Далее, у стрелки Васильевского острова, Нева делилась на Большую и Малую. Из Большой Невы вытекали два ерика — Мойка и Фонтанка — и снова впадали в нее в районе устья. Именно этот район более всего нуждался в осушении, именно здесь шло самое интенсивное строительство каналов.

На юге за городской чертой в Невскую губу впадали речки Дудергофка и Екатерингофка. Дудергофка вытекала из безымянного озера, расположенного на южной окраине Красного Села. Название ее известно с 1773 г. и предположительно происходит от финского «tunturi» — горная местность. Позже от Дудергофки будет проведен Лиговский канал для снабжения города питьевой водой.

Екатерингофка (ранее называемая Черной речкой) — один из протоков дельты Невы, омывающий Гутуевский остров и другие более мелкие острова. Именно в устье этой Черной речки Петру удалось одержать первую победу в морском сражении — пленить шведский бон «Гедан» и шняву «Астрильд». В 1711 г. Петр I решил построить в этой местности увеселительный дворец для своей супруги Екатерины Алексеевны. Дворец разместился на небольшом острове у слияния речек Черной и Таракановки и получил название «Екатерингоф» (двор Екатерины). По нему и Черная речка стала зваться Екатерингофкой. Позже рядом построили дворцы Анненгоф и Елизаветгоф — для дочерей Петра I. Со стороны реки до дворца прорыли канал, перед фасадом устроили небольшую гавань. По обе стороны канала вырыли круглые пруды по проекту Леблона для понижения уровня воды на заболоченном острове. С двух сторон канала находились прямоугольные партеры, «зеленые кабинеты» — боскеты, трельяжные галереи и беседки. Еще при жизни Петра возникла традиция праздновать годовщину победы — 1 мая — в Екатерингофе. Дворец стал одним из любимых мест летнего отдыха царской семьи.

Хотя проект превращения Васильевского острова в Северную Венецию так и не реализовали, в первые 25 лет существования Петербурга по его территории проложили каналы общей длиной в несколько десятков километров. Рабочие копали искусственные пруды, гавани и бассейны, сооружали водоотводные канавы по сторонам улиц. И причиной этого были вовсе не мечты императора о новом невиданном парадизе на воде, а суровая необходимость — острова Невской дельты нуждались в постоянном осушении.

Первый канал выкопали внутри крепости для снабжения ее пресной водой. Тогда еще никто не знал, что крепости не придется выдержать ни одной осады, также выкопали каналы вокруг Адмиралтейства и Кронверка — укрепления, защищавшего крепость со стороны Петербургского острова. Через них перекинули маленькие подъемные мостики.

В 1711–1719 гг. проложили шесть параллельных каналов, соединявших Неву и Мойку. Их стали называть Лебяжья канавка, Красный канал (позже засыпали), Зимняя канавка, Крюков канал и Ново-Адмиралтейский канал. Прочие остались безымянными.

В перпендикулярном направлении выкопали еще несколько каналов. Прежде всего — это Летний, проходивший через территорию Летнего сада: разделяя его на парадный сад и огород, и соединявший Фонтанку и Лебяжий канал. На нем устроили маленькие мостики-шутихи, из перил которых могла неожиданно брызнуть вода и облить зазевавшихся гостей, гулявших по саду.

Адмиралтейский канал проходил от Адмиралтейской крепости до Мойки в районе Новой Голландии. Сеть коротких каналов пронизывала Таврический сад и Екатерингоф, Александро-Невскую лавру и поселок, где размещались казармы Преображенского полка (современный район между ул. Красной Связи, Салтыкова-Щедрина, Парадной и Радищева).

По Васильевскому острову, вдоль здания Двенадцати коллегий, проходил канал, соединивший Большую и Малую Неву и предназначенный для подвоза товаров к Старому Гостиному двору (на углу Биржевой линии и современной Тифлисской улицы). Здание двора построено по проекту Доменико Трезини и предназначалось для сбора пошлин с приходящих в город кораблей. В 1736 г. здание достроили, но оно стало использоваться для торговли иностранными товарами. Однако сюда было сложно добираться из нового центра города, и поэтому вскоре здание забросили и стали использовать как склад. Через каналы и протоки перекидывали деревянные мосты. Они были подъемными, чтобы по рекам могли проходить корабли.

С 1718 по 1721 г. под руководством инженера Григория Григорьевича Скорнякова-Писарева шла прокладка Лиговского канала, который начинался от реки Лиги и питал фонтаны Летнего сада. Высокое положение истока канала относительно уровня моря должно было позволить устроить фонтаны по самотечной системе (согласно закону сообщающихся сосудов), как в Петергофе, что очень удобно с технической точки зрения (благодаря этой системе петергофские фонтаны работают бесперебойно в течение всего весеннелетнего сезона, в то время как фонтаны Версаля, оснащенные насосами, включаются на несколько часов один раз в месяц). Однако Скорняков-Писарев ошибся в расчетах, и в результате вода в фонтанах не била на должную высоту. Лиговский канал также снабжал столицу питьевой водой. Для этого в районе пересечения Лиговского канала с Бассейной улицей (ныне ул. Некрасова) устроили подземный деревянный водопровод, по которому вода из канала подавалась в дворцы и важнейшие административные здания. При пересечении Лиговского канала с другими реками построили мосты-акведуки (например, в 1725–1727 гг. — через Фонтанку близ Пантелеймоновского моста). Вдоль всего канала установили караульные будки, для того чтобы сторожа регулярно могли проверять качество воды и следить, чтобы она не загрязнилась. Однако после наводнения 1777 г. фонтаны Летнего сада были разрушены, и вода в канале стала непригодна для питья.

Сложную систему каналов прорыли на Гутуевском острове (до 1798 г. — Круглый, или Приморский, остров), которая предназначалась для подвоза товаров, хранившихся в складах на острове в город.

Великий скульптор итальянского Возрождения Микеланджело Буонарроти, шутя говорил, что его метод работы прост: он берет глыбу мрамора, убирает все лишнее и «освобождает» прекрасную статую, спрятанную в камне. Прокладка каналов, расчистка рек, облицовка их набережных камнем привели к постепенному осушению почвы, на которой стоял город. И оказалось, что он уже приобрел свой неповторимый облик, свой план, не всегда согласующийся с намерениями архитекторов и строителей. Осталось только увидеть этот план, перенести его на бумагу и «убрать все лишнее».

Во время короткого царствования внука Петра I — Петра II — Двор вернулся в Москву, Петербург оказался заброшен и быстро ветшал. Когда после смерти юного Петра новая императрица Анна Иоанновна вернулась на берега Невы, город представлял собой плачевное зрелище. Англичанин Фрэнсис Дэшвуд, побывавший в столице летом 1733 г., писал: «Холод и жара все разрушают, и это видно по тамошним кирпичным и каменным домам… Полагаю, это все, на что я обратил внимание на берегу Васильевского острова, за исключением длинных рядов больших домов, которые хорошо смотрятся снаружи, но почти все не обставлены и в большинстве своем не заселены… В Кронштадте и даже в Санкт-Петербурге очень много больших домов, которые власти предоставили бы всякому для поселения и их содержания…».

Внесла свой вклад в разрушение Петербурга и стихия. Городу грозили не только наводнения, но и пожары. Один из них случился в 1736 г., а через год Петербург вспыхнул снова. Первый пожар продолжался восемь часов, тогда сгорели все деревянные дома в Морской слободе (более сотни построек), второй случился 24 июня 1737 г. Он начался сразу в двух местах, огонь быстро распространялся, и вскоре горел уже весь район от истока Мойки до Зеленого моста и Невского проспекта. На Адмиралтейском острове сгорело больше тысячи домов.