В конце 1943 года специальные лагеря передали в ведение ГУЛАГа, а «спецконтингент» уравняли в правах с заключёнными. Со временем, кроме спецлагерей, появились проверочнофильтрационные лагеря и специальные запасные воинские части.

Ещё об одной стороне деятельности ГУКР СМЕРШ в годы войны рассказывает В. Христофоров:

«Расширение масштабов и рост темпов наступательных операций советских войск на территории Германии и других европейских стран потребовал и от органов безопасности более масштабной и эффективной оперативно-розыскной работы. В этой связи в начале января 1945 года Сталин одобрил инициативу по введению института уполномоченных НКВД СССР на всех фронтах Западного театра военных действий. Уполномоченными НКВД на всех семи фронтах были поставлены крупные руководители органов госбезопасности и внутренних дел. […].

От своих прямых обязанностей уполномоченные НКВД СССР не освобождались. Их заместителями назначались действующие начальники УКР СМЕРШ фронтов и начальники войск НКВД по охране тыла фронта.

По существу, уполномоченные НКВД СССР на фронтах являлись главными оперативными начальниками, а их заместители непосредственно осуществляли и координировали работу, связанную с розыском агентуры противника, обеспечением непроницаемости линии фронта, очисткой тыла Красной Армии от враждебных элементов, охраной железнодорожных узлов и промышленных предприятий. Уполномоченным НКВД по фронтам предписывалось немедленно проводить мероприятия по выявлению и аресту участников различных вражеских организаций, бандитских групп, выявлять и изымать нелегальные радиостанции, склады оружия, подпольные типографии, материальнотехнические базы, предназначенные для диверсионной работы.

Для реализации этих задач в распоряжении Уполномоченных НКВД по фронтам выделялись специально созданные оперативные группы, на которые были возложены задачи по выявлению и аресту сотрудников разведывательных и карательных органов противника, руководителей и членов коллаборационистских формирований, а также лиц, служивших в национальных легионах СС и проч.

В процессе проведения указанных оперативных мероприятий уполномоченные НКВД СССР использовали силы и средства органов контрразведки СМЕРШ фронтов, кроме того, в их подчинении находились все войска НКВД по охране тыла фронтов численностью 31 тыс. 99 человек. Дополнительно для этих целей также были выделены из состава внутренних, пограничных и стрелковых войск НКВД четыре дивизии и четыре отдельных полка общей численностью 27 тыс. 900 человек, которым следовало прибыть к 20 января 1945 года в районы их использования.

В аппараты уполномоченных откомандировывалось 1050 опытных чекистов, обеспечивалась бесперебойная ВЧ-связь с Москвой.

Как показали дальнейшие события, аппараты уполномоченных сыграли важную роль в концентрации и координации усилий соответствующих ведомств по осуществлению оперативно-розыскных мероприятий и операций в районах наступательных действий Красной Армии. В последние месяцы решающих боёв такая мера была всесторонне оправдана. Особые полномочия позволяли осуществлять маневрирование силами и средствами, тесно увязывать действия органов СМЕРШ с планами военного командования. Наличие таких полномочий позволяло точно и своевременно информировать руководство страны и практически ежедневно согласовывать с ним вопросы, имевшие не только военное, но и политическое значение: ведь события происходили на территории зарубежных государств».

Как подчёркивается в книге СМЕРШ, «в справке о потерях сотрудников военной контрразведки, составленной на основании данных, поступивших с фронтов по состоянию на 1 марта 1944 г., значилось: убитыми — 3725 человек, пропавшими без вести — 3092 человека, ранеными и выбывшими в госпитали — 3520 человек. При этом 609 армейских чекистов возвратились из плена или вышли из окружения противника». И это тоже ещё одна сторона военной контрразведки.

Борис Александрович Сыромятников однажды поведал об одном из своих коллег, об одном «из более чем 12 тыс. военных контрразведчиков, сложивших головы в годы Великой Отечественной войны».

«Биография Прокопия Попова очень типична для той эпохи. Родился в 1914 г. в деревне Барок Вологодской области, трудовую деятельность начал в 15 лет в колхозе. С 1936 г. по 1939 г. проходил службу в Красной Армии на Дальнем Востоке. Затем окончил школу милиции в Смоленске и был направлен в Ярославль. Здесь инспектор Попов зарекомендовал себя с самой лучшей стороны, поэтому после начала Великой Отечественной войны он получил назначение в органы военной контрразведки, нёсшие большие потери на фронте и нуждавшиеся в кадрах.

Судя по характеристике на оперуполномоченного Попова, датированной 24 мая 1942 г., в 103-й танковой бригаде отмечали его дисциплинированность, хорошую военную подготовку, храбрость, стремление постоянно быть на передовой, высокий авторитет у бойцов и командиров. Ему удалось разоблачить агента немецкой разведки бывшего младшего лейтенанта Ганина, сумевшего внедриться в вышестоящий штаб. Сумел он также вскрыть случаи преднамеренного вывода из строя танков отдельными экипажами с целью уклонения от участия в боях. Командование приняло меры, исключающие повторение подобного в дальнейшем. […]

… Когда погиб командир одной из рот мотострелкового батальона тбр, его заменил Прокопий Попов. Отсекая немецкую пехоту от танков, бойцы под командованием контрразведчика дрались до последнего патрона. Сам Попов с перебитыми пулемётной очередью ногами, окружённый большой группой гитлеровцев, в упор застрелил четырёх из них, а последний патрон израсходовал на себя.

В конце концов воины 103-й бригады отбросили немцев и нашли тело Попова. Он был похоронен в торжественной обстановке, и солдаты у его могилы поклялись мстить врагу…»

В целом итоги работы советской военной контрразведки однозначно впечатляют:

30 тысяч разоблачённых немецких агентов, 3,5 тысячи диверсантов, 6 тысяч террористов. В период с 1943 года по 1945 год СМЕРШем было проведено 250 радиоигр. В ходе организованной дезинформации противника на нашу территорию удалось вывести более 400 кадровых сотрудников фашистских спецслужб. И это не считая десятков тонн грузов, предназначавшихся агентам и диверсантам противника.

Более того, противник и сам признавал эффективность советской военной контрразведки. Так, бывший начальник отдела абвер I генерал Ганс Пиккенброк уже после войны заявил: «Россия — самая тяжёлая страна для внедрения агентов вражеской разведки. После вторжения германских войск на территорию СССР мы приступили к подбору агентов из числа военнопленных. Но трудно было распознать, имели ли они действительно желание работать в качестве агентов или намеревались таким путём вернуться в ряды Красной Армии. Многие агенты после переброски в тыл советских войск никаких донесений нам не присылали».

Бывший генерал-фельдмаршал Вильгельм Кейтель, начальник штаба Верховного Главнокомандования вермахта, на вопрос: «Какими разведывательными данными о Советском Союзе вы располагали до войны и в ходе её, и из каких источников эти данные поступали?» — ответил: «До войны мы имели очень скудные сведения о Советском Союзе и Красной Армии, получаемые от нашего военного атташе. В ходе войны данные от нашей агентуры касались только тактической зоны, мы ни разу не получали данных, которые оказали бы серьёзное воздействие на развитие военных действий».