Цезарь решил преследовать Помпея во что бы то ни стало. Он особенно важным почитал овладеть его личностью: его одного из всех своих противников он уважал. Помпей после поражения спасся на остров Лесбос. По-видимому, мысль о приеме, какой ожидал его со стороны аристократии после катастрофы, удержала его от решения направиться в Африку, и он поехал морем в Египет. Там в войске служило много его прежних солдат, а огромные богатства страны обещали возможность возобновить борьбу. В Египте только что умер царь Птолемей Аулет. По воле его престол переходил к его сыну, десятилетнему Птолемею Дионису, обвенчанному на дочери Птолемея же, шестнадцатилетней Клеопатре, и уже началась распря в царском семействе. По совету одного вельможи решено было предложить Помпею гостеприимство и немедленно его убить – этим надеялись приобрести расположение Цезаря. Когда корабль Помпея остановился, подплыла богато убранная лодка принять проконсула – и, едва он ступил в эту лодку, он был заколот сзади ударом кинжала (28 сентября 48 г.). Скоро появился и Цезарь, по дороге взявший в плен целую эскадру Помпеевых кораблей, оцепеневшую при вести о Фарсальской битве и сдавшуюся без боя. Глубоко потрясенный, отвернулся Цезарь, когда ему поднесли окровавленную голову человека, которого так долго Рим называл Великим, который был долго ему близок и по своим нравственным качествам заслуживал уважения Цезаря. Несомненно, что, если бы Помпей попал в руки Цезаря, победитель никогда не предал бы его казни.

В Египте Цезарь немедленно приказал членам царского дома прекратить междоусобицу. На страну за поддержку Помпея он не наложил никакого наказания, а только потребовал уплаты давно должных Египтом Риму сумм. Жители Александрии, многолюднейшего и богатейшего в то время города на всем Средиземном море, с неудовольствием смотрели на безапелляционные распоряжения Цезаря. Когда же в уплату контрибуции царские советники умышленно обратили фамильные драгоценности царей и сокровища храмов – зрелище, как все это относилось к римлянам, вызвало глубокое раздражение в жителях. Оккупационный римский корпус, давно уже стоявший в стране, сжился и сроднился с местным населением, да к тому же был огорчен запретом междоусобий, во время которого солдаты рассчитывали получить богатую добычу.

Недовольство было общим, и многие признаки предвещали вспышку. Цезарь распорядился вызвать подкрепления из Малой Азии и остался в Египте, зорко наблюдая за настроением, но по внешности вполне спокойный, веселый и как бы совершенно поддавшийся чарам юной и прелестной Клеопатры. Внезапно явилась у столицы оккупационная римская армия, стоявшая на границах,- оказалось, что ее тайно вызвали царь и его советники. В городе немедленно вспыхнуло восстание. Цезарь овладел особою царя и его министрами и укрепился во дворце и прилегавших к нему строениях. В его руках был также остров с маяком, лежавший посредине входа в Александрийскую гавань. Остров этот был соединен с материком плотиною, которая была во власти бунтовщиков. Египетский флот Цезарь успел сжечь, и потому сношения с морем он кое-как мог поддерживать, при всем том оборона была вообще очень нелегкою задачею, и нужны были весь гений Цезаря, вся его неутомимая бдительность и вся преданность ему его солдат, чтобы держаться. Одно время восставшие завладели маячным островом, Цезарь, однако, смелым нападением отнял его обратно и даже отбил в свою власть почти всю плотину. Во время этой битвы в том самом пункте, где сражался сам Цезарь, его сторонники неожиданно подверглись столь энергичному нападению, что были все сбиты в воду, и Цезарь спасся лишь благодаря тому, что доплыл до одного из своих кораблей, стоявших на довольно значительном расстоянии.

Наконец прибыли подкрепления, вызванные Цезарем. Египетское войско, выступившее против них, было совершенно разбито. Цезарь стал господином Александрии. Жители в траурных одеждах молили о пощаде. Победитель отнесся к побежденным очень великодушно, он ничем не наказал их и советовал обратить усиленное внимание на то, чтобы снова поднять торговлю и благосостояние города, сильно пострадавшего от последних событий. Затем он оставил в Александрии достаточный гарнизон из трех надежных легионов под начальством Руфиона, опытного воина и администратора, но сына вольноотпущенника, а сам отплыл в Малую Азию: его продолжительное отсутствие очень заметно отзывалось на ходе его дел во всех остальных частях государства.

В Малой Азии понтийский царь Фарнак, сын Митридата, сначала держался стороны Помпея. После битвы при Фарсале он покинул его и вздумал еще захватить несколько пограничных областей, принадлежавших Риму. Когда на требование вернуть их он ответил отказом, Цезарь велел наместнику Малой Азии Кальвину силою отнять захваченное. Кальвин, однако, был разбит, но как раз в это время прибыл из Египта Цезарь. Он собрал бывшие под рукой войска, пошел на Фарнака и совершенно разбил его в упорной битве при городе Циеле. Фарнак бежал, и царство его Цезарь отдал незаконнорожденному его брату. Державшие сторону Помпея властители получили выговор и должны были уплатить небольшие штрафы, не приступавших к помпеянцам Цезарь наградил, но вообще в устройстве Малой Азии он крупных перемен не произвел.

Пребывание Цезаря в Александрии, длившееся почти полгода, с октября 48 по март 47 г., значительно замедлило умиротворение государства: повсюду сторонники прежнего порядка получили возможность собраться с силами и укрепиться. Так, иллирийцы, которые всегда относились к Цезарю прямо враждебно, разбили значительный корпус Габиния, и только после того, как Ватиний в смелом нападении с рыбачьими судами разбил флот помпеянцев, военные действия в Иллирии получили сколько-нибудь более благоприятный для Цезаря оборот. В Испании едва удавалось удерживать армию от явного бунта в пользу Помпея, особенно же угрожающий ход приняли дела в Африке. Сюда собрались все, кто после Фарсалы не пожелал подчиняться, сюда прибыли Сципион, второй главнокомандующий, оба сына Помпея, Катон, Лабиен, Октавий и др. Здесь соединились остатки армии, разбитой при Фарсале, части войск из Испании, гарнизоны из Диррахиума, Керкиры и Пелопоннеса, остатки флота. Главнокомандующим был избран Сципион – как старший по положению, настоял на этом Катон, сам лично не любивший Сципиона, понимавший его бездарность, посчитавший необходимым действовать строго по букве старых законов. Рядом с главнокомандующим создался и сенат из трехсот членов, деньгами и всем нужным армия была обеспечена благодаря энергии Катона, в военном смысле она скоро представляла силу не менее значительную, чем при Фарсале: в пехоте было до 70 000 человек и конницы до 1600, кроме того, большие отряды всадников были с царем нумидийским Юбой.

Летом 47 г., когда Цезарь подготовлял в Риме экспедицию в Африку, внезапно взбунтовались стоявшие в Кампании легионы, предназначенные для этого похода. Солдаты перенесли столько трудностей, что теперь, после довольно продолжительного отдыха, предстоявшие труды и опасности казались особенно неприятными, к тому же они долго не видели Цезаря – единственного человека, имевшего влияние на этих железных людей. Легионы двинулись к Риму, требуя, чтобы им прежде всего выданы были обещанные награды, и заявили, что иначе они не пойдут в поход. Уже совершенно недалеко от столицы внезапно появился пред ними Цезарь и спросил, чего они желают.

«Отставки!» – закричали ему в ответ. Цезарь немедленно ответил, что они вольны воспользоваться ею хоть сию минуту и что подарки и награды им будут все равно выданы – только в день триумфа, когда закончится борьба и когда они могут быть в числе зрителей, но уже не участников в триумфе, так как получили отставку раньше, и при этом Цезарь и называл их уже не «воинами», как говорил он с солдатами, а просто «гражданами». Солдаты были поражены как громом: они не воображали, что Цезарь решится обойтись без них, они были пристыжены тем, что он не только не грозил уменьшить награды, а сам еще обещал их увеличить… Прошло несколько мгновений молчания и колебаний – и, видя пред собою того вождя, который столько раз водил их к победам, воины вдруг стали просить, чтобы им было позволено не расставаться с Цезарем и называться по-прежнему его солдатами. Цезарь заставил себя долго просить и тогда согласился, единственным наказанием было уменьшение на одну треть наград зачинщикам бунта. Этот эпизод, которому подобного не знает история, ярко рисует, каким влиянием пользовался Цезарь и как велико было обаяние его личности.