В августе 1944 г. в Москве принимается постановление ЦК ВКП (б) «О состоянии и мерах улучшения массово-политической и идеологической работы в татарской партийной организации». В нем говорится о «серьезных недостатках и ошибках националистического характера» в освещении истории (приукрашивание Золотой Орды, популяризация ханско-феодального эпоса о Идегее [татарский вариант имени Едиге, Едыге]). Это повлекло последствия для исследователей эпосов из тех регионов, в которых героический эпос о золотоордынском полководце Едиге получил известность (ногайцы, поволжские татары, казахи, кыргызы, крымские, барабинские, таранчинские, сибирские татары, башкиры, каракалпаки, узбеки, горные алтайцы).

Однако в 1945 г. Алькей Маргулан защитил докторскую диссертацию на тему «Эпические сказания казахского народа», в которой тема Эдиге и Золотой Орды, рассматривается без учета критики, прозвучавшей в вышеупомянутом постановлении ЦК ВКП (б).

Через год в Казахскую ССР прибыла из Москвы группа работников Управления пропаганды и Союза советских писателей СССР. В октябре эта группа направила секретарю ЦК ВКП (б) Г. М. Маленкову докладную записку, в которой указала на «ошибки и недостатки» при освещении некоторых тем истории и литературы. Несколько раз в записке упомянуто имя Алькея Маргулана: «Некоторые казахские историки и литераторы явно идеализируют Золотую Орду и всячески восхваляют Едиге. В подготовленном в 1944 г. Казахским филиалом Академии наук „Историческом сборнике“ в статье тов. Маргулана „Ер-Едиге“ говорится: „Едиге — один из гениальных людей эпохи Золотой Орды. <…> …Едиге всю свою жизнь посвятил народу, Родине, поэтому и имя его не забывается веками“». Вину за то, что казахские литераторы продолжали восхвалять Едиге, комиссия возложила на секретаря ЦК КП (б) Казахстана по пропаганде Мухамеджана Абдыкалыкова, который, как написано в записке, вопреки историческим фактам, утверждает, «что у нас, т. е. в Казахстане, был другой Едиге, чем у татарского народа»{13}.

В «подчищенной» биографии Маргулана указывается, что после защиты докторской диссертации он работает заведующим сектором, заведующим отделом, старшим научный сотрудник Института истории, археологии и этнографии АН Казахстана (1946–1985).

В 1946 г. первый президент только что созданной Академии наук Казахской ССР Каныш Сатпаев посоветовал Алькею заняться археологией и с тех пор он, в основном, ею и занимается.

В 1947 г. началась травля Маргулана. В первом номере журнала «Большевик Казахстана» вышла статья партфункционера Б. Степанова в которой указывалось, как правильно освещать эпос. Степанов объявил героя эпоса Едиге «злейшим врагом русского народа» и обвинил Маргулана в том, что он в своей книге наделил Едиге лучшими качествами казахского народа. Из этого делается вывод, что Маргулан искажает историческую правду и идет на фальсификацию.

В феврале 1947 г. в Казахском академическом театре драмы прошло собрание работников науки, литературы и искусства совместно с представителями партийных и общественных организаций. На нем речь шла о «грубых политических ошибках». Критиковали и Алькея Маргулана. Секретарь горкома парии Джусупбеков обвинил Маргулана в восхвалении «душителя русского и казахского народов Едиге» и в утверждении, что самой светлой страницей в истории казахов была эпоха Чингисхана.

В марте 1947 г. в «Казахстанской правде» выходит статья М. Ахинжанова и Б. Турсынбаева «Профессор М. Маргулан извращает историю». В ней во многом та же критика, что в выступлении секретаря горкома, но в более развернутом и дополненном виде. Нужно отметить, что М. Ахинжанов не впервые писал подобные статьи. В 1937 г. его фамилия стоит первой в списке авторов из числа студентов-историков под публикацией в «Казахстанской правде» «Японский шпион в роли историка», направленной против Санжара Асфендиярова, которого через год расстреляют, обвинив в «контрреволюционной деятельности»{13}.

В последующие годы имя Алькея Маргулана не раз упоминалось на страницах республиканской печати в связи с «неправильным» освещением героического эпоса, хотя с 1946 г. он почти исключительно занимался археологией и от изучения эпоса отошел.

Периодические публичные разносы в течение шести лет (1947–1953) за «политические ошибки», помимо нервных потрясений, привели к тому, что Алькей Маргулан был уволен из Академии наук. По информации его дочери Дании Маргулан, с 1952 по 1955 год он там не работал.

Историк Ж. О. Артыкбаев в книге «Историческое наследие Машхур Жусуп Копеева» пишет, что в период репрессий по делу историка Ермухана Бекмаханова (1951 год) Алькей Маргулан некоторое время находился под арестом. Дочери Алькея Маргулана об этом аресте ничего не известно.

По мнению московского археолога Леонида Кызласова, Алькей Маргулан уцелел лишь потому, что единственный экземпляр рукописи его диссертации «Эпические сказания казахского народа» «вовремя исчез» из фонда Ленинской библиотеки. Но факт исчезновения рукописи не находит подтверждения. Когда корреспондент Азаттыка процитировал это высказывание московского друга Алькея Маргулана его дочери Данель Маргулан, она удивилась.

— Я, учась в аспирантуре в Москве, взяла в Ленинской библиотеке фотокопию диссертации. Эта диссертация опубликована (в одном из томов подготовленного ею 14-томного собрания сочинений своего отца){13}.

11–15 апреля 1953 г. в Алма-Ате с участием президента Академии наук Динмухамеда Кунаева, 30 ученых из Казахстана и нескольких человек из России, прошла «дискуссия», во время которой Маргулан и ряд других ученых были обвинены в отходе от марксистско-ленинского учения. Главным обвинителем выступал Малик Габдуллин, обвинявший коллег (чаще всего он критиковал Мухтара Ауэзова, Алькея Маргулана, Есмагамбета Исмаилова, Бейсембая Кенжебаева) в «неправильном, антимарксистском освещении истории казахского эпоса» и в том, что не все из них выступили с критикой «ошибок».

В те годы Малик Габдуллин последовательно руководил Институтом литературы и языкознания АН Казахской ССР (1946–1951), Казахским педагогическим институтом имени Абая (1953–1963). При этом публично каялся, что сам ранее совершал «ошибки».

Алькей Маргулан признал критику в свой адрес отчасти справедливой и предложил объяснение причин появления «ошибок». Он сказал, что к ним привело то, что еще в царское время казахский эпос изучался известными русскими учеными, оставившими различные толкования. Корни своих «ошибок» он видел в идеализации Александра Веселовского и его школы, которую долгие годы признавали многие советские ученые. «После постановления ЦК ВКП (б) о работе Татарского обкома я, как честный человек, не мог повторять старые, осужденные ошибки. Статьи, опубликованные после этого постановления, были написаны гораздо раньше — в 1942–1943 гг., но опубликованы спустя 3–4 года без исправления», — сказал Маргулан{13}.

В октябре 1950 г. казахский историк Тлеукажи Шоинбаев направил письмо секретарю ЦК ВКП (б) М. А. Суслову и председателю Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП (б) М. Ф. Шкирятову о биографии президента Академии наук КазССР К. Сатпаева, влиянии на него традиций и родственных связей. В письме Т. Шоинбаев выдвинул против К. Сатпаева серьезные по тем временам обвинения: выходец из крупной байско-феодальной семьи, был активным членом партии «Алаш», насаждает в Академии наук трайбализм и кумовство, имеет несколько жен. Шоинбаев в связи с этими обвинениями упоминает и Алькея Маргулана, которого