Мирные отношения с Казанью вполне устраивали Ивана III, но когда в 1485 году недовольные Али-ханом казанцы выступили против него, великий князь поспешил использовать эту ситуацию и все-таки добиться провозглашения новым «царем» своего ставленника Мухаммед-Эмина. К Казани было отправлено русское войско под командованием князя Василия Ивановича Шихи Оболенского и Юрия Захарьича Кошкина. Они успешно выполнили свою задачу, и казанским «царем» стал 17-летний Мухаммед-Эмин, почти всю сознательную жизнь проживший в Москве и вполне готовый признать верховную власть русского государя. Однако его подданные к этому готовы не были. Особое возмущение вызвало у них согласие нового хана выдать врагов Москвы присланным от великого князя воеводам – Василию Ивановичу Оболенскому, Василию Семеновичу Тулупу Стародубскому и Тимофею Прозоровскому. Узнав об этом, «князи казанские воле ему не дали, хотели Магмедина самого убити»[44]. Зимой 1485/1486 года Мухаммед-Эмину и его младшему брату Абдул-Латифу пришлось бежать к великокняжеским воеводам и под их защитой отступить на русскую территорию. Иван III радушно принял изгнанников. Мухаммед-Эмин был пожалован городом Каширой, щедрые пожалования получил его брат и другие знатные беглецы.

Воспользовавшись бегством Мухаммед-Эмина, на казанский престол при поддержке ногайцев вернулся Али-хан. Сохранилось сообщение о его намерении расправиться со своими недругами (без сомнения, теми князьями и мурзами, которые передали престол Мухаммед-Эмину), но им также удалось уйти в русские пределы.

Весной 1486 года московские полки сумели вернуть Мухаммед-Эмина на казанский престол, но после их ухода сторонники Али-хана вновь взяли верх и вынудили московского ставленника бежать на Русь.

Поддержка, оказанная Иваном III сопернику Али-хана, несомненно испортила и без того сложные русско-казанские отношения. Косвенным подтверждением тому является начавшееся укрепление городов, которые могли подвергнуться татарскому нападению[45]. Новая война была неизбежна, и великий князь, учитывая опыт прошлых неудач, решил добиваться политического подчинения Казанского ханства. Лишенный престола, но сохранивший титул «царя», Мухаммед-Эмин вынужден был дать Ивану III вассальную присягу и назвать его своим «отцом»[46].

В Москве начинаются масштабные военные приготовления, так как реализовать далеко идущие замыслы великого князя о подчинении Казани было невозможно без окончательной победы над Али-ханом и воцарения на казанском престоле Мухаммед-Эмина. 11 апреля 1487 года в решающий поход на Среднюю Волгу выступило войско, которое вели лучшие московские воеводы – князья Данила Дмитриевич Холмский, Иван Андреевич Дорогобужский, Семен Иванович Хрипун Ряполовский, Андрей Васильевич Оболенский и Семен Романович Ярославский. 24 апреля вслед за ними к выступившему на Казань войску выехал и «царь» Мухаммед-Эмин[47].

Татары попробовали остановить продвижение московской рати, но были разбиты в сражении близ устья реки Свияги и отступили к Казани. 18 мая 1487 года началась осада города. Казань окружили валом и частоколом (острогом). Отряд князя Али-Газы (Алгазы), пытавшийся препятствовать осадным работам русских, был разбит и отогнан за Каму[48]. Осада продолжалась три недели, по истечении которых 9 июля 1487 года Казань сдалась, русское войско вступило в город. Али-хан, его жены, мать царица Фатима, братья Мелик-Тагир и Худай-Кул, а также сестра, царевна Ковгар-Шад, были уведены в плен. Свергнутого хана вместе с женами заточили в Вологде, его близких – на Белоозере, в пригородной слободе Карголом, другие знатные татары оказались «розсажены по посельским» (великокняжеским селам). Репрессии не ограничились выводом самых опасных противников Москвы. В Типографской, Воскресенской летописях и Третьем кратком Волоколамском летописце содержатся сведения о казни «коромолных князей и уланов» и «иных коромолников»[49].

Пленные татары, согласившиеся дать «роту» (присягу), что «им государю хотеть великому князю добра», были отпущены обратно в Казань, где прочно воцарился Мухаммед-Эмин, а московским наместником при нем стал Данила Васильевич Шеин.

Победа, одержанная Москвой над Казанью, имела огромное значение. Окончательно покорить татарское государство в 1487 году не удалось, но на долгие годы оно попало в тесную зависимость от русской политики. Впрочем, московское правительство не выдвигало тогда к Казани особенных территориальных и политических требований, ограничившись полученными от нового казанского «царя» обязательствами не воевать против Русской Державы, не выбирать нового хана без согласия великого князя, а также гарантиями обеспечения безопасности русской торговли. Мухаммед-Эмин пользовался полным доверием и поддержкой русского правительства вплоть до кризиса 1495–1496 годов, когда Казань была захвачена войсками сибирского царевича, шейбанида Мамука. Свергнутый казанский «царь» укрылся на Руси, где получил в кормление Каширу, Серпухов и Хотунь. Командуя великокняжескими войсками, он принимал участие в войне с Литвой 1500–1503 годов.

Новым ханом после отступления Мамука, в 1496 году, был провозглашен младший брат Мухаммед-Эмина, Абдул-Латиф. В отличие от старшего брата, он воспитывался не при московском дворе, а в Крыму. Укрепившись на престоле, Абдул-Латиф решил разорвать мир с Москвой, но в 1502 году был выдан русскому послу, князю Василию Ивановичу Ноздроватому Звенигородскому, а затем сослан на Белоозеро. В Казань вернулся «московский татарин» Мухаммед-Эмин, поначалу соблюдавший верность Москве, но затем под нажимом князей и уланов занявший более независимую позицию и восстановивший полный суверенитет своего государства. Изменение характера русско-татарских отношений произошло накануне смерти Ивана III (27 октября 1505 года). Воспользовавшись близостью кончины великого князя, Мухаммед-Эмин отказался возобновить договорные отношения, существовавшие между ним и Москвою. Позже, уже после смерти Ивана III, «царь» использовал в качестве объяснения своих враждебных действий «роту», которую он дал свергнутому Дмитрию-внуку, находившемуся в заточении у нового русского государя, Василия III. В своем ответе на присланное из Москвы требование о новой присяге казанский хан сообщал: «Яз есми целовал роту за великого князя Дмитрея Ивановича, за внука великого князя, братство и любовь имети до дня живота нашего, и не хочю быти за великим князем Васильем Ивановичем. Великий князь Василей изменил братаничю своему великому князю Дмитрею, поимал его через крестное целованье, а яз, Магмед Аминь казанский царь, не рек ся быти за великим князем Васильем Ивановичем, ни роты есми пил, ни быти с ним не хощу»[50].