то, что он называл «культурной борьбой» между консервативным обскурантизмом (представителями которого он считает Лихудов и патриарха Иоакима) и западным проторационализмом (воплощенным в лице их противников в конфликте по поводу евхаристии, в первую очередь Сильвестра Медведева)23. Тем самым Богданов использует и развивает уже существующую дихотомию «грекофильство – латинофильство» и идет еще дальше, анахронистически подавая ее как конфликт религиозного и светского. Помимо этого, в первой в истории работе, где проводится систематический разбор лихудовских учебников, Д. А. Яламас изучает труды Лихудов по греческой грамматике и их источники24. Яламас подверг анализу лингвистические взгляды двух братьев, обнаружил новые важные материалы по составу студентов академии и опубликовал ряд речей Лихудов. Его ценный вклад в первую очередь связан с учебниками братьев по грамматике и в целом не затрагивает учебной программы академии. Более того, Яламас в своем анализе решительно относит эти учебники к тому, что он называет византийской и поствизантийской традицией греческой грамматики, в то же время предлагая лишь несколько заманчивых ссылок на просматривающиеся в учебниках Лихудов возможные латинские влияния. Действительно, в докторской диссертации и в своих опубликованных трудах Яламас не затрагивает вопроса о степени западных, латинских влияний25. В итоге Яламас, вторя Смирнову и Сменцовскому, по-прежнему убежден, что лихудовская академия оставалась оплотом греческой культуры в России вплоть до ее реорганизации украинскими преподавателями в начале XVIII века26. Единственное серьезное исключение из монолитного грекофильского образа Лихудов, преобладавшего до середины 1980‐х годов, представляют собой работы В. П. Зубова, изучившего рукописи Лихудов по физике и сделавшего вывод о том, что братья, и особенно Иоанникий, придерживались западного, преимущественно томистского, подхода к натуральной философии27. Если не считать Зубова, советская наука в целом была согласна с «грекофильским» образом Лихудов и их академии и в некоторых отношениях даже укрепляла его.

Разумеется, не все дореволюционные историки при разговоре о лихудовской академии в полной мере разделяли дихотомию «грекофильство – латинофильство». Н. Ф. Каптерев, признавая наличие двух лагерей, между которыми велась борьба за общее направление работы академии, в то же время не забывает подчеркнуть, что в конечном счете Лихуды предлагали студентам разновидность западного образования на греческом языке28. Некоторые российские исследователи конца XX – начала XXI века начали видеть в образовании, предлагавшемся в академии, сплав латинского и греческого элементов, хотя в целом они так и не вышли за рамки смягченной дихотомии «грекофильство – латинофильство»29. В качестве примера можно привести труды Б. Л. Фонкича. Своими