Пробыв несколько дней в заливе Льтуа, Баранов снова вышел в плавание. Теперь его корабль вступил в область побережья, где до него побывал Чириков еще в 1741 г.

Обогнув с севера мыс Ечкум на острове Крузова (Тлих), корабль вошел в обширный Ситхинский залив острова Ситха (этот остров впоследствии был назван именем Баранова). Пролив у мыса Ечкум Баранов назвал в честь своего корабля проливом Ольги. На берегу Ситхинского залива он нашел небольшую удобную бухту. Баранов велел установить на берегу большой деревянный крест в знак пребывания здесь русских и назвал бухту Крестовской.

В начале сентября 1795 г. «Ольга» благополучно вернулась из дальнего плавания на Кадьяк. Оно имело большое значение для дальнейшего исследования и освоения русскими североамериканского побережья. Были получены новые достоверные и многочисленные сведения об этих далеких районах, и вслед за Барановым вскоре двинулись туда отважные русские поселенцы.

Через три года после смерти Шелихова, в 1798 г., на базе созданных им компаний была организована знаменитая Российско-американская компания, первым директором которой стал зять Шелихова М.М. Булдаков. Через год компания получила монопольные права на Тихом океане и была принята под покровительство царя. Первый помощник Баранова Иван Александрович Кусков построил в Чугацком заливе на острове Нучек новую крепость, названную Константиновской.

Весной 1799 г. Баранов решил наконец заложить русское поселение на Ситхе. В далекий поход отправились под его началом три парусных судна – бриг «Екатерина», катер «Орел» и куттер «Ольга» – и пятьсот байдарок с алеутами. Только в июле, после трехмесячного тяжелого плавания, отряд достиг Ситхи.

Баранов познакомился с местными индейцами и их вождями. Старшего из них звали Скаутлельт. Баранов обратился к ним с просьбой уступить место на острове для постройки крепости.

Новую крепость, которую назвали Архангельской, решено было с согласия индейцев строить в другом месте залива. Расположились лагерем и начали строительство. Два судна, «Екатерину» и «Орел», и четыреста байдарок Баранов отправил обратно на Кадьяк.

Баранов вернулся на Кадьяк в мае 1800 г. Этот человек, казалось, не знал усталости. Каждое лето он объезжал русские поселения в Америке, руководил промыслом, вел переговоры с индейскими вождями, заботился о новых русских переселенцах из России, сурово расправлялся с изменниками и врагами.

Скоро судьба приготовила суровому правителю Русской Америки еще одно тяжелое испытание. В апреле 1802 г. Кусков отправился с партией эскимосов в 450 байдар и несколькими русскими на Ситху. У залива Акой, в 60 верстах от Якутата, где партия остановилась на отдых, индейцы встретили русских враждебно. Они избили нескольких эскимосов, а потом большой толпой, размахивая копьями, подступили к стану Кускова. Русские еле отбили нападение.

А.А. Баранов

15 июня подошли к Ледяному проливу. На островах они видели селения тлинкитов, и их всюду поразило отсутствие взрослых воинов. В одном из селений старик-индеец сказал Кускову, что воины ушли на Ситху. Встревоженный Кусков поспешил туда же. 17 июня он отправил вперед разведку, приказав плыть только ночью.

За день до появления разведчиков в Ситхинском заливе произошли страшные события. Дождавшись ухода на промысел эскимосских байдар и большинства русских, сотни тлинкитов неслышно подкрались к Архангельской крепости. Двенадцать русских во главе с Медведниковым заперлись в двухэтажном здании казармы. Индейцы беспрерывно стреляли из ружей, туча стрел висела в воздухе. Но вот рухнули двери казармы, толпы тлинкитов ринулись туда. Мужественно и до конца бились русские… Скоро последние защитники крепости были подняты на копья. Крепость ограбили и спалили дотла. Спаслись одиночки. Они и принесли Кускову горькую весть о побоище. Кусков немедленно повернул обратно. К Якутатской крепости подошли через несколько дней и убедились, что она цела. Приезд Кускова спас ее.

Баранов знал, что враждебность туземцев подогревалась иностранцами. Англичане, бостонцы (как тогда называли американцев), испанцы, французы приходили на своих кораблях в воды Русской Америки, торговали с туземцами, часто грабили их, сжигали поселения или незаконно вели промысел морских зверей в русских владениях.

Через два года, в 1804 г., к Ситхе вышел под начальством Баранова целый отряд русских парусников: «Екатерина», «Александр» и построенные за год до этого Кусковым в Якутате «Ермак» и «Ростислав», а также большой отряд союзных эскимосов и алеутов.

При хорошей погоде и попутном ветре отряд Баранова благополучно прошел Ледяной пролив и к вечеру уже был в широком и открытом проливе Хуцноу, разделяющем острова Чичагова и Хуцноу. Потом прошли пролив Чильхат и 8 сентября достигли бухты Крестовской. Здесь Баранова дожидалась красавица «Нева», участница первого русского кругосветного плавания, под командой Ю.Ф. Лисянского.

Индейцы засели в крепости из толстых лиственничных бревен и вели огонь по прибывшим. Ими руководил главный тойон Ситхи Котлеян, племянник коварного Скаутлельта. Баранов предложил индейцам сдаться, выдать пленных и заключить мир, но те отказались. Тогда русские пошли на приступ. В этом бою Баранов был ранен. Индейцы не выдержали натиска и оставили крепость. Баранов вскоре великодушно простил Котлеяна и подарил ему жезл с русским гербом, украшенный орлиными перьями.

На высокой неприступной скале, где раньше находилось селение индейцев, была заложена новая крепость, названная Ново-Архангельской. Ей суждено было вскоре стать столицей Русской Америки. Российский флаг снова гордо развевался над Ситхой. За одну зиму возникла большая Ново-Архангельская крепость. Побывавший здесь следующей весной на пути из Кадьяка в Кантон Лисянский был изумлен «удивительными плодами неустанного трудолюбия Баранова».

На корабле «Нева» в Русскую Америку были доставлены книги, картины, чертежи, карты, атласы. На Ситхе были созданы большая по тем временам библиотека в 1200 книг и интересный музей.

Даже такой тяжелый удар, как уничтожение русской крепости на Ситхе, не заставил Баранова отказаться от дальнейших плаваний и открытий. Он решил получить сведения о землях дальше по американскому побережью, за Ситхой – о солнечной Калифорнии. Баранов хотел создать там базу для снабжения суровых пространств Русской Америки хлебом и другими продуктами. Весной 1803 г. Баранов отправляет в Калифорнию 20 байдар под командой верного и смелого промышленника Швецова.

Швецов совершил далекий поход вдоль берегов Калифорнии.

Плавание Швецова утвердило Баранова в мысли о необходимости тщательного сбора сведений и о дальнейшем продвижении русских поселений на юг.

1805 г. ознаменовался важным событием. 23 мая на корабле «Мария» прибыл с Камчатки один из акционеров компании, умный и образованный вельможа, зять Шелихова Николай Резанов для обследования компанейских дел в Русской Америке. Резанов привез чин коллежского советника Баранову, Кусков был пожалован золотой медалью, Швецов и несколько других смелых мореходов – серебряными. Подвиги русских в водах Нового Света стали известны в России.