Совпадения в трактовке истории Иисуса у двух писателей могли произойти независимо, в результате самостоятельного осмысливания показаний источников. Однако ряд конкретных совпадений с книгой Мережковского появился в «Мастере и Маргарите» в середине 30-х годов, вероятно, под влиянием знакомства с «Иисусом Неизвестным». Так Мережковский полагал, что вместо Иуды Искариота был Иуда из Кериота. Именно так стал называться булгаковский герой во второй редакции ершалаимских сцен, создававшейся осенью 1933 года. Иуда из Кириафа появился лишь в окончательном тексте романа. В «Иисусе Неизвестном» следующим образом описана туча, покрывшая небо в день суда и казни Христа: «Судя по внезапно наступающей в тот день, полуденной, как бы полуночной, тьме Голгофской, — „тьма наступила по всей земле“ (Мк 15, 33), — солнце в то утро взошло мутно-зловещее, как всегда перед юго-восточным ветром, хамзином… Только что судьи, выйдя из палаты суда, взглянули на небо, как, может быть, подумали: „В первый день Пасхи хамзин — недобрый знак!“ „Хуже Черного Желтый“, — говорили в народе; это значит: „тихий желтый диавол хамзина хуже черного дьявола бурь“. Очень высоко в небе проносящийся и земли почти недосягающий ветер из Аравийской пустыни гонит по небу облака пыли неосязаемой; только на зубах хрустит она, стесняет дыхание и воспаляет глаза. Где-то очень далеко пронесшегося черного самума хамзин — желтая, слабая, но все еще страшная тень. Стелется по земле и по небу, как дым от пожара, мутно-желтая мгла, и тускло-красное, без лучей, солнце висит в ней кровяным шаром… Как бы довременного хаоса и Конца грядущего проходит по лицу земли и неба зловещая тень».

В 1938 году в тексте ершалаимских сцен возникла черно-желтая туча: «По небу с запада поднималась грозно и неуклонно, стерев солнце, грозовая туча. Края ее уже вскипали белой пеной, черное дымное брюхо отсвечивало желтым. По дорогам, ведшим к Ершалаиму, гонимые внезапно поднявшимся ветром, летели, вертясь, пыльные столбы». Здесь посланная Воландом туча олицетворяет и черный самум, и его желтую тень — хамзин, символизируя первобытный хаос и близкий конец страданий Иешуа.

Цитата из гётевского «Фауста»: «…так кто ж ты, наконец? — Я часть той силы, что вечно хочет зла и вечно совершает благо», — пришла в булгаковский роман в качестве эпиграфа также из «Иисуса Неизвестного». В главе «По ту сторону Евангелия» Мережковский приводит свой перевод и немецкий оригинал этого места:

«Дьявол служит Богу наперекор себе, как однажды признался Фаусту Мефистофель, один из очень умных дьяволов:

Я — часть той Силы,

Что вечно делает добро, желая зла.

Ein Teil von jener Kraft

Die stets das Boese will und stets das Gute schafft.

В главном все же не признался, — что для него невольное служение Богу — ад.

Русские коммунисты, маленькие дьяволы, „антихристы“, служат сейчас Христу, как давно никто не служил. Снять с Евангелия пыль веков — привычку; сделать его новым, как будто вчера написанным, таким „ужасным“ — „удивительным“, каким не было оно с первых дней христианства, — дело это, самое нужное сейчас для Евангелия, русские коммунисты делают так, что лучше нельзя, отучая людей от Евангелия, пряча его, запрещая, истребляя. Если бы только знали они, что делают, — но не узнают до конца своего. Только такие маленькие глупые дьяволы, как эти (умны, хитры во всем, кроме этого), могут надеяться истребить Евангелие так, чтобы оно исчезло из памяти людей навсегда. Тот, настоящий, большой дьявол — Антихрист — будет поумнее: „Христу подобен во всем“.

Нет, люди не забудут Евангелия: вспомнят — прочтут, — мы себе и представить не можем, какими глазами, с каким удивлением и ужасом; и какой будет взрыв любви ко Христу. Был ли такой с тех дней, когда Он жил на земле? Может быть, взрыв начнет Россия — кончит мир».

Интересно, что в 1938 году в подготовительных материалах к «Мастеру и Маргарите» Булгаков выписал как раз тот текст немецкого оригинала «Фауста», что приведен в «Иисусе Неизвестном». Легко убедиться, что первая строка перевода у Булгакова и Мережковского совпадает, причем добавлено отсутствующее у Гёте местоимение «я». Немецкое «stets» точнее было бы перевести как «всегда» или «постоянно», тогда как «вечно» — это «ewig». Однако Булгаков вслед за Мережковским использовал не столь очевидное здесь «вечно», приблизив, правда, свой перевод к буквальному следованию оригиналу: убрал деепричастный оборот и дважды перевел «stets» как «вечно». Кстати, в главе «Иисус и дьявол» Мережковский приводит немецкий текст и свой перевод другой фразы, вошедшей в эпиграф к «Мастеру и Маргарите»: «Кто же ты?» — очень близкий к булгаковскому.

Побудительные мотивы в обращении к евангельскому сюжету были у двух писателей одинаковыми: торжество государственного атеизма в СССР, гонения на церковь, фактический запрет Евангелий и культивирование мифологической школы в изучении происхождения христианства. Интересно, что образ Понтия Пилата у Мережковского и Булгакова получился практически тождественный. Автор «Иисуса Неизвестного» заметил:

«Очень удивился бы, вероятно, Пилат, но, может быть, не очень обрадовался бы, если бы узнал об этой будущей славе своей; удивился бы, вероятно, еще больше, если бы, поняв, что значит „христианин“, узнал, что христиане будут считать его своим… Нет, Пилат — не „святой“, но и не злодей: он в высшей степени средний человек своего времени. „Се человек!..“ — можно бы сказать о нем самом. Почти милосерд, почти жесток; почти благороден, почти подл; почти мудр, почти безумен; почти невинен, почти преступен; все — почти, и ничего — совсем: вечное проклятие „средних людей“».

Только Булгаков наделяет своего Пилата гораздо более глубокими муками совести за содеянное. Он заимствует у Мережковского некоторые реалии эпохи вроде мозаики в претории, где ведет допрос прокуратор, или походного стула центуриона, на котором во время казни восседает Афраний. Приказ прокуратора развязать Иисусу руки — также из «Иисуса Неизвестного». Но вот булгаковский Воланд сильно отличается от дьявола Мережковского. Выполнение просьб-поручений Иешуа для него совсем не мука, и ворчит Воланд скорее для того, чтобы скрыть, что его цели по сути совпадают с целями Иешуа. Мережковский думал, что восстановить истинное Евангелие от Иисуса — это значит поверить в Богочеловека, узреть Его небесный и земной лик и начать жить по Христу. Поэтому писатель был убежден, что сокрытие властями Евангелий канонических только приблизит грядущую веру населения России в Евангелие истинное, а тем самым — достижение христианских идеалов в масштабе всего человечества. Эпилог «Мастера и Маргариты» куда пессимистичнее: все вернулось на круги своя. Визит Воланда и гениальный роман Мастера об Иешуа и Пилате ничего не изменили в современной Москве. И Га-Ноцри для Булгакова скорее не Богочеловек, а просто человек.

Иешуа Га-Ноцри, как неоднократно подчеркивает писатель, это человек, а не Сын Божий. Он не свершает чудес, отраженных в Евангелиях, и с ним самим не происходит чуда Воскресения. Столь вольную трактовку евангельского сюжета вряд ли позволил бы себе правоверный христианин — православный, католик и даже представитель какой-либо из многочисленных протестантских конфессий.