Что касается решения Розенберга от 13 мая 1942 г. отстранить церковь от участия в политике, оно, по-видимому, подразумевало лишь запрет обсуждать вопрос о будущем Российского государства. Но духовенству настойчиво «рекомендовалось» выражать в проповедях преданность Гитлеру и Третьему рейху[972], что оттолкнуло от церкви некоторую часть верующих. Бежавший из немецкого плена старший лейтенант В.И. Силанев показал на допросе, что в Островском, Сошихинском, Славковичском районах Ленинградской области, Новоржевском и Пушкинском районах Калининской области отношение населения к церкви ухудшилось: «Раньше религия играла некоторую роль, но теперь население видит, что попы — это агентура фашизма... При церковных службах почти не читают русских молитв, а только проповедуют Гитлера, заставляют молиться за скорую победу над Красной Армией и призывают вести борьбу с теми, кто против немецкой армии»[973]. Проводя светские мероприятия под видом церковных, оккупанты теперь не всегда довольствовались теми, кто посещал их добровольно. Так, в августе 1942 г. в селе Покровское Орловской области на молебен, совмещенный с митингом в поддержку оккупантов, приказали явиться населению под страхом розг и расстрела. 22 июня 1943 г. в селе Лупневе Станово-Колодезской волости священники «отслужили молебен и в торжественной обстановке отметили день начала освободительной борьбы против большевистского ига». На торжестве присутствовали германские офицеры, военнослужащие РОА, туда же принудительно согнали население близлежащих деревень[974].

Начались и репрессии в отношении «непокорных» священнослужителей. Так, священник села Лопатина Орловской области был расстрелян в октябре 1942 г. лишь за то, что выступил против чинимых немцами зверств. В это же время немцами была сожжена церковь в селе Ревнах[975]. На территории Смоленской области расстреляны священник церкви села Ярцева Василий Лоскутов, священник церкви села Богородицкого Вяземского района Иаков Львов. Священник церкви г. Демидова Александр Полканов приговорен к повешению за молитвы «о даровании победы православному воинству и полководцу его Иосифу», но был спасен партизанами. В г. Смоленске в 1943 г. был сожжен и частично разрушен малый Богоявленский собор, а Успенский собор подготовлен к взрыву, однако взорвать его не удалось ввиду занятия города Красной Армией. Из недействовавших церквей в Смоленске в последние дни оккупации, вероятно, перед отступлением немцев сожжены деревянные перекрытия церквей XII в. постройки: Свирской, Иоанно-Богословской и Петропавловской, XVIII в.: Спасской, Духовской, Покровской, Нижне-Никольской, Георгиевской, Нижне-Благовещенской. Взорваны церкви XVIII в. постройки: Введенская Авраамиевского монастыря, Верхне-Георгиевская, колокольня Иоанно-Богословской, часть храмов и построек Свято-Троицкого Болдина монастыря[976]. В Батуринском районе взорвано 4 храма, в Вязьме — 2 храма (Духовской и Троицкий), многие другие храмы районов области частично разрушены и осквернены[977].

В целом же к 1943 г. православная церковь, в основном, превратилась в послушное орудие осуществления германской оккупационной политики, в большинстве случаев своей деятельностью поддерживая коллаборационистские настроения части населения РСФСР. Эпизодические факты сотрудничества священнослужителей с советскими партизанами можно рассматривать, скорее, как исключение из общего правила.

Местными комендатурами и органами самоуправления была разрешена также деятельность нетрадиционных христианских конфессий — в основном, старообрядцев и баптистов[978]. В некоторых оккупированных областях никаких законодательных актов, касающихся деятельности неправославных конфессий, не издавалось. Так, на территории Локотского автономного округа деятельность протестантов не была закреплена какими-либо распоряжениями обер-бургомистра и самоуправления. Однако никаких препятствий со стороны властей баптисты и евангельские христиане не встречали, развив бурную деятельность по части миссионерства и открытия новых молитвенных домов[979].

Что касается баптистов и евангельских христиан, их деятельность в меньшей степени по сравнению с православием способствовала поддержанию коллаборационистских настроений, что можно объяснить неполитизированностью этих конфессий. Так, в протестантских молитвенных домах крайне редко произносились проповеди в поддержку германской армии, молитвы за Гитлера. А заупокойные службы по павшим военнослужащим вермахта у протестантов и вовсе не могли иметь места ввиду их канонической неприемлемости. Следует отметить, что деятельность протестантов доставляла оккупационным властям меньше проблем, так как протестантизм не мог консолидировать национальные настроения русского населения. Напротив, догматическая оппозиционность протестантов по отношению к православию, отсутствие взаимопонимания между различными протестантскими течениями как нельзя лучше соответствовали вышеупомянутым планам нацистов по осуществлению разобщения русского народа на религиозной почве. В то же время протестантизм в гораздо меньшей мере, нежели православие, способствовал формированию и поддержанию коллаборационистских настроений. Напротив, зарегистрированы случаи, когда протестанты своей принципиальной позицией доставляли оккупантам проблемы. Так, на совещании бургомистров Клинцовского округа (Орловская область) 18 мая 1942 г. бургомистр Красно-Горского района докладывал, что вреда от местной общины «евангелистов» больше, чем от советских партизан. Партизаны не мешают севу, а евангельские верующие запрещают сельчанам сеять на колхозной земле, очевидно, исходя из того, что как сеять, так и собирать урожай с колхозных земель имеют право только колхозы, и никто другой. В качестве репрессивной меры было решено лишить евангельских верующих усадебных земель, а самих направлять в принудительном порядке на торфоразработки[980]. Партизаны в своих сводках также регулярно отмечали, что как пресвитеры, так и рядовые члены евангельских общин в большинстве случаев настроены против немцев[981]. Роль протестантских церквей в под держке коллаборационизма исчерпывалась лишь самим фактом их существования и выражения оппозиционных советскому режиму настроений.