Правление Гагика I (989—1020) является апогеем правления Багратидов. В Армении царили мир и процветание, царь украсил Ани роскошными зданиями. В 961 году столица была переведена в этот город, расположенный на высоком плато и защищенный с востока и юго-востока глубоким ущельем Арпачая (Ахуряна), притоком Аракса, а с запада – долиной Аладжа, «долиной цветущих садов». Рост города был таким быстрым, что менее чем через сорок лет после сооружения крепостных стен была построена вторая линия укреплений (см. фото 2), утроив площадь столицы. Были возведены дворцы и церкви, и Ани стал городом тысячи и одной церкви.

Рис. 6. План Ани: а – двойная линия укреплений; б – цитадель; в – собор; г – церковь Святого Григория царя Гагика I; д – церковь Святого Григория Тиграна Оненца; е – церковь Святого Григория Абугамренца; ж – церковь Святых Апостолов; з – церковь Святого Спасителя; и – часовня Пастыря за городскими стенами

После смерти Гагика наступил период быстрого упадка. Соперничество между его сыновьями закончилось разделом, в очередной раз уменьшившим царские владения. Отсутствие сильной руки у руля, так же как единства между отдельными царствами и княжествами, оказалось роковым в то время, когда Византия быстро захватывала все новые земли, а на Востоке появились могущественные враги – турки-сельджуки. Еще в 966–967 годах Византия аннексировала Тарон; византийские силы под командованием имперского военачальника получили сильную позицию на юго-востоке Армении. С приобретением владений Давида II армянское владение иберийских Багратидов также перешло в руки византийцев; оно вошло в состав провинции Апахуник, лежащей к северу от озера Ван, столицей которой стал город Манцикерт. В 1021–1022 годах царь Васпуракана, подвергшийся сильному давлению сельджуков, уступил свое царство Василию II. Этому акту сопутствовало массовое бегство царских вассалов и придворных, а также части населения. Так все восточные и южные провинции Армении стали частью Византийской империи. Остальные царства оказались в опасной ситуации и не могли надеяться долго выдержать возрастающий натиск византийцев, независимо от того, был он прямым или косвенным.

Царь из династии Багратидов Иоанн-Смбат II, опасаясь репрессий за помощь грузинскому правителю, назвал Василия II своим наследником. После его смерти претензии императора были поддержаны провизантийскими элементами в Ани, действующими в первую очередь в собственных интересах. В борьбе, продолжавшейся два года, национальная партия в конце концов одержала верх. Византийские армии были отброшены, и юный князь Гагик был коронован царем (1042). На протяжении трех лет он энергично боролся против вооруженных сил византийцев, эмира Двина, которого подстрекали византийцы, и отразил нападение царя Лори. Однако обманом его завлекли в Константинополь и вынудили отречься. Сопротивление населения Ани и его предводителей оказалось бесполезным. Византийцы овладели городом и всем царством. Вскоре после этого Григорий Магистр уступил свое владение византийцам, а в 1064 году царь Гагик из Карса был вынужден поступить так же. Только маленькие царства Лори и Сюник сохранили некое подобие независимости. Имперская политика аннексий была пагубной не только для Армении, но и для самой Византии. Империя находилась не в том положении, чтобы заменить достаточными вооруженными силами распущенные армянские армии, и это открыло путь туркам-сельджукам в жизненно важные области Малой Азии. Нашествие сельджуков в Армению началось в 1048 году и продолжалось с нарастающей силой. В 1064 году пал Ани, за ним последовал Карс, который не остался надолго в руках византийцев. После поражения византийцев в Манцикерте в 1071 году вся Армения оказалась под властью сельджуков.

Подъем могущества Грузии начался при царе Давиде IV (1089–1125), известном как Строитель, и продолжался во время правления его правнучки царицы Тамары (1184–1213). После освобождения своей земли от сельджуков грузинские правители двинулись в Армению. Освобожденные районы включали территорию Ани, Карс, Лори, Бжни и Сюник, а также важный город Двин. Теперь все северные, центральные и восточные области Армении оказались под сюзеренитетом Грузии и непосредственным управлением армянских или арменизированных феодальных князей. Захариды, главнокомандующие грузинскими и армянскими армиями, стали наиболее могущественными среди новой знати, их владения включали Араратскую долину и окрестности озера Севан. Их резиденция находилась в Ани. Орбеляны, занимавшие аналогичное положение, владели областями Сюника. Другие феодальные князья были вассалами этих двух могущественных родов. Во второй половине XII века и первой четверти XIII, то есть до появления монголов, Армения была практически независимой и процветающей. Следуя примеру первых нахараров, новая знать, так же как и богатые торговцы, такие как Тигран Оненц из Ани, одаривали монастыри и возводили религиозные и светские здания. Литературные занятия, почти прекратившиеся во время оккупации сельджуков, возродились и продолжались даже при монголах.

Хотя нашествия монголов, начавшиеся в 1120 году и завершившиеся в 1236 году полной оккупацией Армении, были разрушительными, они в первое время серьезно не влияли на внутреннюю жизнь. Армения, как и Грузия, теперь была вассалом Великого хана, платила ему дань и поставляла войска. Князья, перешедшие к монгольскому двору, были восстановлены в своих феодальных правах, но были обязаны являться ко двору по первому вызову. Став частью обширной Монгольской империи, Армения получила явную выгоду от активной международной торговли, да и экономическая ситуация постепенно улучшилась. Но северные города – Двин, Ани и Карс – больше не занимали главенствующего положения, поскольку южный маршрут вдоль северного берега озера Ван использовался значительно чаще. При монголах население армянских территорий пользовалось религиозной свободой, притеснения начались только после обращения монголов в ислам. Таким образом, Армения вначале имела определенную степень независимости, которой пользовалась на протяжении XIII и части XIV века. Между армянской и монгольской знатью установились весьма дружественные отношения. Некоторые армянские князья присутствовали в 1246 году на выборах Гуюка Великим ханом. Историк Вардан несколько раз посещал монгольский двор и был специально приглашен Хулагу на Великое собрание в июле 1264 года. Другой историк, Степанос Орбелян из Сюника, был свидетелем крещения сына хана Аргуна. Армяне были знакомы с восточными языками и часто служили переводчиками. Князь Смбат из Сюника знал грузинский, уйгурский, персидский и монгольский языки. Фламандский путешественник Виллем Рубрук встречал армянских священнослужителей, знавших турецкий и арабский, а при дворе Мангу познакомился с армянским монахом по имени Саркис, который помогал ему «с языками». Установлению дружеских отношений также способствовал союз между монголами и армянскими царями Киликии.

Несмотря на эти контакты, армянские князья занимали не то положение, чтобы иметь возможность предотвратить многие акты беззакония и домогательства монголов, которые все больше вмешивались во внутренние дела. После переписи 1254 года был введен специальный налог, и монгольское иго стало тяжелой ношей для населения. Войны, ведущиеся монголами, в которых армянам приходилось участвовать, лишили страну крепких здоровых мужчин. Ситуация еще более ухудшилась, когда, с ослаблением могущества монголов, на Армению стали совершать набеги разные кочевые племена, в первую очередь туркменские, разоряя армянских крестьян. Окончательный удар был нанесен Тамерланом, орды которого вторглись в страну в конце XIV века. С тех пор все остатки национальной независимости Армении исчезли.