Из всех командующих советскими фронтами он был самым молодым по возрасту. Фронт под его командованием успешно участвовал в Белорусской, Вильнюсской, Каунасской, Мемельской, Гумбиннен-Гольдапской и Восточно-Прусской операциях.

28 июня 1944 года ему присвоено звание генерал армии. Черняховский стал самым молодым генералом армии в РККА (в 38 лет).

Второй медали Золотая Звезда генерал армии Черняховский Иван Данилович удостоен Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июля 1944 года за успешные действия его войск при освобождении Витебска, Минска, Вильнюса.

Мастерство И. Д. Черняховского вырастало от сражения к сражению. Отличное знание боевой техники, умелое использование опыта, накопленного в прежних боевых операциях, прекрасная теоретическая подготовка, настойчивость и твердость в осуществлении намеченных целей и задач, личная храбрость – вот что отличало молодого генерала, полководца новой формации. Среди бойцов и офицеров авторитет Черняховского был очень высоким.

Если по карте взглянуть на положение тех соединений, которыми в годы войны командовал И. Д. Черняховский, в отношении с соседними соединениями можно обратить внимание, что в период отступления – его части всегда были в арьергарде, а во время наступлений – в авангарде. Он всегда оказывался западнее соседей: сначала прикрывая их отступление, затем первым прорывая фронт и расчищая дорогу для их движения на Запад.

Когда войска его фронта вступили в Литву и вели бои за освобождение ее столицы – Вильнюса, командующий, чтобы сохранить от разрушения древний город, приказал не бомбить его, не обстреливать из тяжелых орудий. Город был взят в результате обходного маневра и избежал разрухи.

13 января 1945 года началась одна из крупнейших операций по уничтожению отборной вражеской группировки в Восточной Пруссии, которой Гитлер приказал стоять насмерть, любой ценой преградить дорогу русским войскам, чтобы они не смогли выйти впрямую на Берлинское направление. Выполнение задачи по разгрому прусской группировки возлагалось на войска двух Белорусских фронтов – генерала И. Д. Черняховского и маршала К. К. Рокоссовского. Предстояло отсечь немецкую группировку от основных гитлеровских войск, выйти к Балтийскому морю, расчленить и уничтожить ее. В этой сложнейшей операции полководцы, как и следовало ожидать, работали слаженно, согласованно, точно.

Черняховский и на этот раз применил своеобразный тактический маневр. Одновременно на двух участках фронта, на плацдарме свирепой реки он мощным ударом прорвал неприступную оборону противника. Наши войска вскоре вышли на побережье моря и окружили город Кенигсберг. Хотя обреченный враг люто сопротивлялся, но войскам Черняховского удалось прижать к морю противника и раздробить на три части его основные силы. Полководец уже зримо ощущал неминуемый разгром врага. Но судьба его была не такова.

18 февраля 1945 года генерал армии Иван Данилович Черняховский погиб.

В фильме-эпопее «Освобождение» режиссёром Озеровым довольно подробно была показана сцена смерти советского военачальника. В распоряжении генерала Черняховского был новейший по тому времени автомобиль повышенной проходимости – ГАЗ-61. В основе машины – хорошо известная «Эмка», но с более мощным шестицилиндровым мотором в 76 лошадиных сил. И двумя ведущими мостами. Благодаря низкооборотистому двигателю и очень высокому клиренсу ГАЗ-61 обладал просто потрясающей проходимостью. Плюс к этому – оборудован закрытым пятиместным кузовом, не уступающим по комфорту обычным легковым автомобилям. Надо заметить, что на вооружении германской армии штабных машин подобного класса не было. В американской армии тоже. По хорошей дороге ГАЗ-61 легко разгонялся до 100 км/час. Всего выпустили около 400 внедорожников ГАЗ-61. Такими машинами во время Великой Отечественной войны пользовались маршалы Рокоссовский, Жуков, Конев. А одну из них в середине 1944 года выделили и Черняховскому.

«Моя машина, – писал в начале 1945 года Иван Черняховский, – легко берет самые разнообразные препятствия. Расскажу об одном эпизоде. Прошлой осенью, когда беспрерывный дождь, шедший три дня, привел все окрестные дороги в непроезжее болото, мы отправились инспектировать прилегающие к линии фронта части. Неожиданно впереди показалась встречная машина. Это была грузовая трёхоска с надетыми на колёса гусеницами, очень осторожно спускавшаяся с холма. Её шофер собирался остановить машину, так как разъехаться в таком опасном месте, по его мнению, было невозможно. Но вдруг он увидел, что наша легковушка поворачивает в канаву и легко перемахивает через все препятствия. Развернувшись в поле, наш ГАЗ-61 тем же маневром вышел на середину дороги, обойдя трёхоску. Пораженный шофёр встречной машины вылез из неё и долго смотрел нам вслед…»

Рано утром 18 февраля 1945 года командующий 3-м Белорусским фронтом И. Д. Черняховский выехал на левый фланг войск на этом самом ГАЗ-61. Это было в районе города Мельзак в Восточной Пруссии. Готовилось наше наступление на ранее окруженную группировку противника.

Иван Данилович выехал в войска с целью проверить их готовность к наступлению. В этот раз командующий поехал один, в сопровождении только своего адъютанта Комарова и охраны. По свидетельствам очевидцев удается представить ситуацию, которая сложилась на одной из дорог в Восточной Пруссии. Возвращаясь, Черняховский с Комаровым ехали на крытой машине ГАЗ-61, а охрана на «виллисе».

Машины, не сбавляя скорости, объезжали рытвины и воронки от бомб и снарядов. При этом непрерывно гудели и мигали фарами. Впереди показалась танковая колонна. «Тридцатьчетвёрки» растянулись километра на полтора. ГАЗ-61 с «виллисом» берут левее и с ходу начинают обгон. Но сигнал клаксона тает в рёве мощных танковых моторов и лязганье гусениц. Механики, сидящие за рычагами, в своих кожаных шлемофонах обгоняющих машин не видят. Колонна занимала большую часть дорожного полотна. Поэтому машинам приходилось ехать по самой обочине. Один из танков, шедших в колонне, неожиданно резко взял влево. Водитель ГАЗ-61, чтобы избежать столкновения, круто перекладывает руль. Но машина всё равно цепляет за гусеницу танка крылом. ГАЗ-61 отбрасывает в сторону, он съезжает в кювет и заваливается на бок.

«Виллис» успевает затормозить. Из него выскакивают люди в форме офицеров НКВД. Из перевернувшейся машины выбирается генерал. Это генерал Черняховский – командующий 3-м Белорусским фронтом. Танкисты цепляют тросом ГАЗ-61 и вытаскивают его на шоссе. Машина в порядке, ехать дальше может. Вот она уже на ходу. Офицеры рассаживаются по местам. Кто в ГАЗ-61, кто в «виллис». Но генерал продолжает нервничать. Он кричит на водителя. Потом выгоняет его из машины и сам садится за руль. Водитель устраивается сзади с адъютантом. Машины резко берут с места и исчезают за поворотом.

Танковая колонна стояла, было необычно тихо. Совсем неожиданно позади машины, на которой ехал командующий разорвался снаряд. Осколок пробил сзади кузов и ударил командующему в левую верхнюю часть спины. Ранение было очень тяжелым, навылет.

Иван Данилович, почувствовав, что ранен, нашёл в себе силы, сам вышел из машины, но, сделав шаг, упал. Обратившись к Комарову по имени, он сказал: «Неужели все? Неужели я убит?» Командующего быстро доставили в ближайшую санчасть. Но спасти его было невозможно, осколок перебил сосуды, идущие к сердцу. Черняховский скончался.