Инструкции второго этапа операции «Жук-щелкун» требовали от разведывательных судов держаться не ближе 13 морских миль от берега и избегать любых действий, которые могут быть расценены как провокация. Погодные условия вдоль советского побережья в это время года и агрессивное поведение военных кораблей красных китайцев заставили отправить в первое плавание свежеиспеченного разведчика «Пуэбло» к берегам Кореи, «страны утренней свежести». Риск от предстоящей операции представлялся минимальным, поскольку однотипное судно-разведчик «Бэннер» и более крупное «Оксфорд» во время их предыдущих походов к берегам Кореи не подвергались никаким угрозам. Служба перехвата иностранных широковещательных станций слышала предупреждения Пхеньяна о провокационных актах в территориальных водах «катерами-разведчиками», замаскированными под рыбацкие лодки, но американцам показалось, что недовольство северокорейского флота распространяется только на рыбаков и военные корабли Южной Кореи.

Начальник отдела текущей разведывательной информации при штабе командующего ВМС США в зоне Тихого океана Б.Р. Инман не был встревожен. Он не был знаком с телеграммой директора АНБ от 29.12.1967 г., в которой отмечалась усиленная активность морских сил Северной Кореи, в том числе и потоплении ими южнокорейского патрульного катера, однако позже заявил, что указанная телеграмма вряд ли бы повлияла на его оценку обстановки. 11 января 1968 г. «Пуэбло» покинуло Японию. Двенадцатью днями позднее судно было окружено канонерскими лодками Северной Кореи и, при попытке оторваться от них, было обстреляно, что привело к гибели одного американского моряка. Коммандер Л. Блэчер не пошел на риск потерять своих людей в ледяной воде и сдал судно в плен. Восемьдесят два члена экипажа «Пуэбло» были доставлены в Вонсан (КНДР) в качестве пленников. В последующие одиннадцать месяцев северные корейцы подвергали пленников пыткам, заставив некоторых моряков угрозами подписаться под «признаниями» в их вине и выступить по радио в политических передачах. Президент Линдон Джонсон отверг несколько военных вариантов решения вопроса и пошел на переговоры. 23 декабря 1968 г. экипаж судна был освобожден. ВМС США не стали предавать военно-полевому суду капитана судна и его первого помощника. Несмотря на все усилия экипажа, они не смогли уничтожить все имевшиеся на борту «Пуэбло» секретные документы, которые требовались им для выполнения поставленной задачи.

В течение 1968 г. американские разведывательные суда продолжали вести радио- и визуальную разведку в северной Атлантике. (Третье переоборудованное судно из серии «AGER», «Палм Бич», в июле и начале августа 1968 г. занималось патрулированием в Норвежском море и северной Атлантике.) Планы увеличения количества судов серии «AGER» были положены под сукно. В июне 1969 г. «Палм Бич» действовало в восточной части Средиземного моря. В августе и начале сентября «Белмонт» также в восточной части Средиземного моря наблюдало за советским вертолетоносцем «Москва». К концу 1969 г. большая часть надводных разведывательных судов была выведена из боевого состава ВМС США. Предполагалось заменить их более быстроходными и лучше вооруженными эскортными эсминцами радиолокационного дозора. Эскортные эсминцы «Томас Д. Гэри» (DER-326) и «Калькатерра» (DER-390) были переоборудованы под корабли тактической военно-морской разведки (NTRS). На эсминцах были установлены специальные электронные комплексы (ICS Van), которые должны были обеспечить «сбор разведывательной информации в различных диапазонах по обнаруженным или указанным морским целям, обработку собранной информации на борту корабля и ее предварительную оценку, и передачу тактической и важной информации в режиме времени, близком к реальному». Во время иорданского кризиса (17—25 октября 1970 г.) «Калькатерра» действовал в восточном Средиземноморье. Однако финансовые трудности вынудили отказаться от переоборудования еще двух эскортных эсминцев для нужд ВМС США в зоне Тихого океана, а потом США вообще отказались от плана создания кораблей, могущих вести разведку в различных диапазонах радиоизлучений. Нападения северных корейцев на «Пуэбло» и через год на самолет-разведчик ЕС-121 вынудили Вашингтон отступить из-за опасения начала еще одной войны в Азии.

Несмотря на то, что советские траулеры-разведчики, сообщавшие в Ханой о предстоящих воздушных налетах, 03.10.1969 г. и 22.04.1970 г. подверглись нападениям со стороны южных вьетнамцев, советский ВМФ оказался более осмотрительным и последовательным в применении своих разведывательных судов. Как вспоминал советский разведчик-ветеран, «мы действовали не так, как американцы. Такими кораблями, как «Пуэбло, мы не рисковали. Мы действовали продуманно и тщательно планировали каждый свой шаг». Забавно, что после инцидента с захватом «Пуэбло», когда в США разгорелись дебаты относительно ценности кораблей-разведчиков, министр обороны США Р. Макнамара, выступая на закрытом заседании сенатского комитета, отметил полезность советских кораблей-разведчиков: «Иногда нам важно, чтобы советские корабли-разведчики... находились поблизости от наших сил. Во время арабо-израильского конфликта один советский корабль-разведчик следил за нашей ударной группой в Средиземном море... что позволило Советскому Союзу узнать о том, что заявление Насера и Хусейна о нападении американских самолетов на египетские войска не соответствует действительности, и для нас было чрезвычайно важно, что Советский Союз об этом знал».

Соединенные Штаты не полностью отказались от концепции надводного разведывательного судна, а просто вернулись к прежней практике использования амфибийных или вспомогательных судов. С противоположной стороны, советский ВМФ расширял свой флот разведывательных судов, свои «изгои» были и в советском рыболовном флоте — траулеры настолько чистые, что никто не поверил бы, что они регулярно занимаются ловлей рыбы. Обычно чайки не обращали на них внимания — признак, выдававший отсутствие запаха рыбы. В Англии, траулеры из Гулля и Гримсби с конца 1940-х годов занимались разведкой в Баренцевом море в рамках операции «Граб». Потеря траулера «Гол» в Баренцевом море в 1974 г. возродила слухи о причастности английских траулеров к секретной разведывательной работе. Западная Германия, Норвегия и Франция, в числе других стран-членов НАТО, также имели разведывательные корабли, как имели их нейтральные Швеция и Финляндия и члены Варшавского договора Польша и Восточная Германия. В отличие от английского «Гола» и советских «изгоев», все они ходили под военно-морским флагом и считались военными кораблями.

Со своей стороны, в 1970-х и 1980-х годах советские «военно-морские» суда-разведчики («AGI»), как элемент национальной системы контроля за океаном, продолжали успешно выполнять свои задачи в Мировом океане в районах постоянного и временного дежурства. Китобойные суда типа «Мирный» и траулеры класса «Маяк», «Океан» и «Альпинист» стали ходить в Средиземное море в 1962 г. и с 1964 г., в связи с войной во Вьетнаме, в Южно-Китайское и Восточно-Китайское моря.

Более крупные «Николай Зубов» и «Мома» использовались у Западного и Восточного побережья США и вблизи Гавайских островов, отслеживая действия американских ПЛАРБ вблизи Чарльстона и Пьюджет Саунд. Первое патрулирование было выполнено в 1965 г. После 1970 г. использовались гораздо лучше оборудованные корабли классов «Приморье» и «Бальзам», особенно для слежения за испытаниями американских ракет в Тихом океане. Суда классов «Приморье» и «Бальзам» были наиболее современными надводными судами-разведчиками, имевшими большие возможности для перехвата и анализа информации. На некоторых судах-разведчиках имелись средства для подводного обнаружения объектов (гидролокационные буи и незвуковые средства), а также электронно-оптические датчики.