В середине зимы 46 года Цезарь подошел к Кордове, намереваясь дать помпеянцам решающее сражение, но Гней Помпей уклонился от боя, полагая, что у противника вскоре кончится продовольствие. И в самом деле, Цезарь первое время испытывал трудности с провиантом и фуражом, но вскоре ему удалось занять несколько городов и пополнить свои продовольственные запасы. На сторону Цезаря то и дело переходили солдаты из армии помпеянцев, и Гней Помпей вскоре понял, что если он не даст Цезарю бой, то потеряет поддержку армии.

Семнадцатого марта 45 года Цезарь и помпеянцы наконец встретились у города Мунды юго-западнее Кордовы. Оба войска заняли по холму, отделенных друг от друга обширной долиной, позволявшей маневрировать и пехоте, и коннице. Первым перешел к решительным действиям Цезарь, приказавший своему войску спуститься в долину. Он полагал, что и помпеянцы оставят свои позиции и встретят его войско в долине. Однако Гней и Лабиен выжидали, считая, что если противник намерен атаковать, то солдатам Цезаря придется взбираться в гору, что поставит их в трудное положение. Однако Цезарь пошел на риск и приказал атаковать позиции неприятеля.

На холме, занятом помпеянцами, завязался кровавый бой, и в конце концов воины Цезаря начали медленно отступать. Цезарь знал, что если проиграет сражение, то он потеряет все, что с большим трудом приобрел за последние годы. Положение ухудшалось, и он даже стал помышлять о самоубийстве. Но то была минутная слабость. Цезарь устремился вперед и крикнул отступавшим солдатам, что им должно быть стыдно за то, что их полководец сражается в одиночку.

Бесстрашие и удача вновь пришли на выручку Цезарю. Он одержал полную победу над помпеянцами. Противник потерял убитыми тридцать тысяч солдат, но и войско Цезаря понесло значительные потери. Гней Помпей бежал с поля боя, но через несколько дней был убит. А вот Лабиен пал в бою. Цезарь похоронил своего бывшего легата, а затем яростного врага, воздав ему почести.

Следующие несколько месяцев Цезарь собирал контрибуцию с завоеванных в Испании городов, а затем через Южную Галлию направился в Рим. Еще в Испании к нему присоединился его внучатый племянник Октавий (будущий император Август), а в Галлии — Марк Антоний. Цезарь, ехавший в колеснице, посадил Антония рядом с собой, и тот поделился с ним последними сообщениями из Рима, умолчав о своей встрече с Гаем Требонием, который заговорщицки ему намекнул, что пора подумать, что делать с Цезарем.

В феврале 44 года умерла дочь Цицерона Туллия, которую он очень любил. Цицерон был безутешен. Один из его друзей Сервий Сульпиций Руф написал ему сочувственное письмо. Руф, бывший консул и один из наиболее известных юристов тех дней, во время Гражданской войны присоединился, хотя и неохотно, к Помпею, но Цезарь его простил и даже назначил наместником Греции. Выразив в письме сочувствие Цицерону, Руф далее пишет о сложившемся положении дел в государстве.

В частности, он отмечает:

Противостояние Цезарю его непримиримых политических оппонентов, таких как Катон, было вполне естественным, но теперь и умеренные политики, такие как Сервий Сульпиций Руф, и даже старые друзья Цезаря, такие как Гай Требоний, потеряли веру в него и выражали явное недовольство насажденной им государственностью, как он ее понимал. Как мог человек, покоривший весь мир, потерять поддержку людей, которые верно ему служили?

После смерти Катона Цицерон написал ему похвальную речь. В этой работе Катон изображался образцом высокой римской морали, мучеником, погибшим за идеалы республики. Сочинение Цицерона привело Цезаря в ярость, но еще больше его возмутило то, что оно было тепло встречено читающей публикой. Цезарь не мог понять, как другие не видят того, что для него очевидно: республике пришел невозвратный конец. Больше того, этот конец был заслуженным, ибо республика служила лишь удержанию власти несколькими семейными кланами и их процветанию в ущерб всем остальным. Делать из Катона героя продажной отжившей свое системы Цезарь считал совершенно недопустимым.

На сочинение Цицерона Цезарь ответил ядовитым памфлетом «Антикатон», но вместо того, чтобы ответить Цицерону по существу, он всего лишь дал выход своему раздражению, да еще в грубой манере. Цезарь обвинил Катона в скупости, пьянстве и алчности и, в частности, укорил его в том, что он снова взял в жены Марцию, оставшуюся вдовой после смерти Гортензия, завещавшего ей свое состояние.

Цезарь писал:

На это Плутарх справедливо заметил, что корить Катона низкой алчностью, все равно, что Геракла называть трусом. Даже ближайшие друзья Цезаря не одобрили его сочинения. Цицерон же настойчиво рекомендовал всем знакомым его прочесть, понимая, что памфлет этот обличает прежде всего самого сочинителя, опустившегося до крайней несправедливости.

Вслед за Цицероном похвальную речь Катону написал Брут. Цезарь считал Брута своим сторонником, одобрил его деятельность на посту наместника Цизальпинской Галлии и собирался провести его в преторы, а затем в консулы. Цезарь не утратил веры в него, даже после того как Брут женился на Порции, дочери Катона и вдове Бибула, другого своего политического противника. Цезарь никогда бы не доверился человеку, превозносившему ценности оптиматов, но Бруту он безоговорочно доверял.

Цезарь, похоже, ничему не научился на ошибках прошлогоднего триумфа. Римскому народу нравились пышные зрелища, но когда Цезарь вознамерился отпраздновать победу над помпеянцами в Испании, устроив грандиозное шествие по городским улицам, триумф обернулся настоящей, выражаясь современным языком, пиар-катастрофой. В Галлии и Египте он побеждал чужеземцев и даже в Африке мог смело утверждать, что большую часть вражеской армии составляли нумидийцы Юбы, а вот война в Испании была истреблением римлян — родственников горожан, их сыновей и братьев. Горожане понимали, что Цезарю было необходимо подавить последний очаг сопротивления помпеянцев, но все же считали предосудительным публично отмечать этот успех, как если бы он одолел синекожих пиктов из Каледонии.