В 1885 г. принято решение о создании Амударьинской флотилии, просуществовавшей до 1917 г. Первые больше пароходы «Царь» и «Царица» водоизмещением в 165 т были построены в 1887 г. в Петербурге и в разобранном виде доставлены на Амударью. Навигацию они начали в 1888 г. В 1895—1901 гг. были введены в строй еще четыре парохода, два паровых катера и девять барж. Любопытно, что с самого начала все пароходы флотилии работали на нефти. Это была первая русская флотилия, переведенная на жидкое топливо. К примеру, на Черноморском флоте к 1905 г. на нефть, да и то частично, был переведен только один корабль (броненосец «Ростислав»).

Кушка — самая южная точка Российской империи — стала важным опорным пунктом для борьбы с Англией. Кушка была превращена в крепость. 30 мая 1893 г. там сформировали отдельную крепостную артиллерийскую роту, а к 1 февраля 1902 г. там было уже три крепостных артиллерийских роты. К этому времени вооружение крепости состояло из 26 легких полевых пушек (обр. 1877 г.), десяти 6-дюймовых (152-мм) полевых мортир и шестнадцати полупудовых (152-мм) гладких мортир обр. 1838 г. Вооружение это не шло ни в какое сравнение с западными крепостями России, такими, как Ивангород или Брест, но крепостной артиллерии Кушки хватало против всей артиллерии Афганистана.

Но в Кушке было сосредоточено и отделение осадного артиллерийского парка в составе шестнадцати 6-дюймовых (152-мм) осадных пушек в 120 пудов, 16 легких полевых пушек (обр. 1877 г.), четырех 8-дюймовых (203-мм) полевых легких мортир и 16 полупудовых гладких мортир. На случай войны с Афганистаном нужды в тяжелых 6-дюймовых пушках и 8-дюймовых мортирах не было. Эти орудия предназначались для индийских крепостей.

В 1900 г. Кушка через Мерв была соединена с Закаспийской железной дорогой, а в 1906 г. вступила в строй стратегическая железная дорога Оренбург — Ташкент (1852 км). До Оренбурга железная дорога была доведена еще в 1877 г. Таким образом, Россия гораздо проще и быстрее могла перебросить в Афганистан и Северную Индию личный состав и артиллерию, нежели Англия из своей метрополии.

Демаркация западного участка северной границы Афганистана была закончена русско-английским соглашением, подписанным 10 (22) июля 1887 г. в Петербурге. Но восточный участок северной границы Афганистана был по-прежнему не определен. Тут Афганистан граничил с Памиром, который окружавшие его племена именовали «крышей Мира». Разумеется, граница была условной, и никто никогда не занимался ее демаркацией.

Высокогорный район Памира с его суровым климатом сам по себе никогда не интересовал завоевателей. В долинах Памира проживало около 2,5 тысячи таджиков и около 18 тысяч кара-киргизов. И те, и другие были мусульманами, но таджики относились к шиитам, а киргизы — к суннитам.

К концу XIX века Памир приобретает важное стратегическое значение, поскольку через его перевалы можно было попасть в Кашгарию, Афганистан и Индию.

Впервые русские генералы поднимают вопрос о присоединении Памира в 1876 г. в связи с окончательным покорением Кокандского ханства, в число владений которого формально входил и Памир. Однако в связи с началом русско-турецкой войны решение этой проблемы было отложено.

С начала 80-х годов XIX века англичане под видом научных экспедиций стали посылать на Памир своих эмиссаров и разведчиков. В свою очередь, Военное ведомство в 1888 г. отправило туда свою экспедицию под командованием капитана Громбчевского. Примеру англичан последовали и китайцы, выставив свои посты в долинах озер Рангкуль и Яшилькуль. Но вскоре туда прибыли войска афганского эмира, оттеснившие китайцев к Рангкулю. В 1890 г. в Кашгар из Индии прибыла английская миссия, официально для учреждения в этом городе консульства, а неофициально для переговоров с китайскими властями о разделе Памира.

Русское правительство не могло допустить, чтобы этот стратегический район был поделен между Англией и Китаем, и приняло решение немедленно занять Памир. Для этого в Маргилане был сформирован специальный отряд, состоявший из охотников (добровольцев) из 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркменских линейных батальонов и 24-х казаков из 6-го Оренбургского полка. Всего в отряде было 8 офицеров и 114 рядовых под командованием полковника Ионова.

Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу

От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.

После этого Ионов с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и через перевал Болро-гиль вернулся обратно в долину Вахандарьи к селению Сархад. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Хзаргош в долину реки Аличур, соединился с пехотой у озера Яшилькуль, откуда и двинулся в обратный путь, в город Ош.

Отряд во время своего движения убедился, что население колеблется относительно своего подданства, и поэтому действовал тут как на территории, бесспорно принадлежащей России — расставлял пограничные знаки, утверждал беков и т.д. Но после ухода русского отряда китайцы и афганцы опять начали хозяйничать в долинах рек Оксу и Аличур, что вынудило туркестанскую администрацию опять отправить в 1892 г. на Памир отряд под началом полковника Ионова.

Отряд был значительно увеличен. В его составе имелись 4 пехотные роты добровольцев, 3 сотни казаков из 6-го Оренбургского полка, двухорудийный взвод Туркестанской конно-горной батареи и команда саперов.

2 июня 1892 г. отряд Ионова выступил из Маргилана и 17 июня прибыл к озеру Рангкуль, где находился китайский отряд, бежавший при приближении русских войск. 27 июня отряд встал биваком на берегу реки Мургаб (Оксу) около слияния ее с рекой Акбайтал вблизи урочища Шаджан. Здесь Ионов получил сведения о нахождении афганского поста у впадения реки Аличур в озеро Яшилькуль и о готовящемся нападении китайской конницы на русский отряд в случае его движения к озеру.