Автор «Прекрасной истории» отмечает, что закрытие Ганзейского двора явилось актом вмешательства государства в торговые дела, следствием присоединения Новгорода к Московскому государству. Оно имело как моральные, так и экономические последствия: «…тогда все умы, а также и торговля, отвратились от Новгорода».

О значении торговли в экономической жизни Новгорода писал польский ученый Матвей Меховский в своем историко-географическом сочинении «Трактат о двух Сарматиях» (1517), которое, по словам С.А. Аннинского, было «первой по времени работой, специально посвященной обзору стран и народов Северо-восточной Европы». Сам Меховский в России не был, и русские известия его «Трактата» основаны на устных рассказах, а также сообщениях русских летописей, заимствованных им из «Истории Польши» польского историка Яна Длугоша:

Сочинение Меховского интересно тем, что в нем приводятся некоторые детали о покорении Новгорода Иваном III и об административном управлении Новгородом. Он, в частности, сообщил о том, что Иван III вывез из Новгорода софийскую казну, и оценил ее в 300 повозок «золота, серебра и жемчуга». Сообщение об этом есть в «Истории Польши» Я. Длугоша. Впоследствии его повторили С. Герберштейн, А. Кампензе, И. Пернштейн, С. Немоевский, А. Олеарий, П. Марпергер. С этого времени одной из составляющих имиджа Великого Новгорода становится легенда о его несметных богатствах, вывезенных в Москву.

Из сочинения Меховского следует также, что высшую судебную власть в республиканском Новгороде осуществлял Совет господ — претория, в которой заседали сто длиннобородых сенаторов. Он описывает также механизм созыва веча. Оно собиралось по первому звуку колокола претории. «Пять командиров на пяти улицах города» — это, по всей вероятности, пятиконецкие старосты, институт которых сохранялся и после включения Новгорода в состав Московского государства.

В XVI веке, как и в предыдущее столетие, европейцев поражали размеры Новгорода, они считали его «знаменитейшим и богатейшим из всех северных городов», «наиболее значительным по многолюдству и известности», по величине не уступающим Лондону и Риму. По мнению А. Поссевино, численность населения Новгорода составляла 20000 человек. Итальянец Марко Фоскарино писал, что Новгород «получил значение главного города вследствие чрезвычайного множества зданий, красивого и рыбного озера и прекрасного старинного и чтимого храма, построенного в подражание св. Софии в Константинополе». Как «город с огромным населением» характеризовал Новгород XVI века С. Немоевский.

Кроме необычных размеров Новгорода иностранные наблюдатели зафиксировали своеобразие его планировки — концентрирование торговой и жилой части города вокруг единого центра — детинца, в то время как для западноевропейского города была характерна планировка, ориентированная на два центра: замок-крепость и рынок с ратушей. Меховский и Кампензе отметили, что Новгород отличается от европейских городов преобладанием деревянных построек. Иностранцы отмечали также большое количество зданий и удобное положение при весьма широком и рыбном озере.

Оборонительные сооружения Новгорода кратко описал секретарь ордена иезуитов Антоно Поссевино:

По всей вероятности, его описание достоверно, поскольку, по наблюдениям Н.Н. Кузьминой и Л.А. Филипповой, в Малом земляном городе фортификационные новшества сочетаются с традиционными формами русского оборонительного зодчества. В отличие от крепостей бастионного типа итальянской школы он имел деревянные надстройки — стены и башни.

В 1557 году через Новгород в Москву проезжало шведское посольство Стена Эрикссона, цель которого состояла в прекращении вооруженного конфликта между Московским государством и Швецией. В составе посольства был выдающийся финский просветитель и церковный реформатор, епископ Финляндии Микаэль Агрикола. Пребывание посольства в Новгороде было омрачено инцидентом, грозившим серьезно осложнить и без того непростые отношения между двумя государствами. В помещении, где проживали слуги послов, приставы обнаружили обгорелые иконы и потребовали у посла объяснений. Расследовав обстоятельства случившегося, посол сказал, что это не по злому умыслу, а по неосторожности сделал один из слуг, находившийся в состоянии сильного опьянения. Тем не менее новгородские власти обвинили его в святотатстве и богохульстве и потребовали казнить его. Члены посольства были задержаны в Новгороде и лишены продовольственного содержания. Их резиденцию окружили вооруженные люди, которые вели себя агрессивно. Три дня послы вели переговоры с наместником, они отказались предать виновника смерти, а предложили до их возвращения из Москвы содержать его под стражей в Новгороде, предоставив самому царю решить участь несчастного. 8 февраля они получили разрешение продолжить свой путь в Москву. Переговоры в Москве прошли успешно, шведские послы были вынуждены принять предложенные им русской стороной условия. Довольный их исходом, царь простил виновника инцидента, ожидавшего своей участи в Новгороде.