Тем временем до ЦРУ стали доходить слухи от источников в советских правящих кругах и от официальных советских представителей за рубежом о том, как повезло американцам с Носенко и какой тяжелый удар был нанесен по СССР. И если до бегства Носенко советская власть старалась всячески преуменьшить урон, нанесенный ей тем или иным перебежчиком, то в случае с Носенко советские официальные лица подчеркивали, какой огромный ущерб повлекло за собой его предательство.

Из Москвы поползли слухи о том, что КГБ охватила паника. Последовали наказания руководителей вплоть до увольнения из органов. В срочном порядке были отозваны несколько сотрудников резидентуры КГБ в Нью-Йорке. И даже, якобы, на полном серьезе обсуждалась возможность проведения операции по физическому устранению Носенко.

У ЦРУ возникли резонные вопросы, ставившие под сомнение эту информацию о Носенко. Ведь тот знал всего лишь горстку своих коллег, работавших за рубежом. При чем здесь нью-йоркская резидентура КГБ, если Носенко никогда не приезжал в Нью-Йорк? А из Швейцарии, где Носенко за последнее время побывал в двух продолжительных командировках, знал всех местных оперативников КГБ и часто посещал местную резидентуру, никто отозван не был.

4 апреля 1964 года Носенко был подвергнут проверке на детекторе лжи. В ЦРУ было решено вне зависимости от полученных результатов проверки сказать Носенко, что детектор лжи показал его неискренность, а затем подвергнуть ему новому допросу с пристрастием. На этом допросе сотрудники ЦРУ снова спросили Носенко о цели командировки Ковшука в США в 1957 году. Носенко ответил, что Ковшук ездил всего на несколько дней восстанавливать потерянный контакт с «Андреем». Когда Носенко проинформировали, что Ковшук пробыл в США целых 9 месяцев, он на некоторое время потерял дар речи. Потом он сказал, что Ковшук просто не смог найти «Андрея» и долго искал его. У допрашивавших «Андрея» возникли резонные вопросы. Зачем, спрашивается, было посылать руководителя ключевого подразделения КГБ искать агента под дипломатическим прикрытием, которое не позволяло удаляться от Вашингтона более чем на 50 километров? И почему поиски заняли так много времени, если телефон и адрес «Андрея» можно было найти в любом вашингтонском телефонном справочнике? Получить ответы на эти вопросы у Носенко так и не удалось.

Странно, но Носенко в своих рассказах ни словом не упомянул про военного шифровальщика сержанта Джеймса Макмиллина, который сбежал из американского посольства в Москве 5 мая 1948 года — в последний день своей службы. В записке, адресованной отцу, Макмиллин написал: «Протестуя против антисоветской политики капиталистов, которые правят Америкой, я отказываюсь возвращаться обратно в США и остаюсь в Советском Союзе». В американском посольстве подозревали, что бегство Макмиллина стало следствием его соблазнения русской женщиной Галиной Дунаевой, которая, несмотря на действовавшие в СССР строгие запреты на общение с иностранцами, поддерживала знакомство со многими сотрудниками американского посольства.

Тетя Макмиллина написала пространное письмо в государственный департамент США с объяснением причин позорного поступка своего племянника. В этом письме в частности говорилось: «Будучи чрезвычайно наивным, социально не приспособленным и застенчивым молодым человеком, он был очарован более зрелой женщиной и с легкостью вступил с ней в любовные отношения, не понимая как устроен мир вокруг него и насколько ему подходит ему эта женщина».

С собой Макмиллин прихватил один из посольских шифров, который позволил КГБ читать шифрованную военную переписку американского посольства в Москве. В результате в КГБ стало известно о переговорах США с Испанией по поводу строительства оборонительных укреплений в Пиренеях на случай войны с СССР и об аналогичных переговорах с Францией по поводу Рейна, а также об американском предложении военной помощи Ирану, если СССР вдруг вздумает на него напасть. Государственный департамент США официально заявил, что после побега Макмиллина в американском посольстве в Москве была произведена полная смена шифров, назвав это стандартной мерой предосторожности.

Согласно публикациям в мировой прессе, удар, который бегство Макмиллина нанесло США, был сравним по своей тяжести с потрясением, которое испытал СССР, когда военный шифровальщик Игорь Гузенко сбежал из советского посольства в Канаде. У СССР появилась возможность предать гласности военные секреты США подобно тому, как это сделала Канада в отношении СССР, опубликовав признания Гузенко.

Допросы Носенко в ЦРУ продолжались вплоть до 1966 года, когда руководство ЦРУ подтвердило в письменной форме свою уверенность в том, что Носенко действительно является перебежчиком, а не двойным агентом, посланным с заданием ввести американские спецслужбы в заблуждение относительно исхода операций КГБ против сотрудников американского посольства в Москве.

В 1986 году в прокат в США был выпущен художественный фильм «Юрий Носенко, КГБ». В России этот фильм под названием «Двойной агент» одно время можно было скачать с пиратских сайтов в плохом переводе на русский язык. В нем главный герой жертвовал своей карьерой в ЦРУ, но отказывался признать, что Носенко был настоящим перебежчиком и не выполнял секретное задание КГБ по дезинформации американских спецслужб.

А в 1994 году в Нью-Йорке на английском языке вышла книга Калугина «Первое управление» и через год в Москве на русском языке— его книга «Прощай, Лубянка». Про Носенко Калугин написал, что тот никогда не был крупной фигурой, имел звание капитана и работал во Втором главном управлении КГБ в «отделе по иностранным туристам». Калугина трудно заподозрить в том, что спустя 30 лет после бегства Носенко он пытался подтвердить правдивость признаний Носенко, сделанных им на допросах в ЦРУ.

По мнению Калугина, панические настроения, воцарившиеся в КГБ сразу после предательства Носенко, в значительной степени объяснялись тем, что отец Носенко занимал высокий пост в советском правительстве. Носенко-младший был известным пьяницей, дебоширом и бабником. И его руководство в КГБ долгое время было вынуждено смотреть на это сквозь пальцы, благодаря заступничеству со стороны его высокопоставленного отца.

Что касается отзыва сотрудников резидентуры в Нью-Йорке после побега Носенко, то Калугин дал этому вполне правдоподобное объяснение. По стечению обстоятельств в 1963 году Носенко арестовал в Москве известного американского руководителя левого движения, которого поймал на гомосексуальной связи. Входе обыска Носенко нашел у арестованного левака письмо, написанное каким-то американцем своей сестре, проживавшей в СССР. Носенко начал расследовать обстоятельства, связанные с этим письмом, но вскоре получил указание из Первого главного управления (ПГУ) КГБ, немедленно прекратить расследование. Носенко естественно понял, что автор письма был как-то связан с КГБ (возможно, являлся агентом). В ПГУ, видимо, опасались, что Носенко могли стать известны имена сотрудников нью-йоркской резидентуры, контактировавших со своим американским агентом, и на всякий случай решили отозвать их в Москву.

В своих книгах Калугин рассказал, как перед самым его отъездом в Москву начальник резидентуры КГБ в Нью-Йорке Борис Иванов предложил Калугину поехать вместе с другими сотрудниками советского посольства на встречу с Носенко, которая должна была состояться в здании государственного департамента США, и там застрелить предателя. Однако потом к этому вопросу Иванов больше не возвращался. Возможно, он просто проверял Калугина, желая убедиться в его лояльности и готовности выполнить любой приказ своего руководства.