Тем не менее помимо укрепления Москвы, формирования полков и обучения недорослей Петр взвалил на плечи царевича еще несколько важных заданий. Так, он назначил сына ответственным за подавление Булавинского восстания. Сам царь в это время находился в ожидании вторжения шведского короля на западных границах. Поручение, несомненно, также носило номинальный характер, ибо руководить карательными операциями из Москвы, тем более человеку, не компетентному в военном деле, было невозможно. Царевич получал донесения и грамоты от воевод, посланных на подавление булавинского бунта, и тотчас по прочтении их в ближней канцелярии отсылал отцу. Практически общее руководство подавлением движения на Дону осуществлял сам Петр. Лишь иногда он пользовался услугами сына. Так, 12 апреля Петр велел царевичу отправить один из созданных им полков в Тамбов и Козлов для участия в подавлении восстания.

В сражении, состоявшемся под Тором, булавинцы потерпели сокрушительное поражение, о чем командовавший карательным войском князь В. В. Долгорукий донес царевичу, а последний — отцу. Петр поблагодарил сына за «уведомление добрых вестей», но тут же упрекнул за упущения карателей: «Только зело мне противно то, что по получении такой победы над ворами возвратилися назад, а зело надлежит по победе аванжировать». Царь велел разорять городки на Дону.

Второе поручение царевичу состояло в нейтрализации пропагандистских усилий неприятеля, распространявшего на территории России враждебные ей листовки. Если таковые появятся в Москве, то их поручалось уничтожать, а распространителей их ловить. Появились ли в Москве листовки и лазутчики, их распространявшие, — неизвестно, как неизвестна непосредственная роль царевича в укреплении морального духа защитников города.

Еще одно поручение на первый взгляд кажется странным, поскольку оно должно было адресоваться Посольскому приказу. Недоумения исчезнут, если учесть, что указ, подлежавший исполнению всеми приказами, мог обнародовать только царевич, исполнявший в отсутствие царя в Москве обязанность главы правительства.

Суть дела состояла в том, что от иностранных дипломатов поступали жалобы на притеснения, чинимые различными приказами сотрудникам посольств. Указ царевича от 11 сентября 1709 года обязывал всех начальных людей приказов, чтобы они «приказали подчиненным своим накрепко, чтоб никакого бесчестия посланникам отнюдь не дерзали чинить и к их особам не прикасались, и естьли с кем люди их задерутца и привезут их в которой приказ, то б оных, нимало не держав, отсылали в Посольский приказ».

В эти годы царевич возобновил свое обучение, прерванное с отъездом Гюйссена из России. Если исходить из крайне редких донесений Вяземского царю, то можно сделать вывод о крайне скромных успехах, которых добился на этом поприще царевич Алексей. В январе 1708 года Вяземский извещал Петра, что царевич начал учиться «немецкого языка чтением истории, писать и атласа росказанием»; по расчетам специально приставленного к нему учителя, «недели две будем твердить одного немецкого языка, чтобы склонениям в твердость было, и потом будет учить французского языка и арифметики». В это время Алексей отвечал за ремонт старых и сооружение новых укреплений в Москве и вокруг нее, и Вяземский докладывал царю, что обучение идет не в ущерб порученному царевичу делу: три дня в неделю царевич «ездит и по пунктам городовое и прочие дела управляет, а учение бывает по вся дни». 17 марта последовало еще одно извещение Вяземского: «Сын твой, государь, во учении и цифири четыре части имеет в твердости и в сем еще обретается по вся дни». Показательно, что четыре действия арифметики царевич начал изучать с большим опозданием, в 18-летнем возрасте; ясно, что в предшествующие годы овладение знаниями велось через пень-колоду. 16 ноября того же года Вяземский доносил: царевич все еще «во учении немецкого языка, и ныне начал к тому учиться по-французски». Надо сказать, что немецким языком царевич владел совершенно свободно, отчасти владел и французским.

Петр проявлял заботу о сыне. В январе 1709 года царевич повел из Москвы на Украину пять собранных им полков. На пути, вероятно, от лютого холода, какого никто в тех местах не помнил, он простудился и впал в жестокую лихорадку. Болезнь была так опасна, что царь несколько дней не решался выехать из Сум. С 30 января Алексей начал поправляться, и Петр смог отправиться в Воронеж, оставив при сыне своего доктора Донеля. К середине февраля царевич выздоровел окончательно и также поехал в Воронеж, где присутствовал при спуске на воду двух кораблей. Затем, попрощавшись с отцом, он возвратился в Москву. Здесь его занятия продолжились; преимущественно царевич занимался фортификацией под руководством иностранного инженера, рекомендованного ему Гюйссеном.

Конфликт между отцом и сыном назревал постепенно. Поначалу Петр не высказывал серьезных претензий к сыну, хотя и ставил ему в укор, что он не отдается «со всей силой», как того требует дело, выполнению поручений. В письмах 1708 года уже сквозит недовольство нерасторопными действиями Алексея. Вскоре представился случай убедиться в том, что сын проявлял к поручениям полное равнодушие. Царевич прислал в Преображенский полк, командовал которым сам царь, малопригодных к службе рекрутов. Это вызвало гнев полковника. Петр проявлял снисхождение к ошибкам, но не прощал промахов, порожденных отсутствием прилежания и должной ответственности за порученное дело. «Я зело недоволен присылкою в наш полк рекрутов, которые и в другие полки не все годятся, — писал отец сыну, — из чего вижу, что ты ныне больше за бездельем ходишь, нежели дела по сей так нужный час смотришь».

Упрек был совершенно справедливым. Сам царевич позднее вспоминал об этом времени так: «А когда уже было мне приказано в Москве государственное правление в отсутствие отца моего, тогда я, получа свою волю (хотя я и знал, что мне отец мой то правление вручил, приводя меня по себе к наследству), а я в большие забавы с попами и чернецами и с другими людьми впал».

Это признание царевич сделал десять лет спустя во время следствия, а в тот день, когда прочитал гневные слова Петра, он вел себя по-иному. Его поступками руководили страх быть наказанным и стремление оправдаться любыми средствами. «А что ты, государь, изволишь писать, что присланные 300 рекрутов не все годятся и что не с прилежанием врученные мне дела делаю, — писал он в ответ царю, — и о сем некто тебе, государю, на меня солгал, в чем я имею великую печаль». Далее следуют слова, рассчитанные на то, чтобы разжалобить отца: «И истинно, государь, сколько силы моей есть и ума, врученные мои дела с прилежанием делаю. А вокруг в то время лучше не мог вскоре найтить, а ты изволил, чтоб прислать их вскоре».

Царевич сделал для себя вывод, что следует проявлять осторожность, но ни он, ни его друзья-собутыльники не могли установить, кого надо остерегаться, кто сообщает царю о поведении сына. Попробовал царевич обратиться к кабинет-секретарю Петра I А. В. Макарову, пользовавшемуся полным доверием царя: «Алексей Васильевич! Пожалуй, отпиши ко мне, доведався, какой и за что на меня есть государя-батюшки гнев, что изволит писать, что будто я, оставя дела, хожу за бездельем, отчего ныне я в великой печали». Ответа не последовало или же он затерялся. Тогда Алексей Петрович обратился к сердобольной мачехе, стремившейся угождать всем, в том числе и пасынку: между ними велась оживленная переписка, что свидетельствует о добрых отношениях. Письмо царевича Екатерине Алексеевне и ее наперснице, «тетке» А. К. Толстой, выдержано в тех же самых выражениях, что и письмо Макарову: «Прошу вас, пожалуйте, осведомясь, отпишите, за что на меня есть государя-батюшки гнев: понеже изволит писать, что я, оставя дело, хожу за бездельем; отчего ныне я в великом сумнении и печали. О сем, пожалуйте, не умедля отпишите, в чем бы я мог быть известен».