Выписка названия города Кириаф со ссылкой на Фаррара в булгаковском архиве восходит к тому месту «Жизни Иисуса Христа», где, используя в качестве источника книгу Иисуса Навина, Фаррар отмечает: «Кириаф есть имя города на южной границе Иудеи». Соответствующий отрывок в русском синодальном переводе Библии звучит так «…Города же их (были) Гаваон, Кефира, Беероф и Кириаф-Иарим» (Нав. 9:17). Чевкин и Булгаков восприняли сделанную Фарраром расшифровку прозвища Искариот, однако по-разному транскрибировали название города. Первый, очевидно, пользовался английским оригиналом, а второй, судя по сохранившейся в архиве пагинации выписок, переводом М.Л.Фивейского, изданным в 1904 году, где соответствующее место читалось следующим образом: «Вот удел колена сынов Иудиных: в смежностью с Идумеею на юге были: …Гацор-Хадафа, Кириаф, Хецрон, иначе Гацор».

Булгаков стал автором оригинальной трактовки евангельского сюжета, введя в роман эпизод убийства Иуды из Кириафа по распоряжению Пилата. В сцене гибели предателя он использовал ряд деталей из очерка русского писателя Александра Митрофановича Федорова «Гефсимания», опубликованного в апреле 1911 года в петербургском журнале «Новое слово». Здесь переданы впечатления от посещения Федоровым Гефсиманского сада в лунную весеннюю ночь. При этом упоминаются многие реалии, отразившиеся в булгаковском романе: турецкие казармы на месте дворца Пилата (в «Мастере и Маргарите» рядом с дворцом помещены римские казармы); караваны арабов-паломников на верблюдах, ничуть не изменившиеся со времен Христа; ворота и стены Гефсиманского сада; переправа через Кедронский поток В саду автора «Гефсимании» подкарауливали двое разбойников, и лишь присутствие проводника спасло его. От проводника же Федоров узнал, что недавно здесь был зарезан инок Пафнутий. Писатель утверждает, что, узнав об убийстве Пафнутия, тут же повторил про себя всю историю Иисуса, пришедшую ему на память в этот момент.

Об Иуде же Федоров отозвался следующим образом: «Нельзя измерить величие божественной жертвы, но мучительная дрожь охватывает при мысли о том, что за ней и перед ней — предательство. Оно издевается над ее бесплодностью, звоном сребреников оно отвечает на молитву, четками которой служат кровавые капли пота. Оно сторожит на каждом шагу подвиг и предательскими ударами ножа подсекает его корни. Удавился Иуда, но за ним стояли первосвященники. Сила предательства в них. И на смену одного сломавшегося клинка всегда явится другой, чтобы поразить из темноты героя». Вероятно, не без влияния очерка Федорова Булгаков сделал местом убийства Иуды из Кириафа Гефсиманский сад. В романе его поражает из темноты предательский клинок убийцы. Но булгаковский Иуда, как и его литературный прототип из «Гефсимании», всего лишь орудие в руках Каифы. Пилат убийством предателя не только не может искупить свой грех, но и не в состоянии вырвать корни заговора. Члены Синедриона в конце концов добиваются отставки прокуратора, и Пилат предчувствует такой исход.

Внимание Булгакова, несомненно, привлекли и слова Федорова о том, что «в продолжение двух тысячелетий на землю эту упали ливни крови: кости сваливались, как хворост, и дикие бури-войны бушевали во время Христа. Иерусалим разрушался и возникал много раз, но в Гефсиманском саду растут те же сизые маслины, те же красные цикламены качаются среди камней, как огненные бабочки. И люди остались те же». У Булгакова первые капли крови, которые пролились в Гефсиманском саду после гибели Иешуа, это капли крови Иуды. Данному месту у Федорова созвучны и слова Левия Матвея Понтию Пилату о том, что «крови еще будет», а также заключение Воланда на сеансе черной магии в Театре Варьете о том, что со времен Иисуса Христа люди мало изменились.

Эпилог романа созвучен воображаемому вознесению Христа в очерке Федорова: «Туча и луна придают еще более очарования тому, что я вижу, угадываю, почти постигаю. Шире раздалось серебристо-голубое пространство между землею и тучами; бесконечно длинной полосой, изломанной со стороны неба и земли, сияет оно и как бы течет, как светлая река. Слева, под этой рекой света, еще более яркое пространство, которое все фосфорится и блещет, точно зеркало луны, где она отражается из-за туч». В эпилоге «Мастера и Маргариты» в сне Ивана Бездомного бывший поэт, ставший профессором истории, видит вознесшегося Иешуа, мирно беседующего с Пилатом. При этом «лунный путь вскипает, из него начинает хлестать лунная река и разливается во все стороны. Луна властвует и играет, луна танцует и шалит. Тогда в потоке складывается непомерной красоты женщина и выводит к Ивану за руку пугливо озирающегося и обросшего бородой человека» — Мастера. Эти двое утешают бывшего поэта, после чего «луна начинает неистовствовать, она обрушивает потоки света прямо на Ивана, она разбрызгивает свет во все стороны, в комнате начинается лунное наводнение, свет качается, поднимается выше, затопляет постель. Вот тогда и спит Иван Николаевич со счастливым лицом». Гефсиманский сад из места вознесения Христа у Булгакова превратился в место убийства Иуды. Он контаминировал рассуждения Федорова об Иуде и его же рассказ о двух разбойниках в Гефсиманском саду и убийстве там инока Пафнутия.

Еще в фельетоне «Багровый остров» появилась сцена убийства арапского полководца Рики-Тики, выступающего на стороне иностранных интервентов против родного острова. Она очень напоминает сцену убийства Иуды из Кириафа: «Арап во мгновение выхватил ножик и вдохновенно всадил его Рики-Тики, чрезвычайно метко угадав между 5-м и 6-м ребром с левой стороны.

— Помо… — ахнул вояодь, — …гите, — закончил он уже на том свете — перед престолом Всевышнего.

— Ур-ра!!! — грянули эфиопы».

В «Мастере и Маргарите» «за спиной у Иуды взлетел нож, как молния, и ударил влюбленного под лопатку. Иуду швырнуло вперед, и руки со скрюченными пальцами он выбросил в воздух. Передний человек поймал Иуду на свой нож и по рукоять всадил его в сердце Иуды.

— Ни… за… — не своим, высоким и чистым молодым голосом, а голосом низким и укоризненным проговорил Иуда и больше не издал ни одного звука. Тело его так сильно ударилось о землю, что она загудела».

Когда Афраний докладывает Пилату об убийстве Иуды, то отмечает, что «убит он с чрезвычайным искусством». На вопрос прокуратора: «Так что он, конечно, не встанет?» — начальник тайной стражи философски отвечает: «Нет, прокуратор, он встанет… когда труба Мессии, которого они здесь ожидают, прозвучит над ним. Но ранее он не встанет!» Эпизод убийства Иуды решается как эпическое преображение пародийного описания убийства предателя Рики-Тики (арапы обвиняют полководца в том, что он их «загнал под чемоданы», т. е. намеренно подставил под огонь тяжелых британских орудий). Обоих убивают искусным ударом ножа в сердце, громовое «ура» эфиопов по случаю гибели Рики-Тики превращается в «Мастере и Маргарите» в гул, который издает земля при падении Иуды. Одинаковым образом разбито на две части последнее слово, которое произносят жертвы, причем Рики-Тики оканчивает его уже на том свете перед престолом Всевышнего. А Иуде из Кириафа предстоит подняться, когда над ним протрубит труба Мессии. Пародийное убийство в фельетоне превращается в эпическое убийство Иуды в романе.

Иуду губит любовь к Низе, чье имя он укоризненно произносит в последние мгновения жизни. Нож убийцы взлетает над ним «как молния», напоминая о словах Мастера, которыми тот передает возникновение любви между ним и Маргаритой: «Любовь выскочила перед нами, как из-под земли выскакивает убийца в переулке, и поразила нас сразу обоих! Так поражает молния, так поражает финский нож!»