Выразив недовольство отсутствием разоблачающих сигналов с мест и требуя таких сигналов, Сталин заявил: «Если будет правда хотя бы на 5 %, то и это хлеб».

Поверив утверждениям Сталина и Ворошилова и приняв за достоверные показания самих арестованных, участники Военного Совета резко осуждали «заговорщиков», заверяли о своей безграничной преданности партии и правительству. Однако из 42 выступавших по докладу Ворошилова 34 были вскоре сами арестованы как заговорщики. В их числе:

Алкснис Я.И., Белов И.П., Блюхер В.К., Бокис Г.Г., Викторов М.В., Гайлит Я.П., Гринберг И.М., Грязнов И.К., Дубовой И.И., Душенов К.И., Дыбенко П.Е., Егоров А.И., Жильцов А.И., Кожанов И.К., Криворучко И.И., Кулик Г.И., Кучинский Д.А., Левандовский М.К., Лудри И.М., Магер М.П., Мезис А.И., Мерецков К.А., Иеронов И.Г., Окунев Г.С., Седякин А.И., Сивков А.К., Славин И.Е., Смирнов П.А., Степанов М.О., Троянкер Б.У., Урицкий С.П., Федько И.Ф., Хрипин В.В., Шестаков В.Н.

5 июня 1937 г. Сталин принял Молотова, Кагановича и наркома внутренних дел СССР Ежова. В тот же день из большой группы арестованных в мае 1937 г. военнослужащих были отобраны для судебного процесса по делу «о военном заговоре» Тухачевский, Якир, Корк, Уборевич, Эйдеман и Фельдман, а для придания делу троцкистской окраски в эту же группу были включены Примаков и Путна, действительно разделявшие до 1927 г. троцкистские взгляды. Индивидуальные уголовно-следственные дела на всех этих лиц 5 июня 1937 г. были объединены в одно групповое дело.

7 июля 1937 г. Сталин, Молотов, Каганович и Ворошилов приняли Ежова и Вышинского. В этот же день был отпечатан окончательный текст обвинительного заключения по делу и в порядке подготовки судебного процесса постановлением Президиума ЦИК СССР были утверждены запасными членами Верховного суда СССР Буденный, Шапошников, Белов, Каширин и Дыбенко. Вслед за этим в НКВД были приняты меры к немедленному окончанию следствия по делу о военном заговоре.

7 июня 1937 г. было предъявлено обвинение Примакову, а 8 июня — Тухачевскому, Якиру, Уборевичу, Корку, Фельдману и Путне по ст. 58-1 «б», 58-3, 58-4, 58-6, 58-8 и 59-9 Уголовного кодекса РСФСР (измена Родине, шпионаж, террор и т. п.).

9 июня 1937 г. Вышинский и помощник Главного военного прокурора Субоцкий провели в присутствии следователей НКВД короткие допросы арестованных, заверив прокурорскими подписями «достоверность» показаний, данных арестованными на следствии в НКВД.

В архиве Сталина находятся копии этих протоколов допроса. На протоколе допроса Тухачевского имеется надпись: «Т. Сталину. Ежов. 9.VI.1937 г.».

В тот же день, 9 июня 1937 г., Субоцкий объявил обвиняемым об окончании следствия, но в нарушение требований ст. 206 УПК РСФСР не предъявил им уголовное дело и не разъяснил право на осмотр всего производства по делу и на дополнение следствия.

Перед судом обвиняемым разрешили обратиться с последними покаянными заявлениями на имя Сталина и Ежова, создавая иллюзии, что это поможет им сохранить жизнь. Арестованные использовали предоставленные им возможности написать такие заявления. Так, 9 июня 1937 г. Якир писал:

«Родной близкий тов. Сталин. Я смею так к Вам обращаться, ибо я все сказал, все отдал и мне кажется, что я снова честный, преданный партии, государству, народу боец, каким был многие годы. Вся моя сознательная жизнь прошла в самоотверженной честной работе на виду партии, ее руководителей — потом провал в кошмар, в непоправимый ужас предательства… Следствие закончено. Мне предъявлено обвинение в государственной измене, я признал свою вину, я полностью раскаялся. Я верю безгранично в правоту и целесообразность решения суда и правительства… Теперь я честен каждым своим словом, я умру со словами любви к Вам, партии и стране, с безграничной верой в победу коммунизма».

На заявлении Якира имеются следующие резолюции:

«Мой архив Ст.»; «Подлец и проститутка. И. Ст.»; «Совершенно точное определение. К. Ворошилов»; «Молотов»; «Мерзавцу, сволочи и б…, одна кара — смертная казнь. Л. Каганович».

В день окончания следствия по делу о военном заговоре, 9 июня 1937 г., Вышинский два раза был принят Сталиным. Во время второго посещения, состоявшегося поздно вечером, в 22 часа 45 минут, присутствовали Молотов и Ежов. В тот же день Вышинский подписал обвинительное заключение по делу.

В обвинительном заключении утверждалось, что в апреле-мае 1937 г. органами НКВД был раскрыт и ликвидирован в г. Москве военно-троцкистский заговор, в «центр» руководства которым входили Гамарник, Тухачевский, Якир, Уборевич, Корк, Эйдеман и Фельдман. Военно-троцкистская организация, в которую вступили все обвиняемые по этому делу, образовалась в 1932–1933 гг. по прямым указаниям германского генштаба и Троцкого. Она была связана с троцкистским центром и группой правых Бухарина — Рыкова, занимались вредительством, диверсиями, террором и готовила свержение правительства и захват власти в целях реставрации в СССР капитализма. Обвинение квалифицировалось по ст. 58–16, 58–8 и 58–11 УК РСФСР. При этом государственный обвинитель Вышинский не посчитался с тем, что по ст. 58–11 УК обвинение Тухачевскому, Якиру, Уборевичу и четырем другим арестованным вообще не предъявлялось.

После приема Вышинского, в 23 часа 30 минут Сталиным, Молотовым и Ежовым был принят редактор «Правды» Мехлис. 11 июня 1937 г. в «Правде» опубликовано сообщение об окончании следствия и предстоящем судебном процессе по делу Тухачевского и других, которые, как говорилось в сообщении, обвиняются в «нарушении воинского долга (присяги), измене Родине, измене народам СССР, измене Рабоче-Крестьянской Красной Армии».

10 июня 1937 г. состоялся Чрезвычайный Пленум Верховного суда СССР, заслушавший сообщение Вышинского о деле по обвинению Тухачевского и др. Пленум постановил для рассмотрения этого дела образовать Специальное судебное присутствие Верховного суда СССР в составе Ульриха, Алксниса, Блюхера, Буденного, Шапошникова, Белова, Дыбенко, Каширина и Горячева.

Инициатива создания специального военного суда для рассмотрения дела Тухачевского и др. и привлечения в состав суда широко известных в стране военных руководителей принадлежала Сталину. Выбор их был не случаен. Все участники Военного Совета в присутствии Сталина выступили с резким осуждением Тухачевского, Якира, Уборевича как «заговорщиков». Бывший член Военной коллегии Верхсуда СССР Зарянов, участвовавший в судебном процессе по делу Тухачевского в качестве секретаря суда, в своем объяснении написал:

«Из разговоров с Ульрихом я понял, что Особое присутствие, членами которого являлись только маршалы и командармы, создано по инициативе Сталина. Целью создания этого специального военного суда Сталин ставил поднять этим авторитет суда и убеждения в правильности приговора».

10 июня 1937 г. состоялось подготовительное заседание Специального судебного присутствия Верхсуда СССР, вынесшего определение об утверждении обвинительного заключения, составленного Вышинским, и предания суду Тухачевского и других.

В этот же день всем обвиняемым были вручены секретарем суда копии обвинительного заключения, а начальником Особого отдела НКВД Леплевским подписан и представлен Ежову план организации охраны и обеспечения порядка судебного заседания.