Лукреция с Изабеллой соперничали даже из-за монахинь. Ревность Изабеллы вызвала с ее стороны упреждающий удар: она послала Проспери с визитом к сестре Лауре Боярд. Лукреция сделала эту монахиню аббатисой монастыря Сан Бернардино. Впрочем, как признал Проспери, ничего интересного они друг другу не сказали, а сестра Лаура «считает Ваше Сиятельство своей главной покровительницей…»

В июне 1513 года Проспери прекратил свою переписку с Изабеллой и снова возобновил ее через полгода: написал два письма от 18 и 24 декабря. В них он сообщил, что возвращается домой. В прежнем объеме отчеты возобновилась лишь в январе 1517 года, в бесценных ежедневных свидетельствах о жизни феррарского двора был трехлетний перерыв. Лукреция продолжала переписываться с Франческо, посылала ему приватные сообщения и угощения, а вот в переписке с Изабеллой тоже был перерыв с апреля 1513 года (тогда Альфонсо вернулся в Феррару) и до мая 1516 года. В этот период Изабелла старалась, насколько возможно, не жить в Мантуе: она постоянно разъезжала. Не сохранилось никаких писем между Альфонсо и Лукрецией между 1510 и 1518 годами. За это время Лукреция родила троих детей, в том числе и дочь Леонору, названную в честь матери Альфонсо. Девочка родилась 4 июля 1515 года. Беременность и роды проходили трудно, и герцогиня писала Франческо Гонзага: «В течение десяти дней я себя очень плохо чувствовала: слабость, полная потеря аппетита и другие неприятности, но — благодарение Богу — вечером я неожиданно ощутила боль и родила. Этого я никак не ожидала, потому что считала, что время мое еще не пришло. Я так счастлива, что девочка, которую я родила, чувствует себя хорошо. Мне кажется. Господь подарил ей благодать, которую Он дарует лишь достойным людям…» Эта девочка впоследствии стала монахиней монастыря Корпус Домини.

В апреле предыдущего года Лукреция родила третьего сына, Александра, жизнь которого оказалась недолгой. Два года спустя, 27 мая 1516 года, она написала письмо Франческо Гонзага, поблагодарила его за то, что не оставил ее «в горьком положении», а также за то, что он прислал ей трюфели, которые она очень любила. Причина ее несчастья стала известна спустя несколько недель. 11 июля 1516 года она снова написала Гонзага и сообщила о смерти сына, последовавшей после долгой болезни:

В том же году Господь послал ей утешение: 1 ноября она родила еще одного ребенка, на этот раз здорового мальчика. Назвали его Франческо. Поскольку среди ближайших родственников Альфонсо не было никого по имени Франческо, хочется сделать невероятное предположение, что она могла назвать его в честь Гонзага.

Всего Лукреция родила Альфонсо троих здоровых сыновей, однако история ее беременностей, выкидышей, преждевременных родов и рождение больных, недолго живущих детей вызвана, должно быть, сифилисом Альфонсо. В отличие от Франческо Гонзага и Изабеллы, Альфонсо регулярно имел с женой супружеские отношения, поэтому беременности шли одна за другой. Все это ослабило Лукрецию и привело в конце концов к преждевременной смерти.

Лукреция продолжала поддерживать отношения с учеными друзьями, а среди них — с поэтом Джанджорджио Триссино. С ним она познакомилась летом 1512 года, когда он приехал в Феррару. Позднее она советовалась с ним относительно образования Эрколе. 18 сентября 1515 года она написала ему из Бельригуардо и пересказала свой разговор с Альфонсо. Они оба очень хотели, чтобы Эрколе начал учиться как можно раньше. Не могли бы он, если только это не будет ему в тягость, подыскать для мальчика учителя грамматики? Раньше она не писала об этом, потому что у нее не было возможности поговорить с Альфонсо. Письмо это она послала в Феррару вместе с Эрколе да Камерино, чтобы тот как следует растолковал Триссино их идеи. В ноябре отрекомендованный учитель, некий Домине Никколо Лаззарино, все еще не приехал, но, как она сообщила Триссино, пребывавшему на тот момент при дворе императора, они ожидают его с минуты на минуту. В марте 1516 года она снова написала Триссино и сообщила, что они с Альфонсо очень хотят с ним посоветоваться, как только он приедет в Феррару.

Триссино, судя по всему, так и не смог посетить Феррару, ибо Лукреция писала ему из Бельригуардо 1 июня, снова выражая надежду на его приезд: «Наставник его утверждает, что чрезвычайно им доволен, он верит в дальнейшие его успехи, должно быть. Вы и сами это поняли из его [наставника] писем». В том месяце в счетах Эсте появились записи о приобретенных для ученика книгах — Овидия и Вергилия. В течение двух лет она поддерживала связь с Триссино и по-прежнему надеялась его увидеть.

В это же время Лукреция активно переписывалась с Альдом Мануцием, который после поражения при Аньяделло бежал из Венеции в Феррару, а в последующие годы разъезжал по городам Северной Италии. Лукреция названа была душеприказчицей завещания, составленного им в Ферраре в 1509 году, правда, не в последнем его варианте. Примерно в этот же период она предложила ему помощь в создании академии интеллектуалов, бывшей давней мечтой издателя. Мечту эту он так никогда и не осуществил. Она вдохновила Мануция на издание стихов Тито и Эрколе Строцци, многие из них были посвящены ей, и в 1513 году они появились в Венеции. Издатель предварил книгу благодарственным посвящением: «Божественной Лукреции, герцогине Феррары». В предисловии он говорит об обоюдном их желании создать в Ферраре академию. Три года спустя в Ферраре впервые была опубликована поэма Лудовико Ариосто «Неистовый Роланд». Над этим произведением он работал с 1506 года, и в нем он часто поминает Лукрецию: «Ее красота, добродетели, богатство и хорошая репутация только растут, подобно нежному растению, высаженному в плодородную почву…» В поэме она является как мраморная статуя в окружении их общих друзей, Антонио Тебальдео и Эрколе Строцци.

Лукреции было почти тридцать семь (по ренессансным стандартам — старая женщина), когда у нее родился Франческо. В конце декабря того года дошли до нее слухи о смерти Жофре. В начале января слухи эти были подтверждены. Лукреция теперь была единственной из детей Ваноццы, кто остался в живых. Жофре она не видела с тех пор, как пятнадцать лет назад уехала из Рима в Феррару. Похоже, они и не переписывались, а если такая переписка была, то она не сохранилась. После падения Чезаре Жофре уехал с остальными Борджиа в Неаполь. Там Санча стала любовницей Гонсальво Кордовского, того, кто взял в плен Чезаре. Жофре ей к этому времени страшно надоел, и она отказалась иметь с ним дело. После ее смерти Жофре снова женился на некой Марии де Мила, которая, судя по ее имени, имела отношение к роду Борджиа. Она родила ему четверых детей, и после его смерти единственный его сын унаследовал княжество Сквиллаче. Лукреция услышала новость о смерти брата от его вдовы и сына, Франческо, ее племянника. 2 января она известила письмами обоих Гонзага. Как и можно было ожидать, письмо ее Изабелле было кратким и менее эмоциональным, чем письмо маркизу. Франческо она написала: «Неожиданное это событие сильно меня потрясло, как и следовало ожидать, оно причинило мне боль. Я уверена, Ваше Сиятельство, — продолжила она, — благодаря сложившимся между нами уважительным отношениям, Вы посочувствуете мне и из любви ко мне разделите мои чувства…» Трудно представить, чтобы Лукреция действительно сильно горевала о смерти Жофре, разве только жалела о том, что порвалось единственное звено, связывавшее ее с прошлым ее семьи.