В стране действовал турецкий кодекс гражданского и уголовного права. Однако бракоразводные дела и вопросы наследования решались на основании шариата.

Первые годы турецко-египетского господства проходили в беспрерывных войнах. Восстания вспыхивали в различных районах Судана. Кроме того, Мухаммед Али требовал новых партий рабов и расширения захваченных территорий, что приводило к завоевательным войнам. В 20-х годах XIX века численность египетских войск в Судане доходила до 19 тыс. человек.

Генерал-губернатор Судана Хуршид-бей (1826—1837), опытный полководец, жестокий и умный администратор, продолжал настойчиво расширять владения паши. В 1827 г. он сам возглавил крупную военную экспедицию, которая, преодолевая отчаянное сопротивление динка, дошла со стороны Россейреса до реки Co6at. В 1830 г., поднявшись на лодках по Белому Нишу, египетские войска достигли устья этой реки.

В 1831—1832 гг. Хуршид-бей предпринял поход в сторону Красноморского побережья, в страну, населенную племенами хадендоа. Шеститысячное войско, вооруженное пушками, переправилось на восточный берег Атбары и достигло района расположения современного города Кассала. Хадендоа оказали завоевателям сильное сопротивление. Хуршид-бей, потеряв 1500 человек убитыми и умершими от истощения и болезней, поспешно ретировался.

Мухаммед Али и турецко-египетские правители рассматривали Судан как постоянный и верный источник доходов. Из страны вывозилось все, что только можно было увезти: скот, зерно, кожи, шерсть, слоновая кость, гуммиарабик. Кроме того, Мухаммед Али настойчиво требовал от наместника все новых и новых партий рабов для пополнения армии. Население подвергалось открытому ограблению со стороны стражи наместника. На непокорные племена, города и деревни в качестве одной из мер наказания накладывались различного рода контрибуции.

Население Судана было обложено многочисленными налогами. Все земледельцы Нильской долины выплачивали поземельный налог. Особый налог накладывался на водоподъемные колеса (сакия). Налоги выплачивали владельцы рабов, крупного и мелкого рогатого скота. В 1835 г. Мухаммед Али разрешил Хуршиду наряду со скотом принимать от налогоплательщиков рабов. Если же налоги не выплачивались в установленные сроки, то у провинившихся имущество отторгалось силой. Суданские крестьяне и кочевники, спасаясь от притеснений и поборов, бежали в Дарфур, Вадаи, Эфиопию.

В начале второй половины XIX века Англия стала проявлять к Судану повышенный интерес. В колониальном разделе Африки Англия опередила другие европейские страны. Она подчинила своему влиянию Маскатский и Занзибарский султанаты, пыталась активно вмешиваться во внутренние дела Эфиопии, укрепила свои позиции в Египте. Все это позволило ей проникнуть и в Восточный Судан.

В 1869 г. по инициативе Англии в южные районы Судана была послана военная экспедиция. Она проводилась под египетским флагом и на средства египетской казны, но командовал ею англичанин Самюэл Байкер. Основная цель экспедиции — подчинение южных, сопредельных с Восточным Суданом стран — отвечала английским стремлениям проникнуть в центральные районы Африки с помощью Египта.

Сразу же вслед за этой экспедицией, в 1872 г., английская дипломатия получила от египетского хедива согласие на назначение того же Бейкера губернатором вновь присоединенных к Судану областей. В 1874 г. Бейкера сменил полковник Гордон.

К тому времени Англия, используя финансовые затруднения Египта, добилась значительного влияния и на его правительство. В 1877—1879 гг. Гордон занимал пост наместника хедива в Судане, став полновластным правителем страны. Южными вновь присоединенными провинциями Судана, Бахр-эль-Газалем и Экваториальной, управляли его ставленники — англичанин Лептон и немец Эдуард Шнитцер (Эмин-паша).

Хедив Исмаил, попавший в финансовую кабалу к европейским ростовщикам, пытался за счет увеличения налогов выпутаться из долгов. Население Египта и Судана было обложено непосильными поборами. В одном лишь 1873 г. с суданского населения был взыскан 1 млн. ф. ст. В 1877 г. в Дарфуре и Бахр-эль-Газале вспыхнули мятежи, жестоко подавленные Гордоном.

В 1881 г. в Судане появился проповедник Мухаммед Ахмад, который объявил себя мессией. Его полное имя — Мухаммад бен Ахмад ибн Сайид Абдалла. Он родился в 1844 г. в провинции Донгала. Его семья вела свою родословную от пророка Мухаммеда.

По завершении религиозного образования в 1870 г. Мухаммад отправляется на остров Абба на Белом Ниле, где и посвящает себя размышлениям и молитве. Здесь ему и пришла идея поднять суданские племена против колонизаторов. Остров стал центром заговора и подготовки к восстанию. Правда, поначалу сторонников у Абдаллы было немного.

Около 1880 г. Мухаммад бен Ахмад впервые заявил о себе как о «махди» — «ведомом верным путем». С самого начала его поддерживал друг Абдалла ат-Таюши. В мае 1881 г. египетские власти вызвали Мухаммада бен Ахмада в Хартум для объяснений, но он отказался подчиниться. Провозгласив себя «махди», он призвал к джихаду против неверных.

Чтобы уничтожить махди и его сторонников, египетский наместник Рауф-паша послал вооруженный отряд в 200 человек, который высадился на остров Абба и атаковал махдистов. Не имея огнестрельного оружия, махдисты скрывались до наступления темноты, а затем окружили отряд противника и вырезали его.

Одержав свою первую победу, махди выступил в Кордофан — район более обособленный и защищенный от нападения. Здесь он стал собирать ополчение, выдвинув лозунг джихада — священной войны с «неверными».

На востоке Судана, на берегу Красного моря махди поддержал племенной вождь Осман Дигна («Бородатый»), собравший 15-тысячную армию.

В Англии и в европейской истории восстание получило название «Война с дервишами» или «Восстание махди».

В мае 1882 г. египетское правительство бросило против махди шеститысячную армию, которая также потерпела поражение. Эта победа значительно укрепила позиции махди. В начале ноября 1882 г. он напал на Эль-Обейд, а 18 января 1883 г. его египетский гарнизон капитулировал. Захваченный Эль-Обейд махди сделал своей резиденцией.

Однако попытки подавить восстание махдистов продолжались. Египет обратился за помощью к Англии. Англичане согласились предоставить только вооружение, войска же были египетские. К осени 1883 г. была создана экспедиционная армия, которую возглавил английский генерал Уильям Хик. Под его командой было 8 тыс. солдат и тысяча иррегулярной конницы, 14 пушек. Корпус сопровождали 2 тысячи носильщиков.

Несмотря на его недовольство подчиненными, которые были плохо обучены, а боевой дух напрочь отсутствовал, генерал был вынужден идти в бой. В сентябре армия Хика выдвинулась в поход. Махди уже испытанным тактическом ходом начал изнурять армию противника длительными походами по пустыне.

3 ноября 1883 г. недалеко от местечка Эль-Обейд состоялось генеральное сражение. Абдалла предложил Хику почетную капитуляцию, но генерал предпочел сражение. Измученная армия египтян, потеряв еще в походах большую часть бойцов, построилась в каре, которое держалось около двух суток, но все же распалось. Деморализованное войско не спасли ни пушки, ни 6 имевшихся на его вооружении пулеметов (типа митральез). Только 500 египетских солдат сумели вырваться из мешка и уйти в Хартум, а треть армии попала в плен. Позже махди освободил всех пленных, кроме офицеров, которых приказал казнить. Только трое европейцев из всего корпуса спаслись. Среди них был повар Хика, который и поведал о судьбе генерала. По его словам, Хик был убит копьем, когда перезаряжал револьвер. Его смерть положила конец сопротивлению египтян. Мертвому Хику отсекли голову и преподнесли махди.