Царь Василий отказался от права бессудной царской опалы и клятвенно обещал, что никого не казнит смертью, «не осудя истинным судом с бояры своими». Опалы вели к переходу родовых земель в казну, что противоречило интересам аристократии. Дума добилась четкого указания на то, что без боярского суда царь не мог отобрать вотчины, дворы и пожитки у братьев опальных, их жен и детей.

Лжедмитрий I предпринял попытку в обстановке гражданской войны возродить неограниченную самодержавную власть, не возвращаясь к опричнине и массовым репрессиям. Финал был трагическим. Шуйский не желал разделить участь Расстриги, и ему поневоле пришлось учесть его опыт. В этом и крылась причина того, что князь Василий согласился составить ограничительную крестоцеловальную запись.

В день избрания царь Василий велел убрать тело Лжедмитрия с площади. Труп привязали к лошади, выволокли в поле и там закопали у обочины дороги. Князь Иван Голицын испросил у думы, в виде особой милости, разрешение похоронить брата, Петра Басманова, в церковной ограде на его дворе.

В день переворота боярам удалось использовать выступления посадских людей в своих целях. Народ был устрашен жестоким убийством царя. Но вскоре положение стало меняться. Прошло несколько дней после мятежа, отметил Я. Маржарет, а в городе слышен был лишь ропот; одни плакали, горевали, а другие, наоборот, радовались. Перемена в народных настроениях привела к тому, что столицу захлестнули слухи о зловещих знамениях. Когда труп Расстриги везли через крепостные ворота, налетевшая буря сорвала с них верх. Потом грянули холода, и вся зелень в городе пожухла. Высохли вершины и ветки сосен. Холода длились восемь дней.

На третью ночь люди видели голубые огни, поднявшиеся подле трупа «Дмитрия» прямо из земли. Когда стража приближалась, огни исчезали. Тело чародея увезли с площади и заперли в скудельнице, но наутро его обнаружили перед дверями, и у трупа сидели два голубя. Когда к «Божьему Дому» приближались люди, голуби улетали, а затем прилетали вновь. По понятиям того времени, голуби были вестниками небесных сил.

Повсюду толковали, что над телом чернокнижника каждую ночь пляшут бесы, что убитый — «сам дьявол, поэтому он и напускает свои навождения на христиан». Земля не принимала тела чародея, его пришествию радовался «сам сатана»; звери и птицы гнушались его тела; с небес не падал дождь и солнце не светило «смрада ради трупа того».

Духовенство было встревожено и долго совещалось, как бы вернее покончить с мертвым колдуном и чародеем. По совету монахов труп Лжедмитрия выкопали из ямы, в последний раз протащили по улицам города, после чего доставили в село Котлы к югу от Москвы и там сожгли. Новый царь желал убедить народ, будто Лжедмитрий намеревался истребить бояр и знать во время военных потех в поле у стен гуляй-города — у подвижной крепостицы, прозванной москвичами «адом». В силу этих обстоятельств тело самозванца было сожжено вместе с «адом».

Каким бы посмертным унижениям ни подвергали Отрепьева власти предержащие, народ не желал верить в смерть «прирожденного» царя. Толки о том, что он спасся от «лихих» бояр, не прекращались ни на один день. Через неделю после переворота на улицах столицы появились подметные письма, якобы составленные самим Дмитрием. «Прелестные листы» были прибиты на воротах многих боярских дворов. Поистине «бессмертный» царевич объявлял своим подданным, что «ушел от убийства и сам Бог его от изменников спас».

В воскресный день 25 мая в Москве произошли волнения. Народ требовал от бояр ответа, почему умерщвлен государь.

Шуйские заподозрили, что к составлению подметных писем от имени Дмитрия были причастны влиятельные лица, в том числе Филарет Романов.

Отрепьев замыслил извлечь из земли прах Дмитрия Угличского, что ускорило его гибель. Шуйский осуществил замысел самозванца, но придал ему совсем иное значение. На третий день после коронации Филарет доставил из Углича останки Дмитрия. Государь и бояре отправились пешком в поле, чтобы встретить за городом мощи истинного сына Грозного. Царя сопровождали духовенство и внушительная толпа москвичей. Марфе Нагой довелось в последний раз увидеть сына, вернее, то, что осталось от него. Потрясенная вдова Грозного не могла произнести слов, которых от нее ждали. Чтобы спасти положение, царь Василий сам возгласил, что привезенное тело и есть мощи истинного Дмитрия. Ни молчание царицы, ни речь Шуйского не тронули народ. Москвичи не забыли о трогательной встрече Марии Нагой с «живым сыном». И князь Василий, и Марфа слишком много лгали и лицедействовали, чтобы можно было поверить им снова. Едва Шуйский произнес положенную речь, носилки с трупом поспешно закрыли. Процессия после заминки развернулась и проследовала на Красную площадь. Гроб с покойным Дмитрием некоторое время стоял на Лобном месте, а затем его перенесли в Архангельский собор, куда были допущены одни бояре и епископы.

Церковь надеялась заглушить слухи о знамениях над трупом Отрепьева чудесами нового великомученика. Останки Дмитрия были выставлены на всеобщее обозрение. Некогда Шуйский клялся, что Дмитрий зарезал себя нечаянно, играя ножичком. Самоубийца не мог быть святым, и власти выдвинули новую версию. На мощи царевича положили свежие орешки, испачканные кровью. Всякий мог видеть своими глазами, что будущий мученик в момент смерти играл орешками, а не ножичком.

Благочестивые русские писатели с восторгом описывали чудеса, творившиеся у гроба дивного младенца. В первый же день исцеление получили тринадцать больных, во второй — двенадцать и пр. Однако находившиеся в Москве иноземцы утверждали, что исцеленные калеки были обманщики и пришлые бродяги, подкупленные людьми Шуйского. При каждом новом чуде в городе били в колокола. Трезвон продолжался несколько дней. Паломничество в Кремль напоминало реку в половодье. Огромные толпы народа теснились у дверей Архангельского собора. Царская канцелярия поспешила составить грамоту с описанием чудес Дмитрия Угличского. Грамоту многократно читали в столичных церквах.

Стремясь завоевать симпатии столичного населения, Шуйский решил потревожить также прах Годуновых. По решению думы и духовенства их тела выкопали из ямы в ограде убогого Варсонофьева монастыря и отправили для торжественного захоронения в Троице-Сергиев монастырь. Двадцать троицких монахов несли их гробы по улицам столицы. В траурной процессии участвовали бояре. Они отдали последний долг свергнутой династии. Ксения Годунова, облаченная в черное монашеское платье, шла за гробом отца, рыдая и громко жалуясь на свою несчастную судьбу. «Ах, горе мне, одинокой сироте, — причитала она, — злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мертвый он терзает Русское царство, суди его Бог!»

Агитация против Расстриги произвела впечатление на столичное население, но брожение в народе не прекращалось. В день перенесения в Москву мощей Дмитрия, как только царь Василий оказался посреди бесчисленной толпы, он, по словам Якова Маржарета, вторично подвергся опасности и едва не был побит каменьями. Царя спасло присутствие множества дворян.

Обретение нового святого внесло успокоение в умы, но ненадолго. Недруги Василия позаботились о том, чтобы испортить ему игру. Они притащили в собор больного, находившегося при последнем издыхании, и тот умер прямо у гроба Дмитрия. Толпа в ужасе отхлынула от дверей собора, едва умершего вынесли на площадь.