При участии Феодосьева в штабе Сибирской флотилии были разработаны задачи и для небольшого отряда судов под громким названием Иртышской флотилии, состоявшие в том, что суда 1-го её дивизиона предназначались для сражений на Иртыше, а 2-го — для обороны различных плесов.

По просьбе Феодосьева штаб направил Николая Рудольфовича Гутана командовать «Александром» и «Иртышом», а пароход «Зайсон» был возвращен в порт для перевооружения, проходившего под наблюдением и при участии Феодосьева.

Было решено, что после окончания работ с «Зайсоном» капитан Феодосьев снова вернется в Омск, где требовалось решить задачи по вооружению судов «Катунь», «Алтай», «Туру» и нескольких приданных флотилии катеров.

Когда же в Омск по железной дороге прибыли 20 британских орудий и долгожданные снаряды к 4-дюймовым орудиям, командование решило довооружить британскими орудиями «Зайсон» и 2-й дивизион, установив на его суда четыре дополнительных орудия. Оставшуюся британскую артиллерию распределили между прочими судами флотилии.

Так, на «Катунь» и «Алтай» моряки установили два британских орудия, прибывшие в Россию сложными путями из английского графства Кент. Их установили на носу судна и дополнили 3-х дюймовыми орудиями на корме.

Бывшие пассажирские пароходы «Ермак» и «Урал», мобилизованные для нужд Сибирской флотилии, должны были также вооружаться в Томске, но за неимением британских морских орудий на них установили полевые русские 3-дюймовые.

Вооружение «Зайсона», «Катуни» и «Туры» продолжалось около десяти дней, после чего Верховный правитель адмирал Колчак сделал смотр кораблям и учебному батальону одновременно.

Смотр прошел удачно. Колчак остался доволен увиденным и был впечатлен подготовленностью морских офицеров.

Однако радость Колчака была омрачена буквально на следующий день. В штабе Верховного правителя было получено известие о том, что «Иртыш» и «Александр» захвачены большевиками, а Николай Рудольфович Гутан и все находившиеся с ним на судах экипажи перебиты.

В начале сентября 1919 года «Катунь» вышла вниз по реке, держа путь к Тобольску. На борт корабля отправились начальник штаба лейтенант резерва британского флота, награжденный медалью «За заслуги», Дмитрий Николаевич Федотов и флаг-гарт поручик по адмиралтейству Михаил Иванович Запрудин. Пулеметным офицером «Катуни» был поручик Антон Павлович Василевский.

В соответствии с приказом Ставки Сибирская флотилия должна была обеспечивать охрану движения каравана барж, шедшего с большим количеством военного снаряжения с устья реки Оби в Томск, а также защищать подступы к Омску.

Мысль о скорой сдаче Тобольска Ставкой тогда не допускалась. Из Усть-Ишима, куда добрались суда флотилии, экипаж «Катуни» поддержал небольшую операцию по высадке десанта у деревни Новой, где, как сообщали впоследствии, несколько большевиков, а главным образом местные жители, отрезали обоз Боткинской дивизии. В этом десанте участвовал и экипаж парохода «Зайсон».

На берег высадилась комендантская команда Боткинской дивизии и добровольцы с «Зайсона».

Большевики тем временем уже подступили к Усть-Ишиму и быстро продвигались по Ишимскому тракту. Ввиду столь быстрого наступления красных взаимодействие поддерживающего оборону города судна «Катуни» с сухопутными частями нарушилось.

В обстановке полного отсутствия связи со штабами на берегу командир судна принял решение об отводе судна к Таре. Ретирада заняла дня три-четыре. Придя в село Знаменское, «Катунь» задержалась там всего на несколько часов и вскоре достигла пункта своего назначения. Из Тары командир «Катуни» связался с командованием флотилии и просил повлиять на то, чтобы прислали хотя бы какое-нибудь подкрепление, а также придали флотилии батальон морских стрелков для возможных десантных операций.

От защитников Усть-Ишима в Ставку было направлено донесение с указанием важности защиты Тобольского направления, а также описанием текущего тактического положения Боткинской дивизии. В полученном Ставкой донесении подчеркивалась полная невозможность что-либо предпринять флотилии для поддержки сухопутных сил воткинцев без подкрепления.

В ответ на это пришла телеграмма, что из всех войск, действующих на тобольском направлении, уже образовалась Тобольская группа во главе с генералом Редько. Из группы идет подкрепление для Боткинской дивизии в составе 600 человек, к которому при необходимости будет придан полк в составе 1200 человек и батальон морских стрелков.

Но эти поспешно сформированные силы уже не могли изменить общую обстановку на фронте, а тем более существенно поддержать флотилию, да и сама она едва ли могла повлиять в лучшую сторону на перемены на данном направлении.

Успешные действия Сибирской флотилии под Тобольском и на Иртыше были остановлены наступавшими холодами, вынудившими всю Обь-Иртышскую флотилию отправиться в порт Томска. Там она оказалась в невольной ловушке, ибо после катастрофы на всех фронтах корабли, стоявшие у городской пристани, были атакованы и захвачены красными, подавившими слабое сопротивление оставшихся на них немногочисленных команд.

В январе 1920 года около Красноярска большевистские части окружили отступавшую группу морских офицеров, среди которых был и сам командующий флотилией капитан 1-го ранга Петр Петрович Феодосьев.

В ходе неравного боя красные захватили в плен немногих уцелевших моряков, но сам командующий был ими убит. Отдельные офицеры флотилии, которым посчастливилось избежать плена, путем невероятных приключений, почти всегда сопряженных с риском для жизни, в одиночку и небольшими группами, добрались до Дальнего Востока, где Белая борьба уже вступала в свою заключительную фазу.

На всем протяжении Гражданской войны Дальний Восток являлся для белых речных флотилий глубоким тылом. Согласно приказу № 16 от 23 ноября 1918 года старший морской начальник флотилий именовался помощником Верховного уполномоченного на Дальнем Востоке по морской части и был впоследствии переименован в командующего Морскими силами на Дальнем Востоке с подчинением ему Сибирской и Амурской флотилий.

Во Владивостоке был расквартирован один из батальонов морских стрелков. Он носил такую же форму, что и вся бригада, а основным наружным знаком, как на Дальнем Востоке, так и в Сибири, стала нарукавная нашивка, носившаяся её чинами на левом рукаве в виде синего адмиралтейского якоря.

Нашивка была либо выделана из ткани синего цвета, либо вышита нитками. Её носили как офицеры бригады, так и её нижние чины.

Из имевших отношение к флоту учреждений в городе были открыты Морское училище и радиошкола. В Томске была учреждена Машинно-моторная школа, а в Красноярске — Артиллерийская мастерская, готовившая Сибирской и Тихоокеанской флотилиям соответствующих специалистов.

Выпускники этих учебных заведений при желании сразу же зачислялись в экипажи судов и свою первую практику проходили в условиях самой настоящей речной войны.