Польмар указывает, что в день нападения посольство США направило государственному секретарю США телеграмму, в конторой процитировало высказывание начальника разведки Армии обороны Израиля, который рассказал американцам о намерении Израиля «нанести удар по Сирии, чтобы получить больше свободного пространства». Польмар подчеркивает, что сторонники теории преднамеренного удара по «Либерти» неправы, полагая, что Израиль держал в секрете свою подготовку нападения на Сирию. В день нападения эта информация стала доступной как правительству США, так и общественности Израиля. Бывший летчик палубной авиации А.Д. Кристол, а ныне писатель и судья, занимался изучением этого инцидента четырнадцать лет, и также поддерживает версию Польмара. Кристол критикует Д. Бэмфорда, автора книги, в которой говорится о том, что нападение было умышленным:

«Бэмфорд совершенно игнорирует тот факт, что всего за два дня до 8 июня 1967 г. Соединенные Штаты в Совбезе ООН публично заявили на весь мир, что на сотни миль от зоны боевых действий нет ни одного американского военного корабля. Цепная реакция началась с сообщения израильской армии о взрывах в Эль-Арише. Поскольку израильтяне контролировали ситуацию на земле и в воздухе, они предположили, что их обстреливают с моря, с какого-то военного корабля, бывшего у них па виду. Принимая во внимание публичное заявление США, кажется более логичным, что израильтяне приняли нечетко видный серый военный корабль, плывущий у них на глазах, за судно противника, а не за американский корабль».

Замечание Кристола о взрывах в Эль-Арише подтверждает разговор А. Шелдона-Дюпле с египетским лоцманом, который произошел 20 апреля 1988 г. на борту французского эсминца «Монкальм» во время прохождения эсминцем Суэцкого канала. Лоцман канала был раньше морским офицером и в июне 1967 г. служил на ракетном катере класса «Комар». По словам лоцмана, египетские катера выпустили несколько ракет «Стикс» по израильским наземным войскам, наступавшим возле Эль-Ариша. По мнению лоцмана, израильская атака «Либерти» была вызвана стремительными действиями египетских ракетных катеров и их последующим исчезновением с места событий, что оставило израильтян в недоумении относительно действительного источника этой бомбардировки с моря.

Государственный секретарь США Дин Раек и командующий ВМС США в зоне Атлантики адмирал Томас Мурер израильские объяснения не приняли. Для многих выживших членов экипажа «Либерти» и писателя Д. Бэмфорда, израильская торпедная атака, которая последовала за авиационным ударом по «Либерти», вряд ли может быть объяснена неправильным определением национальной принадлежности.

Торпедная атака подтверждает их заявления о том, что это было обдуманное и циничное нападение с целью убрать нежелательного свидетеля. Кристол, однако, оспаривает утверждения о том, что нападение израильских ВВС длилось около двенадцати минут и было прекращено, как только израильтяне поняли, что «Либерти» не является арабским судном. Кристол далее поясняет: «Пока ВВС начинали спасательную операцию, подошли торпедные катера, которые остановились и начали подавать сигналы «Либерти». «Либерти» ответило стрельбой по торпедным катерам, вследствие чего катера начали торпедную атаку. Она длилась менее пятнадцати минут, и все это время на торпедных катерах считали, что перед ними находится противник, который их обстрелял». Столкнувшись с фактами, военно-морская разведка Израиля представила свой вариант событий, который в изложении Кристола выглядит так:

«На рассвете 8 июня, примерно в 06:00, самолет-разведчик ВМС Израиля обнаружил «Либерти», которое двигалось курсом на юго-восток и находилось более чем в 70 милях к юго-западу от Эль-Ариша. Была определена национальная принадлежность судна, после чего информация была передана в штаб военно-морской разведки, который отметил «Либерти» значком на планшете боевой обстановки в штабе ВМС. Прошло пять часов, и отметку «Либерти» на планшете посчитали устаревшей информацией и удалили с планшета. В 11 :00 в штабе произошла смена дежурных, однако информация о «Либерти» не была доложена офицеру, который принял дежурство. Приблизительно в 13:00, когда стало известно о судне, находящемся в 14 милях от побережья Синайского полуострова и двигающемся на запад, и обстреле с моря позиций израильской армии, старший морской начальник ничего не знал об утреннем обнаружении «Либерти» за много миль к западу».

Аналитики ЦРУ пришли к выводу, что «Либерти» и египетский транспорт на удалении могли выглядеть одинаково и поэтому по ошибке могли быть приняты один за другой. Более убедительным выглядит заявление доктора М. Новицки. Бывший переводчик иврита в ВМС США, находившийся в тот момент на борту разведывательного самолета АНБ ЕС-121, писал Бэмфорду: «Мы записали многое, если не все, о нападении. Далее, наши материалы перехвата, до этого никогда не публиковавшиеся, свидетельствуют, что со стороны Израиля нападение было случайным». В журнале «Уолл Стрит джорнал» от 16.05.2001 г. Новицки писал, что израильская атака действительно произошла по ошибке: «Мое мнение, которое противоречит мнению мистера Бэдфорда, состоит в том, что... нападение было величайшей ошибкой». Ставшие достоянием публики материалы перехвата АНБ подтверждают эту точку зрения.

Рассказ египетского лоцмана о том, что взрывы в Эль-Арише были вызваны ракетами, выпущенными с катеров класса «Комар», что, в свою очередь, вынудило израильские ВВС искать виновника взрывов в море, может послужить еще одним свидетельством для снятия обвинении с Израиля в умышленной атаке на своего лучшего союзника.

После инцидента с «Либерти» заместитель начальника штаба ВМС США приказал вооружить все разведывательные корабли США. 14.12.1967 г. разведывательным судам «Бэннер», «Пуэбло» и «Атакапа» перед последующими разведывательными операциями в море было приказано установить минимум по два пулемета калибра 12,7 мм. Это, конечно, вряд ли могло быть эффективным средством против реактивных истребителей и торпедных катеров, которые напали на «Либерти». Несмотря на неуспех с «Либерти», ВМС США продолжал сбор разведывательной информации в Средиземном море, на Черном море, у побережья Африки, на Кубе и в западной части Тихого океана. (Модернизированный морской буксир «Атакапа» работал в Средиземном море с июня по октябрь 1968 г.)

В 1967 г. «Пуэбло», построенное двадцать пять лет тому назад и использовавшееся сухопутными войсками США для прибрежных грузовых перевозок, было переоборудовано в надводное разведывательное судно и планировалось к использованию в ходе второго этапа операции «Жук-щелкун». Боевой приказ командующего военно-морскими силами США в Японии № 301—68 от 12.03.1968 г. гласил:

«Мной успешно проверены боевые возможности и политическая значимость использования одиночного малоразмерного судна типа траулер в качестве корабля наблюдения на море и ведения разведки. Второй этап предусматривает расширение объема операции с использованием двух судов («Бэннер» и «Пуэбло») для обеспечения непрерывного ведения разведки в заданном районе или в ходе операции. Целью операции является также проверка реакции Советского Союза на непрерывное присутствие американских разведывательных судов в районах действия советского ВМФ. Предполагается, что как опыт, накопленный в ходе выполнения второго этапа, так и тактические приемы и оборудование, разработанные и примененные нашими силами, последовательно приведут к выполнению третьего этапа операции — использованию большего количества малых судов».