Интересно, что вначале Черноморское войско не придерживалось на кордонной службе строго военных системы и правил. Часто казаки, бывшие на очереди, совсем не являлись на Кордонную линию, а посылали вместо себя других, обыкновенно наймитов или батраков. Благодаря этому нередко получались нарушения дисциплины и военных порядков. Только с течением времени, вместе с развитием военно-кордонной системы охраны границ, был отменен и этот невоенный обычай посылки вольнонаемных рабочих взамен строевого состава войска.

Сама жизнь и слагавшиеся обстоятельства заставляли войсковое начальство менять и приспособлять кордонную систему охраны границ. По мере надобности назначалось обыкновенно большее или меньшее количество казаков в известные места. В 1793 году поручено было полковнику Кузьме Белому расставить по кордонам от Воронежского реданта и до Казачьего ерика на 10-верстном расстоянии один от другого по 10 казаков с одним старшиной в каждом кордоне. Стража эта должна была наблюдать за тем, чтобы не переходили Кубань с обеих сторон ни черкесы, ни казаки. Черкесов, не исполнявших этого требования, было приказано арестовывать и доставлять по начальству, а нарушителей границ из среды казачества – просто арестовывать в виде наказания. Немного позже, в 1793 году, другому полковнику, Захарию Малому, поручено было разместить отряд в 500 казаков, начиная с городища у Копыла, где должен был находиться сам полковник, до устья Кубани в 8 кордонах: 1) в вершине Кара Кубани, 2) при Казачьем ерике, 3) при Черной Протоке, 4) на Калаусе, 5) у Куркайского гирла, 6) у Некрасовского селения, 7) над лиманами Кизилташским и Сокуровым и 8) у Бугаза.

Такие распоряжения повторялись неоднократно за первые 8 лет существования на Кубани Черноморского войска. К 11‑му мая 1795 года снова было учреждено 20 кордонов на границе с черкесами, но на этот раз назначено было только 1053 казаков и старшин для охраны границ. Казаки менялись по очередям. Кроме того, на 35 лодках гребной флотилии состояло 25 старшин и 375 казаков, в резерве на переправах – 228 казаков, при войсковых цейхгаузах – 75 казаков и в куренях для караула в Екатеринодаре – 240 человек. А весь штатный строевой состав войска, следовательно, равнялся 1971 чел.

Таким образом, кордонной службой и исчерпывались преимущественно военные обязанности казачества. По границе на кордонах служили и пешие, и конные казаки, и состоявшие в гребной флотилии; у казаков была артиллерия, но и она была размещена по кордонам и в Екатеринодаре, представлявшем главную крепость на Кубани; не было еше ни правильного деления на полки, ни обособленных артиллерийских команд; по традиции была выделена лишь одна гребная флотилия.

Трудно вообще судить о численном составе всех этих частей. Хотя они и были уже намечены, но находились частью в зачаточном состоянии, а частью в периоде упадка. Судя по статистическим данным, в 1792 году состав Черноморского войска слагался из 3‑х частей. По ведомости от 25 июля 1792 года, отправленной в Государственную военную коллегию, конная команда, т.е. казачья кавалерия, исчислена в 2183 чел., причем на 2049 рядовых казаков приходилось 134 старшин, считая в том числе кошевого атамана, войскового писаря и священника. По такой же ведомости от 13 июля 1792 года, состав пеших полков и гребной флотилии равнялся 7239 чел., в число которых входило 242 старшины, 189 канониров и 6808 казаков, а также вой-сковой судья. Но в эту ведомость внесено только 90 старшин и 207 казаков гребной флотилии; между тем по ведомости 2 октября 1792 года состав этой части равнялся 3247 чел. Очевидно, в предыдущую ведомость внесена только незначительная часть казаков, служивших в гребной флотилии. Если сложить цифровые данные всех трех ведомостей, то в итоге получится 12 669 чел., т.е. почти та же цифра, какая значилась и в прошении войска Екатерине II.

Целая флотилия и три с лишком тысячи казаков принуждены были сторожить, можно сказать, один лишь пункт на той длинной линии, которая тянулась вдоль Кубани от морских берегов и до впадения в нее Лабы. Да и тут казаки-моряки очутились в несколько комическом положении: с моря им никто не грозил и сторожить здесь было некого, а плавать вверх по быстротекущей Кубани на гребных судах, преследуя неприятеля, было положительно невозможно. И морякам-черноморцам, с первых же шагов их военной деятельности на Кубани, пришлось заботиться об одном – об удобном месте для стоянки гребной флотилии, где бы она могла быть укрыта от непогоды, бурь и различных случайностей. Но именно в этой скромной области военно-морского дела и начался мартиролог черноморской гребной флотилии.

Серьезно пострадала черноморская гребная флотилия в первый раз не от неприятеля, а от бури. Налетевшим в конце декабря 1792 года ураганом одна часть лодок была разбита, другая в сильнейшей степени повреждена, а третья просила обновления. Мало того, от стужи и льда пострадали и казаки: трое утонуло, а 16 старшин и 46 казаков отморозили руки и ноги. Суда вообще были ветхие, износившиеся. Часть их потом была переделана из черноморских быстрокрылых чаек на неуклюжие кубанские байдаки-черепахи. Чтобы сохранить остатки черноморской гребной флотилии, войсковой судья Головатый устроил в 1795 году для нее гавань в Кизильташском лимане. Были сделаны из бревен заграждения от напиравшего из Кубани в гавань льда, устроены помещения для казаков и для хранения такелажа, пороха, боевых припасов и пр., и даже возведена батарея для защиты гавани и судов. Но в 1796 году снова разра-зилась над флотилией беда: в одну бурную ночь волны разбили все приспособления в гавани на воде, разрушивши даже строения и батареи на суше. Пострадала снова и флотилия. Через три года потом войсковой атаман Котляревский, пользуясь особым расположением императора Павла, выхлопотал крупную по тому времени сумму в 620 103 рубля для постройки новых 50‑ти лодок, яхты и пяти баркасов. Благожелательный атаман, усердно заботившийся о сохранении былой славы черноморцев на море, очевидно, плохо понимал местные условия и требования боевой жизни и службы казака. Последствия показали, что прежнего казачьего крошки-флота, так страшившего турок, нельзя было возродить.

Но между тем как таяла и вымирала по частям черноморская гребная флотилия, в среде ее живых подвижников продолжала сохраняться боевая отвага старых казачьих моряков. Черноморцы и без своей гребной флотилии сумели проявить воинственный дух моряков вдали от Черномории, на Каспийском море, во время персидского похода.

Но прежде чем черноморцы, моряки и пехотинцы направлены были на персидские берега, русское правительство приказало послать особый отряд под командой войскового атамана Чепиги в Польшу. Сюда назначены были 2 пятисотенных конных полка. В июне 1794 года Чепига получил от Суворова предписание следовать из Черномории через Кременчуг и Ольвиополь на Балту Брацлавской губернии до Днестра. Здесь были временно расположены полки, передвинутые потом к Брест-Литовску. В августе Репнин направил черноморцев к Пинску, в сентябре черноморцы были соединены с украинским легкоконным полком и поступили в корпус генерал-поручика Дерфельдена.

После участия в целом ряде мелких сражений при местечках Берестовицах, Колотовщязне, Цопиках, Соколках, Броках, Поповке и Остроленке, черноморцы вместе с другими войскам взяли штурмом батареи Праги. Как и всюду при военных действиях, они несли передовую и разведочную службу. В этом отношении они почти не имели соперников. Производя разъезды и рекогносцировки, они нередко захватывали неприятеля целыми партиями и всегда встречали врага с особым мужеством и храбростью. После того как взяты были Прага и Варшава, где черноморцы и их начальники особенно отличились, оба полка, вместе с войсковым атаманом, отправлены были в конце 1795 года обратно на родину. Батько атаман возвращался в Черноморию генералом, а главнейшие его помощники были также награждены чинами и орденами.