В ноябре Карл II отреагировал на жалобы ямайского губернатора весьма неожиданно: велел Ковентри отослать все документы «назад лорду Воану, губернатору Ямайки, для рассмотрения в тамошнем Совете». Кроме того, Ковентри было поручено передать копии документов по указанному делу лордам Комитета по торговле и плантациям, чтобы узнать их мнение.

К 28 ноября (8 декабря) лорды указанного комитета просмотрели документы, присланные лордом Воаном, и, прежде чем высказать свое мнение, распорядились подготовить для них краткий пересказ того, о чем в них говорилось. В то же время Ковентри сообщил присутствующим, что «лорд Воан затребовал и изъял у сэра Генри Моргана письма, которые он написал ему как государственному секретарю». Подобное самоуправство могло иметь для губернатора весьма неблагоприятные последствия.

В следующем году король Карл решил прислать на Ямайку нового губернатора в лице графа Карлайла, хотя официально он был утвержден в этой должности лишь 1 (11) марта 1678 года.

28 сентября (8 октября) Уильям Бистон записал в журнале: «Все законы были приняты, губернатор [Воан] подписал их все, кроме нескольких второстепенных и акта о доходах, после чего распустил ассамблею, оставив остров сэру Генри Моргану, своему преемнику, и лорду Карлайлу без каких-либо доходов».

11 (21) марта 1678 года лорд Воан последний раз принял участие в заседании Совета Ямайки в качестве губернатора острова. В протоколе совета записано, что на нем помимо Воана присутствовали Морган, полковники Томас Фримен и Томас Фаллер, подполковники Томас Баллард, Роберт Биндлосс и Сэмюэл Лонг, а также Джон Уайт и Джон Болл. Губернатор уведомил членов совета, что состояние здоровья не позволяет ему исполнять свои обязанности, после чего отчитался о проделанной работе и расходовании средств. Воан заверил, что за время своего губернаторства не потратил на себя из общественных денег даже фартинга. В заключение его превосходительство сообщил, что передал копии своего поручения и королевских инструкций сэру Генри Моргану, который отныне должен исполнять обязанности губернатора.

Лорд Воан покинул Ямайку в марте. В дневнике Бистона записано: «Марта 14-го, 1678 года. Лорд Воан отправился в Англию на корабле капитана Нёрса, оставив управление островом в руках сэра Генри Моргана, вице-губернатора, который пополудни опубликовал приказ для всех офицеров, гражданских и военных продолжать и впредь исполнять все так, как они это делали до сих пор».

Взяв бразды правления Ямайкой в свои руки, Морган проявил себя большим энтузиастом работ по укреплению обороноспособности Порт-Ройяла. Указанные работы начались после того, как 28 марта (7 апреля) на Ямайку с Барбадоса прибыл капитан Мосли и заявил:

— Там так напуганы слухами о войне с Францией, что все Наветренные острова укрепились и приготовились к защите!

Морган «приказал удвоить стражу в Порт-Ройяле, и стража была введена в наиболее удобных [для высадки] местах острова». Кроме того, 3 (13) апреля был созван Совет Ямайки. На нем сэр Генри присягнул в качестве главнокомандующего, а члены совета «поклялись быть ему верными». Затем губернатор постановил «собрать пятого числа военный совет из полевых офицеров для обсуждения нынешнего положения острова и приведения его в состояние обороны».

На военном совете, собравшемся в Порт-Ройяле 5 (15) апреля, присутствовали Морган и 17 офицеров. На нем, поданным Бистона, «было решено… чтобы военные статьи оставались в силе двадцать дней, а остров — на военном положении; и чтобы в это время были предприняты всевозможные работы по строительству оборонительных сооружений во всех частях острова». Всем полковникам было приказано собрать в подчиненных им полках военные трибуналы, объявить о введении военного положения, провести во всех подразделениях военные учения, проверить, хорошо ли они обеспечены оружием и боевым снаряжением, после чего доложить об исполнении данного приказа сэру Генри. Далее, военный совет запретил любым каноэ приставать к берегу в Порт-Ройяле в ночное время (с десяти часов вечера до восхода солнца). Кроме того, «каждый десятый негр в сельской местности и каждый четвертый негр в Порт-Ройяле» должны были быть задействованы на строительстве фортификаций. Отрядам под командованием полковника Балларда и капитана Раймса предписывалось каждую ночь нести патрульную службу, а отдельным ротам — каждую ночь быть начеку в Сантьяго-де-ла-Веге, Солт-Понде и Порт-Ройяле.

Затем состоялось заседание Совета Ямайки, после которого Морган «взял с собой некоторых джентльменов осмотреть форты».

Из дневника Уильяма Бистона видно, что всю вторую половину апреля и начало мая жители Порт-Ройяла активно занимались фортификационными работами. 15 (25) апреля он писал: «Мы начали возводить линию из камня на восточной стороне форта Сент-Джеймс и завершили ее двадцать третьего вечером». Через девять дней — новая запись: «[Оборонительные] линии из камня начали возводить возле тюрьмы и полностью завершили утром второго мая».

25 апреля (5 мая) в морской столице Ямайки прошло еще одно заседание военного совета, на котором Морган рассказал о том, что удалось сделать для укрепления Порт-Ройяла «с момента их последней встречи». Поскольку запланированные работы по возведению укреплений не были завершены, военное положение на острове решили продлить до 10 (20) июня.

В начале мая Бистон записал: «С морской стороны, за бруствером, мы начали строить ретраншемент, каковой был завершен весьма быстро и пушки [на нем] установлены».

Из различных документов видно, что главные усилия Морган и его администрация направили на укрепление восточного оборонительного рубежа и центральной части южной стороны Порт-Ройяла. Новые каменные стены были возведены возле тюрьмы, положив начало форту Руперт — он был вооружен 22 пушками и охранял юго-восточные подходы к городу. Еще один форт был построен на северной оконечности палисадов и назван фортом Карлайл в честь нового губернатора.

29 мая (8 июня), когда отмечали день рождения короля, на всех фортах подняли флаги, но, как писал очевидец, «большой флаг на форте Чарлза снесло ветром, что было, на наш взгляд, дурным предзнаменованием».

Население и власти Ямайки по-прежнему опасались вторжения французов, тем более что стало известно о появлении в Карибском море крупного флота под командованием вице-адмирала графа д'Эстре. Бистон писал:

«Мая 31. Заседал Совет, который наложил эмбарго на все суда сроком на четырнадцать дней; генерал-лейтенант отправил шлюп к побережью Эспаньолы для сбора новостей и прочего относительно французов; первого июня он вернулся с известием, что корабль графа д'Эстре с восьмьюдесятью пятью медными пушками и еще шесть лучших судов из состава флота, три приватных боевых корабля и два транспорта сели на мель у острова [Авес] и на них они потеряли около четырехсот человек и триста пятьдесят медных пушек; и что д'Эстре с остальной частью флота был в Пти-Гоаве, откуда затем отплыл к Наветренным островам, а потом собирался идти во Францию, что положило конец нашим нынешним страхам относительно французов».