Первое заседание комиссии прошло крайне успешно для Якоби, в подготовке к демонстрации работы его модели электродвигателя ему помогал сам Шиллинг, протокол заседания вел Ленц. Члены комиссии убедились в прекрасной работе модели, и тут Якоби обратился к ним с небольшой речью, в которой упомянул, что главное внимание ему необходимо обратить на применение этого двигателя в судоходной сфере, что вызывает «необходимость непосредственно и возможно скорее приступить к практическому применению исследований, и из множеств теоретических вопросов остановиться лишь на имеющих непосредственное отношение к поставленной задаче, подвергнуть эти вопросы более точному исследованию, а прочие более отдаленные вопросы оставить пока в стороне». Ученый также сделал вывод, что «для применения к движению судов чрезвычайно важно, чтобы сама машина не обладала слишком большим весом, а поэтому надлежит прежде всего исследовать, не могут ли полые железные стержни из толстого листового железа заменить массивные стержни», то есть он предложил сначала реализовать те идеи, о которых говорил в «Памятной записке»: изобрести два аппарата с усовершенствованной структурой. «Как только будут окончены эти исследования, – продолжал Якоби, – непосредственно должны быть начаты приготовления к сооружению большого аппарата значительных размеров, состоящего из восьми пар железных стержней».

Комиссия одобрила все планы Якоби, особенно рад успеху был Павел Львович Шиллинг, который, однако, не смог больше помочь Якоби в его работе: состояние здоровья ученого становилось все хуже, пока он окончательно не слег в постель. Но даже в таком состоянии он продолжал обсуждать с Якоби его будущие исследования и опыты, пока тот не уехал в Дерпт готовиться к переезду, пообещав на прощание придумать план устройства телеграфной линии и по возвращении в Петербург помочь осуществить ее устройство между Петергофом и Кронштадтом. Спустя несколько дней после отъезда он отправил Шиллингу письмо со своими размышлениями на эту тему, но когда оно пришло в Петербург, великого ученого уже не было в живых.

Якоби тяжело переживал утрату своего друга и наставника, с которым так быстро успел сблизиться и по духу, и по научным интересам. В письме П. Н. Фуссу он писал: «Известие о смерти Шиллинга меня совершенно потрясло; за время нашего короткого знакомства я искренне полюбил его и, несомненно, я буду очень болезненно ощущать его отсутствие по возвращении моем в Петербург. В нем были… бесконечное добродушие, прекрасная голова, практический такт, и он унес в могилу большие знания, чем это можно предположить с первого взгляда…»

28 августа 1837 года началась новая глава в жизни Морица Якоби. Ученый вместе с семьей переехал в Санкт-Петербург и начал свою работу в академии наук. Его связи с Дерптом становились все слабее, а 24 июня 1840-го Якоби был освобожден от должности экстраординарного профессора гражданской архитектуры при Дерптском университете. Научные исследования наконец стали не мечтой, а действительностью для Морица.

«Я не чувствую себя в Петербурге чужим, я нахожусь даже в какой-то степени как бы дома, так как, во-первых, по своему облику Петербург и Берлин имеют много общего, а во-вторых, я получаю внутреннее удовлетворение от здешнего великолепного окружения», – так описывал свои впечатления от переезда Борис Семёнович своему брату Карлу. Помимо невероятной красоты архитектуры, окружавшей ученого теперь, радовали его и новые знакомства, например с Е. И. Парротом и Э. Х. Ленцом – первым заведующим физической лабораторией академии наук и его последователем. Говоря о своих коллегах, Якоби не мог сдержать восторга, в очередном письме к брату он пишет: «Ты видишь, что здесь не так плохо, как стараются обрисовать эти иностранные газеты. Эти статьи содержат частью искаженные, частью совершенно неверные факты и изобилуют самой подлой ложью. Они исходят частью от тех, которые поддерживают устаревшие и вместе с тем в высшей степени гибельные воззрения остзейских провинций, частью от тех, которые не имеют ни способности, ни стремлений к научной деятельности, а, наоборот, охотно хотели бы блистать административными должностями… Мне было бы жаль, если бы вы беспокоились, как бы меня не посадили на кол; уверяю вас, что я здесь чувствую себя очень хорошо. Но предостерегаю вас одновременно: остерегайтесь, как бы русские также и в научном отношении не превзошли вас, и ни в коем случае не думайте, что вы можете почивать на ваших немецких лаврах и что они не будут у вас отняты. Здесь имеются необычайно сильные элементы и имеет место разносторонняя деятельность».

Э. Х. Ленц станет верным другом и соратником Бориса Семёновича. Как говорилось ранее, прежде чем познакомиться лично, ученые вели переписку в течение нескольких лет. По прибытии же Якоби в Петербург Ленц обрадовался возможности провести совместными усилиями некоторые опыты. Однако Борис Семёнович был связан обещанием сократить теоретические исследования в пользу практических. Ученого это не остановило: 22 октября 1837 года Якоби провел сравнительное испытание старой модели электродвигателя и двух новых, получил разрешение комиссии на изготовление двигателя больших размеров и мощности (способного приводить в движение лодку) и, наконец, смог посвятить себя исследованиям электромагнитов совместно с Ленцом. Результаты этих исследований были доложены учеными 6 июля 1838 года комиссии. А 13 сентября впервые в истории в плавание отправилось судно, движимое электрической энергией. Скорость движения лодки составляла всего 0,7 м/с, но впечатление, которое произвело испытание на очевидцев, было невероятным. Несмотря на это, комиссия вывела и множество недостатков конструкции: прежде всего беспокоило то обстоятельство, что против ожиданий одна из наиболее мощных батарей позволила развить мощность всего в четверть лошадиной силы.

26 ноября 1838 года состоялось заседание комиссии, подведение итогов многодневных испытаний, на котором были сформулированы результаты достигнутого:

«Обозревая все доныне совершенные труды комиссии, можно подвести их под следующие три главы статьи:

1) Комиссия разрешила главный заданный ей вопрос касательно возможности употребления электромагнетизма как двигательной силы тем, что при неблагоприятных в прочем обстоятельствах удалось привести в движение этой силой довольно значительной величины восьмивесельный бот.

2) Ученые труды комиссии привели к таким важным и решительным выводам, которые не только могут быть положены в основание будущих практических работ, но и подвинули существенно прежние наши познания о магнетизме и электричестве, расширив, устроив и утвердив умозрение (касательно) сих сил природы.

3) Употребляемые комиссией и вновь придуманные по этому случаю гальванические батареи особого устройства, соединяя в себе дотоле не достигнутые в этих приборах свойства, а именно большую силу и постоянство действия, и дешевизну содержания, представили науке и промышленности новое орудие, годное для многоразличных технических целей и ученых исследований».