Слезы объяснимы, и горе — тоже. Разлука с Родриго была негласным условием сделки, возможностью стать герцогиней Феррары. Надо было соответствовать требованию — невеста должна быть девственницей — «pulcherrima virgo» (это определение Ариосто). По политическим соображениям ей нельзя было встречаться со старшим сыном.

В архивах Модены сохранился документ, датированный 11 октября 1505 года. Это своего рода соглашение Эсте и Борджиа относительно Родриго. Согласно этому документу, опекуном Родриго был не только кардинал Козенца, но и Ипполито д'Эсте. Воспитывался мальчик при дворе Изабеллы Арагонской в Бари. Герцогиня Изабелла жила в городе, подаренном ей Лодовико Моро. В расходной книге Лукреции имеется запись от марта 1505 года, там упомянут камзол из камчатого полотна и парчи, Лукреция послала его ребенку в Бари. У мальчика и Джованни Борджиа был один учитель по имени Бальдассаре Бонфильо. Однако в 1506 году Джованни Борджиа разрешили приехать в Феррару и, возможно, поселили в Карпи, в поместье Пио, вместе с сыном Чезаре, Джироламо, а Родриго остался, где был. В 1506 году Лукреция собиралась повидать его вместе с герцогиней Изабеллой возле святилища Лорето, однако встреча так и не состоялась. По свидетельству Грегоровиуса, в Бари, в апреле 1508 года у обоих мальчиков был один учитель, гуманист Бартоломео Гротто. Лукреция приобрела для детей одежду и заплатила учителю, чтобы тот купил Джованни сочинения Вергилия.

Проживая в Бари. Родриго получал ренту со своих поместий в Бисельи и в герцогстве Корато. В феврале 1511 года герцогиня Изабелла купила ему за 100 дукатов лошадь и упряжь. Список принадлежавших ему вещей, сделанный, вероятно, по просьбе Лукреции, показывает, что содержание его соответствовало рангу юного герцога, пусть и небогатого. В списке отмечено большое количество дорогой одежды, ремней, кошельков, скатертей, тканей для обивки экипажей, бархатных попон с золотой каймой для лошадей и мулов, покрывал на кровать, комод, медная ваза, оружие, в том числе отличные кинжалы испанской и немецкой работы, шпоры и кирасы. В ассортименте его серебряной столовой посуды числится красивая солонка, позолоченная изнутри и снаружи на испанский манер, серебряные тарелки с позолотой и кувшины. На всей посуде выгравирован его герб. Все его счета Лукреция бережно сохранила среди своих документов. В последовавшие за смертью сына годы она добилась признания за нею прав на наследование, хотя и обнаружила, что, как и у большинства благородных семей, богатство содержания не оправдывалось скудным доходом. 9 октября 1512 года она написала Гонзага и просила его о безопасном проезде Якопо Тебальдео, советника герцога, которого она посылала в Бари через Венецию. Он должен был обсудить с герцогиней Изабеллой дела Родриго: «Я хочу, чтобы все его вещи по праву перешли ко мне, и обращаюсь я к Вам, потому что время сейчас для любого посыльного небезопасное». Вступление в права наследства оказалось делом трудным и долгим, и процесс завершился лишь в 1518 году.

Проспери доложил Изабелле, что Лукреция так горюет о смерти сына, что нет никакой возможности ее утешить. Таким утешителем был Ипполито, он же старался успокоить ее, когда умерли Александр и Чезаре. В монастырь его — как духовное лицо — пропускали, и, согласно свидетельству Проспери, он проводил там с нею много часов. Альфонсо все еще пробирался домой, посылая по пути секретные записки Ипполито. Когда Изабелла попеняла Ипполито, что он не передает эти записки ей, кардинал ответил, что не может этого делать, так как, попади эти документы в чужие руки, папе станет известно, где в данный момент находится Альфонсо. Юлий схватил двоих stajfieri Альфонсо и привез их в Рим. Там их подвергли пыткам, однако они так ничего и не сказали мучителям. Папа усилил давление на Гонзага, послал в Мантую специального представителя, а тот от его имени прельщал Изабеллу, суля блага ее детям, а зятю — Франческо Мария делла Ровере, герцогу Урбино — пообещал отдать Феррару. Юлий напомнил Франческо, что Эсте — исторические враги Гонзага, как бы хорошо ни складывались их теперешние отношения, а Альфонсо — враг вдвойне: он всегда хотел маркизу худого, собирался убить его, высмеять, унизить. Если он останется в Ферраре, то будет самым главным врагом Гонзага. Интриги папы наткнулись на непреодолимое препятствие: с одной стороны, это были страстно защищавшие Феррару Изабелла и Ипполито, а с другой — любовь Франческо к Лукреции.

Лукреция и Франческо продолжали переписываться. Теперь у них был новый посредник — фра Ансельмо. Гонзага посылал ей цитроны и трюфели, она просила его о милости к своим монахиням. Гонзага, несмотря на все свои грехи, исповедовал, подобно Александру, культ Девы Марии. В письме к нему от 2 ноября Лукреция просила, коль скоро прежде он оказывал милости ее монахиням и матери-настоятельнице, похлопотать, чтобы викарий в Мантуе создал новое аббатство, прежде чем вернется в Рим.

Теплоты в отношениях между Лукрецией и Изабеллой по-прежнему не было, даже после смерти Родриго Бисельи. Своей близкой подруге, сестре Лауре Боярда, назначенной Лукрецией аббатисой собора Сан Бернардино, Изабелла написала, что не намерена ни писать, ни посылать гонца с соболезнованиями Лукреции, «чтобы не растравлять ей душу», а потому она доверяет сестре Лауре поступить так, как та считает нужным. Неудивительно, что Лукреция была обижена нарушением протокола и пожаловалась фра Ансельмо, когда тот посетил ее 7 октября. Она расценила его посещение как свидетельство доброго отношения Франческо, но тем не менее выразила некоторое опасение: «Все же я боюсь, что он стал охладевать ко мне… потому что. как мне показалось, он согласился с синьорой (Изабеллой] в том, что никто из них не должен посетить меня и выразить соболезнование в связи с постигшим меня горем…» «Поверьте мне. синьор. — сообщает монах. — эта дама — необычный человек». Лишь в конце месяца Изабелла соблаговолила написать официальное письмо с выражением соболезнования и велела Проспери доставить его в монастырь Сан Бернардино. 20 сентября он, однако, доложил, что когда прибыл в монастырь, обнаружил, что Лукреция оттуда уехала, и он воспринял это как признак того, что Альфонсо скоро будет дома. Однако 9 октября Лукреция в траурном одеянии вернулась в монастырь, а Альфонсо появился лишь 14-го.

Проспери рассказал о его триумфальном возвращении, «подобном Моисею, спасшемуся от фараона». Сопровождали герцога только Мазино дель Форно и несколько товарищей. В Бондено у них был прощальный ужин с Фабрицио Колонной. Альфонсо приехал «в простой лодке и в замок прошел через сад. Все городское население столпилось на площади, чтобы посмотреть на него, в крепости звонил большой колокол. Сначала он прошел в свои покои, а потом в апартаменты Лукреции. Они встретились во второй маленькой комнате, где зимой обычно обедали». Там «они обнялись и некоторое время оставались вместе со своими детьми, а затем предстали перед своим окружением. Лица у них были счастливые». Позже Альфонсо в своей комнате имел долгий разговор с Ипполито и Федерико Гонзага да Боццоло, затем отправился осматривать крепостные валы, поврежденные прошедшим ливнем. После вернулся и долгое время провел в апартаментах Лукреции.

Феррарцы смотрели теперь на Альфонсо как на героя. «Пусть теперь [папа] делает, что хочет, — писал Проспери Изабелле 16 декабря 1512 года, — потому что эти люди преданны Вашему достопочтенному роду и господину герцогу. Вашему брату, в этом я ничуть не сомневаюсь…» Юлию II удалось отобрать у Альфонсо все земли, кроме Ардженты, Комаккьо и самой Феррары, но Альфонсо приготовился сражаться до конца. Он заключил договор о перемирии с Венецией и нанял четыре тысячи итальянских и немецких солдат. Франческо Гонзага, однако, думал, что с Феррарой покончено, и посоветовал своему родственнику, Федерико Гонзага да Боццоло, прекратить помощь Альфонсо, чтобы не потерять собственное государство.