В 1980–1984 гг. — начальник штаба, командующий 7-й гвардейской армией. В 1984–1986 гг. — начальник штаба — первый заместитель командующего войсками Московского военного округа. С этой должности опытный боевой генерал переводится в МВД СССР, где возглавляет внутренние войска, сменив на этом посту генерала армии И. К. Яковлева, так же когда-то из МВО направленного командовать войсками МВД.

Армейскому военачальнику нелегко было на первых порах овладевать всем комплексом разносторонней службы и своеобразием специфических задач этих формирований. Однако он сравнительно быстро сумел освоить новую для него сферу деятельности. К тому же вскоре она оказалась близка к той обстановке, к которой привык новый командующий. «Мы действуем во фронтовых условиях», — отмечал он, имея в виду участие внутренних войск в урегулировании межнациональных конфликтов, их служебно-боевую деятельность в «горячих точках». Ю. В. Шаталин, как правило, находился на переднем крае этих событий, вел переговоры с конфликтующими сторонами, несмотря на неоднократно раздававшиеся в его адрес угрозы, смело шел на встречи, чтобы избежать кровопролития. Он был в Армении, Азербайджане, Фергане, Абхазии. Юрию Васильевичу пришлось командовать внутренними войсками в то время, когда они из охранных формирований, стабильно несущих привычную службу, постепенно становились боевой силой, оказавшейся в результате сложившихся обстоятельств на острие межнациональных конфликтов, порой перераставших в вооруженные столкновения. «Мы защитники людей, а не варвары и оккупанты, какими нас иногда пытаются изобразить, — говорил он в одном из выступлений. — Мы против кровопролития и насилия.

Инспектирование одной из частей внутренних войск

Мы за порядок и законность. Но если они попираются? Если гремят выстрелы и льется кровь? Кто встанет на пути варварства? Внутренние войска. Кто, принимая удары в грудь и спину, гасит пожары межнациональных конфликтов? Внутренние войска. Кто патрулирует улицы городов и обеспечивает порядок при проведении массовых мероприятий? Внутренние войска. Наша служба, по сути своей, гуманная, миротворческая. Мы всегда там, где люди попадают в беду и нуждаются в незамедлительной помощи.

Обсуждение оперативного плана

Ну а теперь сами судите: кто мы?

Я прекрасно понимаю: наши стойкость и активность приходятся экстремистам, националистам не по нутру. Но не мы же создатели всевозможных „заварушек“. На выпады нас вынуждают реагировать, изменять характер деятельности оперативных подразделений. И существенно изменять. Вместо охранных функций, начиная с 1988 года, без передышки, мы всецело переключились на пресечение массовых беспорядков, межнациональных конфликтов. Мы действуем во фронтовых условиях. И действуем не напрасно: нами спасены тысячи жизней. Посмотрите, сколько благодарностей нашим воинам прислали армяне, азербайджанцы, грузины, осетины, молдаване, узбеки, турки-месхетинцы…

Пойдем дальше. Только в 1990 году при нашем участии задержано свыше 140 тысяч нарушителей, изъято более семи тысяч единиц огнестрельного оружия, полтора миллиона боеприпасов, почти тысяча взрывных устройств… Вот вам и „битье“! Утверждения о наших „расправах“ высосаны из пальца. Повторюсь: они выгодны сепаратистам и преступникам, а их мы не боимся, действуем в соответствии с Присягой и законами».

У него были сложные отношения с тогдашним министром внутренних дел В. В. Бакатиным, который не всегда прислушивался к мнению командующего внутренними войсками, но все же предложил ему пост замминистра. Шаталин, поблагодарив, отказался, считая, что он, как профессиональный военный, должен следовать принципу: не в свои сани не садись…

Исходя из опыта борьбы с экстремизмом и сепаратизмом, проанализировав состояние и потребности внутренних войск, Ю. В. Шаталин пришел к выводу о необходимости изменить организационную структуру и внести коррективы в их функциональные обязанности. Он считал, что войска должны состоять «из частей быстрого реагирования, укомплектованных профессионалами на конкурсной основе». Охрану исправительно-трудовых учреждений, службу конвоирования лиц, содержащихся под стражей, с войск надо снять.

Выступление перед личным составом части внутренних войск. Ереван, 1988 г.

Однако в то время приступить к реформированию войск на основе высказанных идей не удалось. Когда Ю. В. Шаталин был назначен командующим внутренними войсками, это был 17-й его перевод по службе. Никогда он не был кабинетным начальником. Только в 1989 г. он находился в служебных командировках 212 суток.

Непосредственное нахождение в гуще событий позволило острее почувствовать недостатки и несовершенство организационной структуры и действий внутренних войск. Рождались новые идеи о коренной перестройке этой силы. Жизнь шла вперед, и она требовала принятия соответствующих решений. Одним из очень важных и перспективных было создание в войсках разведподразделений. Шаталин первый обратил внимание на необходимость такой службы и заложил ее основу в войсках.

В 1990 г. он был выдвинут кандидатом в народные депутаты РСФСР. В числе его программных положений были предложения о переводе некоторых родов внутренних войск на профессиональное комплектование (особенно части, занимающиеся охраной исправительно-трудовых учреждений, а также специальные моторизованные части милиции).

Командующий подчеркнул необходимость изменить отношение общества к внутренним войскам, быстрее решать проблемы, связанные с обеспечением семей офицеров жильем, поднятием денежного довольствия военнослужащих и т. п. Главная мысль, пронизывавшая выступления генерала Шаталина в то время: «…мы — не сила для устрашения и не дубинка, которой можно размахивать направо и налево. Наша задача — обеспечить порядок. А в сложных ситуациях нужен диалог. Только тогда не будет инцидентов, в которых гибнут и мирные жители, и наши ребята».

Юрию Васильевичу тогда не удалось собрать необходимое число голосов, чтобы стать депутатом Верховного Совета РСФСР. А через полтора года Указом Президента СССР от 21 сентября 1991 г. 56-летний генерал-полковник Ю. В. Шаталин был освобожден от должности командующего внутренними войсками, которыми он руководил в течение пяти лет. Фактически это было отстранение от должности без объяснения причин ни самому Шаталину, ни общественности. Этому предшествовали события, связанные с образованием и действиями ГКЧП.

Конечно, для мужественного, энергичного человека, который все последнее время ездил по «горячим точкам», гася назревающие или уже вспыхнувшие межнациональные конфликты, не раз при этом рисковавшего своей головой, отдуваясь за действия или бездействия официальных властей, такой поворот в его судьбе казался несправедливым и обидным.