Однако в действительности всё было не совсем так. О том, что его молитвы обладают чудесным целительным влиянием на людей, Иоанн Сергиев догадался гораздо раньше появления в Кронштадте «благочестивой женщины». Так, в дневнике конца 1859 года уже появляется первая запись о воскрешении младенца:

«27-го числа декабря в 10 часов пополуночи позвали меня крестить младенца к кронштадтскому купцу Алексею Коновалову и при этом объявили, что младенец очень слаб. Собравшись как можно скорее, я сел с причетником в извозчичьи сани и отправился в дом означенного купца. Здесь приказал поскорее приготовить воду и вынести младенца. Когда младенец был вынесен, я тотчас же осмотрел его и нашел, что он был чрезвычайно слаб и жизнь в нем быстро потухала: на лице была уже смертная бледность, глаза, закатившиеся под лоб, не имели блеску и жизни – младенец засыпал сном смертным, и всё тело начинало холодеть. Видя, что над ним можно совершить только краткое крещение, я возгласил: Благословенно Царство… и затем, прочитав молитву и влив в воду елей крестообразно, я помазал его, а затем взял на руки, чтобы погрузить в воду. Тут я окончательно убедился, что младенец живет последние часы, если не последние минуты: он был весь как кусок мяса – никакой плотности в частях тела. Я боялся, как бы он не скончался у меня на руках, но, надеясь на силу Таинства, в котором Дух Животворящий оживляет наши души, умерщвленные грехом и дияволом, тем более силен оживить и тело – служебное орудие души, я погрузил его три раза в воду – во имя Отца и Сына и Святого Духа. Вынув из воды и положив его на руки восприемнику, я услышал, что он закричал; взглянувши ему в лицо, я увидел, что глаза, взгляд его стали видимо проясняться и в теле показалась некоторая живость; затем, когда я помазал его святым миром, младенца уже нельзя было узнать: глаза его загорелись и заблестели, лицо оживилось и расцвело, во всем теле, во всех его членах явилась необыкновенная живость».

Это было первое чудо отца Иоанна. С начала шестидесятых годов подобные записи начинают появляться всё чаще и чаще. Сам автор дневника смотрит на эти чудеса с некоторой опаской, но как бы вынужден их признать: «Младенцы Павел и Ольга по беспредельному милосердию Владыки и по молитве моего непотребства также исцелились от обдержавшего их духа немощи. У Павла малютки немощь разрешилась сном. Малютка Ольга получила спокойствие духа, и личико из темного сделалось ясным. Девять раз ходил молиться с дерзновенным упованием, надеясь, что упование не посрамит, что толкущему отверзется, что хотя за неотступность даст мне Владыка просимое, что если неправедный судия удовлетворил наконец утруждавшую его женщину (Лк 18:2–7), то тем более Судия всех праведнейший удовлетворит мою грешную молитву о невинных детях, что Он призрит на труд мой, на ходьбу мою, на молитвенные слова и коленопреклонения мои, на дерзновение мое, на упование мое. Прихожу в десятый раз – младенцы здоровы. Поблагодарил Владыку и пребыструю Заступницу. Мая 13-го дня 1862 г.»

Если для спасения детей требовалась девятикратная молитва, то для выздоровления взрослого человека бывало довольно одной, поскольку он сам участвовал в молитвах вместе со священником. «Брандмейстер Василий Иванович, бывши смертельно болен воспалением желудка девять дней и не получивши ни малейшего облегчения от медицинских пособий, лишь только причастился в девятый день поутру животворящих Таин – к вечеру стал здоров и встал с одра болезненного. Причастил с твердою верою. Я молился об нем ко Господу, чтоб исцелил его. Господи, говорил я, исцели раба Твоего от болезни его. Достоин есть, ему же даси сие: любит бо священников Твоих и дары своя присылает им. Молился и в церкви у престола Господня за литургией во время молитвы: Иже общия сия и согласныя даровавый нам молитвы… и пред самыми Тайнами. Я молился, между прочим, так: Господи! Животе наш! Как мне помыслить легко об исцелении, так Тебе исцелить легко всякую болезнь; как мне помыслить легко о воскресении из мертвых, так Тебе легко воскресить всякого мертвеца. Исцели убо раба Твоего Василия от лютой болезни и не допусти ему умереть, да не предадутся рыданию жена и дети его. – И благопослушливый Владыка помиловал. А то был на волосок от смерти. Сам признался уже на девятый день пред причастием, что нисколько нет ему лучше от пиявок и клистира. Слава всемогуществу, благости и благопослушеству Господа!»

Наконец, в дневнике отца Иоанна начала шестидесятых годов появляется свидетельство о спасении по его молитвам одновременно целой группы людей, которые, возможно, даже ничего не знали о существовании необыкновенного священника.

«Сегодня один светский человек (Иван Кириллович Гречухин) по внушению Божию напомнил мне и вразумил меня, чтобы я помолился пред престолом Божиим за бедствующих до смерти во льду морском. Я молился, несмотря на препятствия врага, на огненное неверие, сомнение. Бедствовавшие три дня в море спаслись во время обедни в то самое время, когда я молился. Благодарю Тебя, благопослушливый Владыко, яко внял еси недостойной молитве моей и исполнил ее. Благодарю Тебя, яко научил еси мя Духом Твоим, как подобает молиться Тебе о спасении погибающих. Несколько раз я повторял дерзновенные молитвы – до пресуществления Святых Даров, во время и после пресуществления».

В конце 60-х годов отец Иоанн еще раз убеждается в том, что может управлять природными стихиями: «30. VII. 1869. Воззвал я ко Господу с полным упованием о прекращении дождевого ливеня, и чрез 5 мин. небо просияло».

Когда в Кронштадт пришла Параскева Ковригина, отец Иоанн уже обладал, хотя и в скромных пределах своего города, славой необыкновенного священника с даром исцеления болящих людей. Любопытно, что эта известность распространялась в том числе и на священнические семьи. И даже порой именно в семьях других священников к нему относились с бо́льшим почтением, нежели в собственной семье.

В воспоминаниях дочери священника, законоучителя кронштадтского штурманского училища отца Александра Лебедева Е.А.Лебедевой, относящихся к шестидесятым годам, когда она была еще ребенком, рассказывается такой факт:

«Отец Иоанн Ильич Сергиев был не намного старше отца моего по академии и по службе; он был близко и дружественно знаком с отцом моим, заходил к нам по пути на свои уроки в мужской гимназии, бывшей рядом с Штурманским Училищем за мостом, – и мать моя даже угощала его иногда завтраком. Помню, я лежала раз, кажется нездоровая, в гостиной на диване, а отец мой с отцом Иоанном ходили в беседе взад и вперед по диагонали комнаты, – и мне почему-то рисовалась среди них фигура ходящего с ними Христа Спасителя в белом одеянии, – как рисуют Его иногда среди Эммаусских путников… Мать моя и тогда уже чтила отца Иоанна, не имевшего позднейшей известности, и раз, помню, была я больная, в детской моей кроватке, – отец Иоанн, случайно зашедший к нам, благословил меня и положил мне руку на голову. По уходе его мать сказала отцу: “Теперь я спокойна, Катя выздоровеет – отец Иоанн благословил ее”».

Примерно в эти же годы в семье самого отца Иоанна происходили другие сцены. Однажды он жалуется в дневнике:

«Великая ссора из-за племянника моего (Иван Фиделин, сын сестры отца Иоанна, который некоторое время проживал на его квартире в Кронштадте. – П.Б.), коего письмо похитила Анна Константиновна (младшая сестра жены отца Иоанна, также проживавшая на его квартире. – П.Б.) и жена моя Елисавета, – ссора из-за того, что я послал в Верколу второму племяннику Александру, крестному, одежду на 38 рублей. Об этом она прочитала в письме старшего племянника Ивана, живущего у меня. Сильно набросились на меня жена и Анна Константиновна, и ругательств было немало с их стороны; племянника называли рожей безобразной, мужиком, пьяницей, и мне досталось слов ругательных и довольно горячих, и я не напомнил ясно о моих благодеяниях им, паче же Божиих, а не моих… Горько мне было, смутился я… бросил их и пошел на свежий воздух гулять да молиться».