Генерал-фельдмаршал Вильгельм Кейтель как-то сказал ему:

«Мой дорогой Канарис, может быть, вы понимаете что-либо в делах военной разведки, но вы моряк, и вам не следует пытаться давать нам уроки стратегического и политического планирования».

Помощник адмирала Оскар Райле так охарактеризовал своего шефа:

«В свои 38 лет у него были уже белые как снег волосы. Поэтому офицеры абвера между собой очень скоро стали называть адмирала «старик» или «седовласый». Но опыт и необыкновенная судьба сделали Канариса прежде всего чрезвычайно молчаливым, одним из тех, кто проявлял искреннее участие ко всем страдающим и нуждающимся, кто многое знал о добре, зле и несбыточном. Такие люди предпочитают промолчать, нежели держаться опрометчиво или даже нескромно. Болтунов и бахвалов он на дух не переносил. Но при этом в обществе не был некомпанейским человеком. Правда, Канарис с удовольствием слушал, но если он что-то говорил после того, как присутствующие долго и пространно рассуждали о каком-либо предмете, то нередко, к их удивлению, обнаруживалось, как внимательно он следил за обсуждением и к каким глубоким выводам приходил».

Ещё в 1935 году адмирал создал совершенно новое направление абвера — контршпионаж… Гелена, как и многих других уважавших начальника абвера офицеров, наряду с религиозностью и верностью офицерской чести, сильнее всего поражала фундаментальная образованность Канариса. Явление редкое среди высших офицеров вермахта. По мнению Гелена, Канарис обладал способностью разбираться во взаимосвязях мирового масштаба: «С этим было связано и его тонкое восприятие развития политических событий, которые он довольно часто пересказывал с поразительной точностью».

Одним из недостатков абвера во Второй мировой войне было отсутствие отдела, который проводил бы анализ и оценку поступающей разведывательной информации. В своей книге Гелен по этому поводу делает следующий вывод: «В результате отсутствия постоянного и систематического анализа с использованием всех имевшихся в управлении материалов агентурные сообщения оценивались слишком высоко».

А ведь сам Канарис был прекрасным аналитиком, но он не мог в одиночку заниматься этой работой. Но самой серьёзной проблемой для Канариса и его организации оказалась борьба службы безопасности (СД) за лидерство, так как адмиралу приходилось постоянно противодействовать этим разведывательным операциям, нередко носившим печать спешки и дилетантства. По мнению Гелена, «он находился в положении обороняющейся стороны, поскольку не имел поддержки со стороны Верховного Главнокомандования вермахта».

В 1942 году Канарис настойчиво предупреждал Гелена о коварстве шефа внешней разведки Шелленберга. Считается, что он «разгадал намерение Гиммлера и его помощников прибрать абвер к своим рукам».

В воскресный вечер августа 1944 года Вальтер Шелленберг получил приказ от обергруппенфюрера СС Мюллера выехать к Канарису и сообщить, что он арестован. Затем увезти его в Фюрстенберг и не возвращаться с ним в Берлин, пока всё не будет выяснено.

А начинался закат карьеры адмирала гораздо раньше. В феврале 1944 года Канариса отстранили от работы после того, как агент абвера Фермерен из Турции бежал в Каир. Гитлер был взбешён. Он велел передать Канарису: «Фюрер в связи с инцидентом с Фермереном распорядился, чтобы абвер был переподчинён Главному управлению имперской безопасности». Но потом был заговор 20 июля 1944 года, который расследовали Мюллер и Кальтенбруннер.

Когда Шелленберг приехал в Берлин-Шлахтензее, Канарис сам открыл ему дверь. Они разговаривали наедине, и шеф политической разведки изложил ему суть дела и характер своего задания.

— Очень жаль, — ответил адмирал, — что нам приходится прощаться в такой обстановке. Однако мы это преодолеем. Обещайте мне честно, что в течение ближайших трёх дней вы обеспечите мне возможность побеседовать с Гиммлером лично. Все прочие — Кальтенбрунер и Мюллер — это просто грязные палачи, жаждущие моей крови.

Как оказалось, в сейфе одного из служебных кабинетов Канариса были найдены две курьерские сумки с компрометирующими документами. Тем не менее его не казнили, а отправили в концлагерь Флоссенбург в Баварии. Лишь в апреле 1945 г. Гитлер отдал приказ о казни адмирала.

Вальтер Шелленберг принял управление военной разведки, функции которого были разделены между 4-м и 6-м управлениями РСХА.

Первый и второй отделы были слиты в «службу МИЛ» (РСХА), третий отдел в сокращённом виде сохранял для вермахта некоторое число специалистов по охране военных тайн, а четвёртый отдел и отдел управления были расформированы.

Как написал Оскар Райле, «дело всей жизни адмирала Канариса было бездумным образом разрушено в ущерб рейху». Но именно такого противника победил СМЕРШ под руководством B.C. Абакумова.

Как отмечается авторами книги СМЕРШ, «только после победы советских войск под Москвой, а затем под Сталинградом возросла активность особых отделов НКВД СССР в борьбе со специальными службами противника. Постепенно складывалась система сбора оперативных данных о немецких разведорганах, их структуре, дислокации и личном составе, о методах их подрывной и шпионской работы, об экипировке и маскировке. Налаживалась и зафронтовая работа особистов».

Например, к середине лета 1942 года НКВД СССР было учтено 36 школ германской военной разведки, функционировавших на временно оккупированной немецко-фашистскими захватчиками территории, и получены данные на 1500 разведчиков и диверсантов из числа военнопленных. На немецкой стороне считали успехом, если из 10 завербованных в спешке агентов хотя бы один выполнял порученное задание. Однако массовая заброска в советский тыл практически необученной и непроверенной агентуры не достигла цели.

Например, в феврале 1943 года в городе Малоархангельске был задержан подозрительный гражданин «Н». Он выглядел душевнобольным, его речь была бессвязной, поведение нестандартным, а неряшливая одежда — вызывающей. «Душевнобольной» «Н» каждый день бродил по городу и его окрестностям, частенько появляясь в районах расположения воинских частей. Чем и привлёк к себе внимание контрразведчиков. Проверив документы, они ничего подозрительного не обнаружили, так как те подтвердили его недееспособность и были в полном порядке. Однако оперативную проверку всё же решили продолжить. «Блаженного» отпустили, и, что удивительно, в подвале разрушенного дома, куда тот «привёл» «смершевцев», были обнаружены портативная радиостанция типа «север», револьвер «наган», продукты и деньги в сумме 9225 рублей. Достоянием контрразведчиков стали шифры и расписание сеансов радиосвязи.

«Душевнобольным» оказался агент-маршрутник (радист) Деев, он же Фомин 1919 г. р., уроженец Орловской области. Он закончил Орловскую школу разведчиков и по заданию начальника школы был оставлен в г. Малоархангельске после отступления немецких войск. Для лучшего легального проживания и передвижения агента снабдили справкой эвакогоспиталя и метрической выпиской на имя Машенина Сергея Петровича.

По свидетельству документов, в 1941–1944 годах особыми отделами НКВД СССР и ГУКР СМЕРШ НКО СССР от 55 до 65 % всех вражеских агентов были выявлены и разоблачены непосредственно в зоне боевых действий. В 1945 году этот показатель достиг 88 %. Причём, «если в 1941 г. на прифронтовую зону приходилось около 45 % от общего количества разоблачённых органами военной контрразведки агентов фашистских спецслужб, то в 1943 г. эта цифра возросла до 55 %». Только в период подготовки и в ходе Курской битвы контрразведчиками Западного, Брянского, Центрального и Воронежского фронтов было обезврежено более 1500 немецких агентов и диверсантов. Контрразведчики Центрального фронта в июне и в июле 1943 г. обезвредили пятнадцать разведывательнодиверсионных групп противника. Некоторые из них были предназначены для нападения на штаб фронта и совершения террористического акта в отношении командующего фронтом генерала армии К. К. Рокоссовского.