3 декабря 1563 г. митрополит Макарий известил царя, что намерен оставить митрополию и «отъити на молчалное житие» в Пафнутьев Боровский монастырь, где некогда принял пострижение. Владыка был удручен старостью и болезнями. Этим объясняется его решение. Однако Иван IV боялся, что его недруги истолкуют отставку главы церкви по-своему.

Вместе с наследником Грозный посетил митрополичье подворье и «со слезами» молил владыку отказаться от своего решения. С той же целью к Макарию приезжала царица Мария Кученей. Лишь 21 декабря Макарий дал себя уговорить. Вздохнув с облегчением, монарх велел митрополичье отреченное послание «дранию предати пред его очами». Однако 31 декабря 1563 г. престарелый митрополит умер.

Церковь лишилась опытного и авторитетного руководителя, с которым считались и взбалмошный царь, и бояре. Духовенству все труднее было ладить с самодержцем.

Смерть Макария развязала руки Грозному. Начавшиеся репрессии выдвинули на авансцену новую фигуру — боярина Алексея Басманова-Плещеева. Он происходил из семьи, издавна близкой к царской фамилии. Отец его служил постельничим у Василия III. Сам Алексей Басманов преуспел на военной службе. Он отличился под стенами Казани и в знаменитой битве с татарами при Судьбищах. В первые дни Ливонской войны Басманов, обладая небольшими военными силами, овладел неприступной Нарвой. Выступив одним из инициаторов войны за Прибалтику, воевода снискал расположение Ивана IV, а затем стал его главным советником.

Переориентация всей внешней политики России сопровождалась переменами в составе думского руководства. Война в Прибалтике сделала настоятельной необходимостью заключение мира с Крымской ордой. Добиваясь мира, Грозный в марте 1563 г. наказал послу в Крыму Афанасию Нагому объявить татарам, что с ханом его, царя, ссорили «ближние люди» — Алексей Адашев, Иван Большой Шереметев и дьяк Иван Висковатый, за что изменники ныне наказаны. Адашева уже не было в живых. Зато печатник Висковатый в 1562–1563 гг. был отослан из Москвы с посольством в Данию, что было знаком падения его влияния при дворе. Посольство выехало в Копенгаген сразу после того, как Алексей Басманов завершил переговоры с датскими послами в Москве. После возвращения в Россию дьяку не вернули пост главы Посольского приказа, переданный дьяку Андрею Васильеву.

Самый влиятельный из трех названных лиц, Иван Шереметев, не подвергался видимой опале еще целый год. Его позиции в Боярской думе были достаточно прочными благодаря родству с Захарьиными.

Но правление Захарьиных приближалось к концу. Басманов хорошо видел это и старался ускорить их падение. Когда он затеял местнический спор с Шереметевым и выиграл дело, всем стало ясно, что старое правительство не пользуется более влиянием. Близкий родственник Захарьиных Иван Большой Шереметев в течение полутора десятилетий входил в Ближнюю думу даря. Он имел немалые военные заслуги и занимал исключительно высокую ступень на местнической лестнице. Но все это не остановило Басманова.

По времени возвышение Басманова весьма точно совпало с началом целой полосы гонений против знати. Новый любимец царя выступил как сторонник насильственных методов подавления боярской оппозиции. Одной из первых жертв Басманова стала семья Шереметевых. Едва кончилась их местническая тяжба, как бояре братья Иван и Никита Шереметевы были взяты под стражу.

Царь велел оковать Ивана Шереметева большой цепью «по вые, по рукам и по ногам». Пояс ему заменили толстым железным обручем, к которому привесили тяжелый груз. Один из самых популярных деятелей предыдущего периода — Шереметев — имел большие заслуги перед государством, и Грозный не решился его казнить, но отобрал у него имущество. Никита Шереметев был удавлен в тюрьме, а Иван Большой освобожден за поручительством конюшего Ивана Федорова-Челяднина и 80 других членов Государева двора. Захарьины не смогли предотвратить расправу над Шереметевыми.

В начале 1564 г. царю доложили о гибели его армии в Литве. Первые известия о поражении были сильно преувеличены. Главный воевода пропал без вести, и никто не мог определить размеров катастрофы. Грозный подозревал, что его военные планы были выданы литовцам вождями боярской оппозиции. Не медля ни минуты, он отдал приказ о казни двух заподозренных в измене бояр. Царские слуги арестовали в церкви во время всенощной князя Репнина и убили его на улице. Спустя несколько часов на утренней молитве убит был князь Кашин.

Репнин и Кашин более других воевод отличились под стенами Полоцка. Их убийство стало предметом яростной полемики между Курбским и царем. Беглый боярин с возмущением писал, что Иван пролил «победоносную, святую кровь» воевод «во церквах Божиих». На это царь с сарказмом отвечал, что давно уже ничего не слыхал о «святой крови» на Руси, что «мучеников за веру в сие время у нас тоже нет» и что «неподобно» нарицать изменников и блудников мучениками. Курбский не оставил без ответа выпад Ивана и включил в свою «Историю» целую притчу о «победоносном» воеводе Репнине и его «мученической» кончине. Притча эта весьма интересна.

После похода на Полоцк царь искал дружбы отличившегося воеводы и однажды пригласил его во дворец на веселый пир со скоморохами и ряжеными. Когда все изрядно подвыпили, царь и его приятели пустились плясать со скоморохами. Подобная непристойность шокировала ревнителя благочестия. Ко всеобщему смущению, боярин прослезился и стал громко корить и увещевать Ивана: «Иже не достоит ти, о царю христианский, таковых творити!» Царь пробовал урезонить строптивца, просил его: «Веселися и играй с нами!» — и пытался надеть маску на нелюбезного гостя, но тот, забыв приличия, растоптал «машкару» ногами. Ссылаясь на свой боярский чин, он заявил: «Не буди ми се безумие и безчинне сотворити в советническом чину сущу мужу!» В сердцах Иван велел вытолкать упрямого боярина взашей за двери.

Притчу о «подвиге» Репнина можно посчитать мифом. Но она хорошо характеризует взаимоотношения царя с «великими» боярами накануне опричнины. Страх не сделал безгласными «прегордых» вельмож. Угрозы Сильвестрова послушника еще не воспринимались всерьез. Как при Иване III и Василии III, так и теперь князья не только перечили, но и грубили самодержавному владыке.

Противники Грозного прекрасно понимали значение Басманова как вдохновителя начавшихся опал и казней. Немедленно после побега в Литву Курбский обрушился с яростными нападками на некоего царского «потаковника», который «детьми своими паче Кроновых жрецов действует». (Согласно греческой мифологии, Кронос, отец Зевса, пожирал своих детей.) Это был намек на юного фаворита Грозного Федора Басманова. Сей «потаковник, — писал Курбский, — шепчет во уши ложная царю и льет кровь кристьянскую, яко воду». Приведенное письмо Курбского, писанное вскоре после казни Репнина и других бояр, показывает, кто нес ответственность за случившееся. Им был Алексей Басманов, «преславный похлебник», «маньяк» и «губитель Святорусской земли», по выражению Курбского.

Кровавые казни вызвали ропот в столице. В таких условиях правительство сделало все, чтобы заручиться поддержкой церковного руководства.

Преемником Макария стал бывший протопоп Благовещенского собора Андрей, исполнявший более 10 лет роль духовника царя. После падения Сильвестра Андрей постригся в кремлевском Чудовом монастыре, приняв имя Афанасий. Царь остановил свой выбор на чудовском монахе, желая иметь во главе церкви послушного человека.