В 1895 году Николай Николаевич связал свою судьбу с уроженкой Ташкента, 24-летней Александрой Николаевной Жемчужниковой — дочерью покойного к тому времени подполковника Николая Павловича Жемчужникова, одного из главных героев взятия Ташкента в 1865-м. 24 марта 1896 года Н.Н. Юденич был произведен в чин Генерального штаба полковника с формулировкой «за отличие». Во время службы в Туркестанском военном округе он стал кавалером орденов Святой Анны 3-й степени (30 августа 1893 года), Святого Станислава 2-й степени (9 июня 1895 года) и Святой Анны 2-й степени (22 июля 1900 года).

16 июля 1902 года, за два дня до своего сорокалетия, Николай Николаевич был назначен командиром 18-го стрелкового полка, расквартированного в городке Кальвария Сувалкской губернии (ныне Калвария, Литва). В его главе он и вышел на Русско-японскую войну 1904—1905 годов. С началом войны Юденичу предложили должность дежурного генерала в хорошо знакомом ему Туркестанском военном округе, но быстрому производству в генерал-майоры и спокойной тыловой жизни Николай Николаевич предпочел фронт. Незадолго до этого события Юденич был награжден орденом Святого Владимира 4-й степени за выслугу 25 лет.

Боевым крещением 43-летнего офицера стало сражение при Сандепу, на которое полковник Юденич вывел всю 5-ю стрелковую бригаду (ее командир генерал-майор А.Е. Чурин повредил руку, упав с лошади, и по старшинству бригаду временно принял Юденич). Обстоятельства боя были тяжелыми — японцы атаковали участок обороны, занимаемый 17-м и 20-м стрелковыми полками. Ночью Николай Николаевич прибыл на правый фланг и обратился к строю 20-го полка с вопросом: есть ли охотники контратаковать японцев?.. Желающих не обнаружилось. «Я сам буду командовать охотниками», — произнес тогда Юденич и с револьвером в руках первый двинулся на противника. За ним последовали сначала офицеры штаба бригады, а затем и рядовые стрелки. Порыв был настолько дружным, что японцы не выдержали напора и побежали. До Сандепу оставалось всего 600 шагов, когда Юденича настиг приказ командира корпуса, предписывавший… отойти на исходные позиции. Позднее Юденич получил от комкора строгий выговор за «неуместную самостоятельность». Сразу скажем, что в дальнейшем именно самостоятельность и умение брать на себя ответственность станут главными чертами Юденича-полководца.

Спустя несколько дней, 20 января 1905 года, Юденич возглавил наступление 5-й стрелковой бригады на японское укрепление в излучине реки Хунь-Хе. Эта атака происходила «в связке» с 1-й стрелковой бригадой (ее начальником штаба был будущий Верховный главнокомандующий русской армией Л.Г. Корнилов). Юденич снова лично возглавил цепь атакующих и одержал блестящую победу. 4 февраля полковник получил ранение в руку, но остался в строю.

В середине февраля вернулся к исполнению обязанностей комбриг генерал-майор А.Е. Чурин, а Юденич отбыл в свой 18-й стрелковый. В ночь с 21 на 22 февраля 1905 года полк покрыл себя славой во время обороны редута Янсытунь, прикрывавшего стратегически важную железнодорожную станцию. Николай Николаевич возглавил ночную контратаку, сражаясь рядом со своими стрелками с винтовкой в руках. В яростной схватке он получил пулевое ранение в шею. Штыкового удара русских стрелков японцы не выдержали, и редут был удержан…

Кстати, с этим ранением Юденича был связан вещий сон, который незадолго до сражения увидела его младшая сестра Клавдия. Свое видение она описала так: «Поле сражения, масса раненых, среди которых и Н. Н., а над ним Пресвятая Богородица, покрывающая его своим Омофором». Так и случилось в реальности — пуля, попавшая Юденичу в шею, прошла рядом с сонной артерией, и, хотя на перевязочный пункт его доставили без сознания, рана оказалась неопасной для жизни.

19 июня 1905 года Николай Николаевич был произведен в генерал-майоры с одновременным назначением командиром 2-й бригады 5-й стрелковой дивизии. Награды за проявленную на Русско-японской войне доблесть нашли его несколько позже — орден Святого Владимира 3-й степени с мечами был вручен ему в сентябре 1905-го, а Золотое оружие с надписью «За храбрость» и орден Святого Станислава 1-й степени с мечами — в феврале 1906 года. Коллективную награду за мужество получил и весь 18-й стрелковый полк — его офицерам были пожалованы особые нагрудные знаки с надписью «За Янсытунь 19—23 февраля 1905 г.».

После Русско-японской Юденичу пришлось долгое время находиться в госпитале: давали себя знать последствия ранения в шею. Только после излечения и отпуска он получил новое назначение. 10 февраля 1907-го генерал-майор Юденич простился с Виленским военным округом. Новым местом его службы стал Тифлис (ныне Тбилиси, Грузия), где Николай Николаевич получил должность генерал-квартирмейстера штаба округа. Интересно, что за 15 лет до этого в Тифлисе успел послужить и отец Юденича. С 1907 по 1917 год вся воинская служба генерала была связана с Кавказом, за исключением декабря 1912-го — февраля 1913 года, которые он провел на должности начальника штаба Казанского военного округа.

Подчиненные быстро оценили достоинства нового начальника. «От него никто не слышал, как он командовал полком, так как генерал не отличался словоохотливостью; георгиевский темляк да пришедшие слухи о тяжком ранении красноречиво говорили, что новый генерал-квартирмейстер прошел серьезную боевую страду, — вспоминал служивший в штабе Кавказского военного округа генерал-майор Б.П. Веселовзоров. — Скоро все окружающие убедились, что этот начальник не похож на генералов, которых присылал Петербург на далекую окраину, приезжавших подтягивать, учить свысока и смотревших на службу на Кавказе, как на временное пребывание… В самый краткий срок он стал и близким, и понятным для кавказцев. Точно всегда он был с нами. Удивительно простой, в котором отсутствовал яд под названием “генералин”, снисходительный, он быстро завоевал сердца… Работая с таким начальником, каждый был уверен, что в случае какой-либо порухи он не выдаст с головой подчиненного, защитит, а потом сам расправится как строгий, но справедливый отец-начальник… С таким генералом можно было идти безоглядно и делать дела. И война это доказала: Кавказская армия одержала громоносные победы, достойные подвигов славных предков». А служивший под руководством Юденича Д.П. Драценко так вспоминал манеру работы начальника штаба округа: «Он всегда и все спокойно выслушивал, хотя бы то было противно намеченной им программе… Никогда генерал Юденич не вмешивался в работу подчиненных начальников, никогда не критиковал их приказы, доклады, но скупо бросаемые им слова были обдуманны, полны смысла и являлись программой для тех, кто их слушал».

Генералы и офицеры штаба быстро оценили и гостеприимство Николая Николаевича: «Всегда радушный, он был широко гостеприимен. Его уютная квартира видела многочисленных сотоварищей по службе, строевое начальство и их семьи, радостно спешивших на ласковое приглашение генерала и его супруги. Пойти к Юденичам — это не являлось отбыванием номера, а стало искренним удовольствием для всех, сердечно их полюбивших». Кстати, во время Первой мировой войны Александра Николаевна Юденич не покладая рук трудилась в созданном ею лазарете, оборудованном в соответствии с последними достижениями хирургии. Она же организовала трудовую помощь женам мобилизованных солдат и офицеров и создала несколько мастерских по пошиву обмундирования, причем при них действовали бесплатные ясли для детей работниц.