«И первым, и вторым вскрытием отвергнуто предположение о сексуальном и ритуальном характере убийства», — написал вовсе не еврей и не либеральный адвокат, а митрополит Киевский Флавиан.

Начальник Киевского сыскного отделения Евгений Мищук сначала изучил ритуальную версию убийства, но затем все больше начал концентрировать свое внимание на Вере Чеберяк, хозяйке воровского притона. Андрюша Ющинский дружил с ее сыном Женей. Убийцы так и не были найдены, но сегодня наиболее правдоподобной считается именно версия, которую начал разрабатывать Мищук: Женя Чеберяк поссорился с Андрюшей, и тот пригрозил всем рассказать, что Женина мама покупает и продает ворованные вещи. Женя наябедничал маме, а мама и ее подручные решили подстраховаться. Мищук в конце концов пришел к выводу, что убийство «было совершено преступным миром с целью симулировать ритуальное убийство и вызвать еврейский погром». Он считал, что, во-первых, Чеберяк и другие злоумышленники хотели отвести от себя подозрения, а во-вторых, погром — это всегда возможность безнаказанных грабежей. Мищука быстро отстранили от дела, обвинили в подлоге и арестовали. Следователей все больше подталкивали к тому, чтобы найти доказательства ритуального характера убийства.

И раз уж так нужно было доказать, что мальчика убили евреи, то надо было найти подходящего еврея.

Тут в дело опять вмешались «представители общественности». Почти с самого начала на расследование активно пытался давить человек, которого сегодня назвали бы «православным активистом», — молодой студент, председатель общества «Двуглавый орел» Владимир Голубев. Голубев был, как мы бы сказали, «мальчиком из хорошей семьи». Его отец был церковным историком, брат — архиепископом. Сам он учился в гимназии в одном классе с Михаилом Булгаковым, затем поступил на юридический факультет университета, вступил в Союз русского народа, а вскоре еще и в патриотическое общество молодежи «Двуглавый орел», и начал издавать газету «Киев».

Голубев был энергичным молодым человеком. Он устроил в Киеве антипольскую демонстрацию, во время которой студенты отправились к зданию редакции польской газеты на Крещатике и стали бросать в окна камни и бутылки с чернилами. Позже они пытались бить стекла издательства либеральной газеты «Киевская мысль», но там им оказали сопротивление.

Позже, уже в 1912 году, в разгар дела Бейлиса, один журналист пришел в редакцию газеты, издававшейся обществом «Двуглавый орел», но его вопросы не понравились сотрудникам и они его попросту избили. Через некоторое время другая газета опубликовала карикатуру на Голубева, так он тут же явился в редакцию, где «встал и вдруг, не говоря ни слова, развернулся и с такой силой ударил г. Ларского [редактора] по лицу, что тот в первое время от неожиданности не мог опомниться, и только когда Голубев направился к выходу, крикнул, чтобы позвали полицию и задержали Голубева».

Вот этот симпатичный молодой человек изучил территорию рядом с тем местом, где было найдено тело Андрюши Ющинского, и обнаружил там — ура! — «усадьбу некоего жида Зайцева» с принадлежавшим ему кирпичным заводом, а рядом жил «его управляющий, какой-то еврейчик Мендель». Именно об этом Голубев заявил следователю, добавив: «Лично мое мнение, что убийство, скорей всего, совершено или здесь, или в еврейской больнице. Доказательств, конечно, этому я представить не могу».

Вот что написал о студенте Владимире Голубеве Антон Носик в своей статье «Дело Бейлиса: опыт несотрудничества»:

Владимир Голубев указал следствию на скромного приказчика Менахема Бейлиса, который даже религиозным не был — работал по субботам, дружил с местным православным священником, даже, говорят, во время погрома к нему приходили черносотенцы и успокаивали, что ему-то бояться нечего. Но как только Бейлис оказался в камере, а затем на скамье подсудимых, он уже перестал быть тихим, работящим Менахемом Бейлисом, главной мечтой которого было дать образование сыну и оплатить его учебу в гимназии. Он превратился в одного из «них», в часть вечно виновной группы, и все его личностные характеристики отошли на второй план. Вот что писал во время процесса журналист киевской газеты «Земщина»:

И дело даже не в том, что человека, который еще не был осужден, уже называют убийцей, хотя это противоречит всем юридическим правилам и принципу презумпции невиновности. В конце концов, это не выступление юриста, а заметки журналиста. Но автор статьи не собирается рассматривать доказательства виновности или невиновности Бейлиса, потому что заранее знает, что тот виновен. И виновен он не потому, что пойман с поличным, — это невозможно, потому что Бейлис никого не убивал. И не потому, что есть неопровержимые доказательства его вины, — их не существовало. Он виновен, потому что он еврей. Об этом автор и пишет. Оказывается, тихий спокойный приказчик — «типичный преступник». А черты преступника — это выдающаяся нижняя челюсть и покатый лоб, «иудейский затылок» (что бы это ни значило) и «матово-черные волосы». Даже «старые художники», творцы былых времен, осуждают Бейлиса, потому что именно так они рисовали злодеев. И даже если Бейлис подносит платок к глазам, то он не плачет, а делает вид, что плачет.

Владимир Галактионович Короленко, сыгравший огромную роль в защите Бейлиса, писал: