1 июля 1941 г. в разговоре с генералом Стасисом Раштикисом (Stasys Raštikis)[17] Г. Грефе твердо заявил, что ВПЛ создано без ведома немцев и в такой форме для них (немцев) неприемлемо. Г. Грефе требовал, чтобы ВПЛ самораспустилось, либо реорганизовалось бы в национальный комитет, либо согласилось быть вспомогательным органом, т.н. Советом Доверия (Vertrauensrat) при руководстве вермахта[18]. В случае если ВПЛ не последует советам П.Б. Клейста и не изменит своей организационно-правовой формы, Г. Грефе угрожал ликвидировать ВПЛ силой и сослать его членов в концентрационный лагерь.

21 июля рейхсминистр А. Розенберг направил рейхскомиссару «Остланда» Г. Лозе инструкцию об обращении с населением занятых областей Прибалтики. В ней, в частности, говорилось: «…Рейхскомиссариат Остланда должен препятствовать любым поползновениям на создание эстонского, латышского и литовского государств, независимых от Германии. Необходимо также постоянно давать понять, что все эти области подчиняются немецкой администрации, которая имеет дело с народами, а не с государствами…»

Трудное положение ВПЛ усугубляли политические разногласия, особенно между ФЛА и организацией «Железный волк» («Gelezinis vilkas»)[19]. Сторонники последней, т.н. вольдемаровцы, выдвинули требование ликвидировать ФЛА и создать новую политическую националистическую организацию и начали готовиться к перевороту. Не имея ничего против создания такой организации, правительство не смогло найти общей формулировки, которая бы удовлетворила обе стороны. В распоряжении правительства были батальон, сформированный из рот Национальной охраны труда, и полиция, этих сил было бы вполне достаточно для предотвращения переворота, однако Временное правительство полностью не доверяло ни полиции, ни батальону. В Каунасе полицией руководил А. Жарскус (A. Žarskus), он и другие руководящие сотрудники как раз и были вольдемаровцами. Департамент полиции, располагавшийся в здании бывшего МВД Литвы, организовал другой их сторонник — Повил ас Диркис (Povilas Dirkis). Назначенный вместо него новый руководитель департамента полковник А. Михелявичюс (A.Michelevičius) ещё не успел принять дела. Накануне переворота члены правительства узнали, что майор Ионас Пирагюс (Jonas Pyragius) и другие главари переворота дали указание А. Жарскусу, чтобы в ночь на 23 июля 1941 г. на всех участках полиции дежурили бы преданные им сотрудники.

Правительство предпринимало все усилия, чтобы избежать выстрелов и ненужного кровопролития. Стремясь к этой цели, новый директор Департамента полиции полковник А. Михелявичюс позвонил во все участки полиции г. Каунас и информировал сотрудников, что готовится переворот, направленный против Временного правительства, и приказал, чтобы полиция в этот переворот ни в коем случае не встревала. Однако вскоре А. Жарскус прибыл на квартиру А. Михелявичюса и арестовал его. Вскоре был также арестован и министр внутренних дел ВПЛ полковник И. Шляпятис. Таким образом, у Временного правительства не осталось человека, способного руководить полицией. В ночь с 23 на 24 июля 1941 г. вольдемаровцы под руководством майора И. Пирагюса силой захватили Каунасскую комендатуру, штаб батальона и литовскую полицию.

Оккупированная территория Литвы управлялась немецкой военной администрацией до 28 июля 1941 г. При этом военные руководствовались распоряжением Верховного главнокомандующего сухопутных сил Германии генерал-фельдмаршала Генриха фон Браухича (Heinrich Walter von Brauchitsch) от 3 апреля 1941 г. о военном управлении занятых Восточных территорий. Затем была организована немецкая гражданская администрация, в подчинении у которой, наряду с другими задачами, косвенно были и полицейские. Международная Гаагская конвенция категорически запрещает армии, занявшей вражескую территорию, передавать власть на ней кому-либо. Таким образом, вооруженные силы Германии (Wehrmacht) грубо нарушили требования вышеупомянутой конвенции, передав власть в Литве гражданской администрации. 17 июля 1941 г. А. Гитлер подписал указ «О гражданском управлении в занятых Восточных областях» и о создании Имперского министерства по делам занятых Восточных областей (Reichsministerium für die besetzte Ostgebiete — RMbO) (штатное расписание 182 единицы). Министром вновь созданного министерства был назначен рейхсляйтер (Reichsleiter NSDAP) обергруппенфюрер CA Альфред Розенберг (Alfred Rosenberg). Его заместителем в ранге статс-секретаря стал обергруппенфюрер CA д-р Альфред Меер (AlfredMeyer). На основании указа Гитлера вся оккупированная территория делилась на две зоны со строго определенными границами между ними. В первую входила полоса от линии фронта до тыловых границ групп армий. Во главе военной администрации стоял генерал-квартирмейстер верховного командования сухопутной армии. Вся остальная занятая вермахтом территория находилась под гражданским управлением Имперского министерства по делам занятых Восточных областей, фактическая власть на местах находилась в руках рейхскомиссаров. Для управления подведомственной территорией А. Розенберг уже 14 июля 1941 г. издал временные положения для гражданского управления. Управление всем гражданским населением Прибалтики и северными областями Белоруссии (Барановичская область, западные и северо-западные районы Минской области, северные районы Пинской области и часть районов Вилейской, Брестской и Полесской областей), а также частью территории Ленинградской и Псковской областей, было передано рейхскомиссару «Остланд»[20], чья штаб-квартира располагалась сначала в Каунасе, а затем в Риге. В состав рейхскомиссариата «Остланд» входили генеральные округа Литва (Generalbezirk Litauen), Латвия, Эстония и Белоруссия[21]. Территория рейхскомиссариата составляла 232 тысячи кв. км, а население — 8 200 ООО человек (по немецким данным).[22] В Имперском министерстве по делам занятых Восточных областей был создан отдел 1/2 (Abteilung 1/2 Ostland), который ведал делами немецкой администрации в Прибалтике. Отделом руководил вышеупомянутый д-р П.Б. Клейст.