Прибыв в Ладо, Юнкер предполагал направиться в земли племени макарака, и для этого должен был ждать в Ладо ожидаемый оттуда транспорт слоновой кости и двинуться в путь с возвращающимися носильщиками. Это ожидание продолжалось два месяца, и Юнкеру удалось провести ряд наблюдений над племенем бари.

В конце января 1877 г. караван, к которому присоединился Юнкер со своим помощником, выступил в путь.

Пребывание Юнкера в области Макарака дало ему возможность самым тщательным образом обследовать эту местность, представляющую часть водораздельного пространства левых притоков Белого Нила, р. Конго и ее правых притоков. Ему удалось собрать значительные этнографические коллекции, составить карту посещенных им местностей, записать небольшой словарь языка мунду.

Наконец Юнкер решил закончить свою работу и, вернувшись в Ладо на Нил, выехал обратно в Хартум. Здесь он упаковал свои многочисленные коллекции и направился сначала через Беюдскую пустыню, затем вдоль Нила до Вади-Хальфа караванным путем. Отсюда он проехал сначала на барке, а потом по железной дороге до Каира, откуда возвратился на родину, в Петербург. Так закончилось трехлетнее пребывание Юнкера в экваториальных областях Центральной Африки.

Конец 1879 г. застает Юнкера снова в Александрии, куда он прибыл, направляясь в свое второе путешествие в Экваториальную Африку. Это путешествие, по ряду случайных причин, затянулось на семь лет, и только в самом начале 1888 г. Юнкер смог вернуться в Россию после очень тяжелых испытаний, потеряв все собранные им коллекции и сохранив только свои дневники.

Из Каира Юнкер отправился в Суэц по железной дороге, а оттуда в Суакин. Отсюда он решил пробраться в Хартум, но не по известному ему уже пути через Кассалу, а через Бербер – город на Ниле. В Хартуме, отпраздновав с некоторыми знакомыми ему там европейцами Новый, 1880 год, Юнкер отправился вниз по Белому Нилу с целью добраться до Ладо, а оттуда, через земли Макарака, к реке Уэле.

Юнкер решил проехать на пароходе по Бахр-эль-Газалю до Мешра-эр-Рек, чтобы оттуда уже двинуться сухим путем в страны племени азанде. Путешествие по Бахр-эль-Газалю оказалось нелегким. Пароход «Измаилия», на котором ехал Юнкер, все время должен был пробиваться через огромные плавучие скопления травы.

Прибыв в Джур-Гаттас, Юнкер решил направиться на запад, посетив одного из вождей племени азанде – Ндоруму, и через его страну и область Мангбатту пройти на реку Уэле.

Когда Юнкер прибыл к Ндоруме, приближался период сильных тропических дождей. Так как вождь желал удержать Юнкера как можно дольше в своих владениях, пришлось приступить к сооружению прочной станции. При помощи сотен работников, назначенных для этого Ндорумой, удалось соорудить хорошее и надежное жилище.

Устройство станции в резиденции Ндорумы не означало, что Юнкер решил долго здесь оставаться. Он обошел вокруг всех владений Ндорумы, подошел к реке Уэле, переправился через нее, достиг Мангбатту, и снова перешел через Уэле. Путешествие заняло четыре месяца.

Вернувшись на свою станцию во владения Ндорумы в декабре 1880 г., Юнкер тотчас же предпринимает новое путешествие, так как наступило лучшее для этого время года. Он совершает ряд экспедиций к соседним племенам.

Конец 1881 г. и половину 1882 г. Юнкер посвятил ряду круговых маршрутов к югу от Уэле и ее притока Бомоканди. Это дало ему возможность внести значительные исправления в карты некоторых участков этой местности, составленные до него итальянским путешественником Миани.

Найдя радушный прием у местных племен азанде, Юнкер имел возможность произвести интересные этнографические наблюдения.

Путешествия к югу от Уэле закончились переходом Юнкера на станцию Тангази в земле Мангбатту. Ему удалось доказать, первым из европейцев, что Уэле является притоком Конго, а не Нигера, как предполагали до него.

Потеряв возможность из-за волнения местных племен вернуться в Хартум и дальше в Каир, Юнкер решил пробираться на юг, в Уганду. В январе 1886 г. он отправился на юг с целью достигнуть Занзибара. Переправившись через озеро Альберт, Юнкер стал искать возможности пробраться далее.

Только в июле 1886 г. Юнкер покинул столицу Уганды и отправился в путь. Через полтора месяца он вышел к озеру Виктория и здесь сел на парусную лодку миссионеров, которая находилась в пути 26 дней. Плаванию мешали южные и юго-восточные ветры, особенно сильные в это время года. Переплыв озеро, Юнкер присоединился к большому каравану со слоновой костью и только в конце декабря 1886 г. достиг берега Индийского океана и затем Занзибара. Отдохнув на Занзибаре, Юнкер отправился на пароходе через Аден в Суэц, а оттуда по железной дороге в Каир. В апреле 1887 г., на торжественном собрании Русского географического общества в Петербурге, Юнкер выступил с подробным докладом о своем семилетнем путешествии по Экваториальной Африке.

Здоровье его было в значительной степени ослаблено перенесенными лишениями, и Юнкер мечтал, окончив обработку материалов своих путешествий, поселиться на юге Европы или в Египте. Три года он провел в Вене, приводя в порядок свои дневники, и издал описание своего путешествия в трех томах на немецком языке.

В конце 1891 г. Юнкер вернулся в Петербург, где стал хлопотать об издании своего труда на русском языке, но здесь заболел инфлуэнцой и умер 1/13 февраля 1892 г.

Работы Юнкера до сих пор представляют собою большую ценность: в них собран интереснейший и богатейший материал, полученный русским исследователем по географии, этнографии и истории южной части Восточного Судана и Уганды. Особенно следует отметить точность карт местностей, посещенных Юнкером.

Но не только карты представляют основное достоинство трудов Юнкера. С такой же добросовестностью он дает географические описания ландшафтов, описывает растительный покров, животный мир тропического леса. По отзывам специалистов, эти описания Юнкера не уступают в точности и в научности тем описаниям, которые сделали бы специалисты зоологии или ботаники. Интересен собранный им этнографический материал, характеристика племен, с которыми он встречался, их племенные отличия, вся их материальная культура: оружие, утварь, одежда и украшения.

В противоположность большинству западноевропейских путешественников, Юнкер во время своих путешествий неизменно проявлял уважение к туземцам. Своим отношением Юнкер заслужил доверие многих африканцев. Теплые дружеские чувства связывали его с вождем племени бомбе Ринггио; он совершил обряд побратимства, «поменялся кровью» с вождем племени Мангбатту Момбангой. Василий Васильевич Юнкер был искренним другом, врачом и советчиком многих обитателей стран Центральной Африки, которые он посетил.