Схожие требования были предъявлены 16 июня 1940 года правительствам Латвии и Эстонии. В Таллин. Ригу и Вильнюс были направлены правительственные советские делегации во главе с А. Ждановым, А. Вышинским и В. Деканозовым, которые потребовали изменить состав правительств прибалтийских стран. Одновременно 15-17 июня началось вступление новых контингентов советских войск на территорию Эстонии, Латвии и Литвы. Благодаря тому, что правительства трех прибалтийских государств не стати чинить препятствий советским войскам, вступление Красной армии проходило без осложнений. Во многих городах Прибалтики население тепло встречало советские войска.

В то же время под видом помощи вступающим советским войскам эстонская полиция разгоняла митинги солидарности с СССР и арестовывала ораторов, выступавших с приветствиями в адрес Красной армии. В Каунасе и в Риге полиция стреляла по людям, приветствовавшим советские войска. При этом в Риге было ранено 29 человек, из них двое скончались. Однако советские войска не препятствовали действиям местной полиции, а Жданов запрашивал Москву: «Не следует ли вмешаться в это дело или оставить до нового правительства». Лишь получив сообщения о расстрелах в Риге и арестах в Таллине, Молотов телеграммой от 20 июня ответил Жданову: «Надо твердо сказать эстонцам, чтобы они не мешали населению демонстрировать свои хорошие чувства к СССР и Красной армии. При этом намекнуть, что в случае стрельбы в демонстрантов советские войска возьмут демонстрантов под свою защиту».

Тем временем Деканозов, Вышинский и Жданов были заняты ведением переговоров о сформировании просоветских правительств. Хотя местные коммунисты настаивали на сформировании таких правительств из членов своих партий и их союзников, эмиссары Сталина не поддерживали этих предложений. В новом правительстве Эстонии во главе с И. Варесом преобладали социалисты и беспартийные, но коммунистов не было. По настоянию Деканозова в правительство Литвы, которое сформировал В. Креве-Мицкевичус, вошел и министр финансов Э. Галанаускас, занимавший тот же пост при режиме Сметоны. Единственный коммунист в новом литовском кабинете занял пост министра внутренних дел. Лишь в результате своих настойчивых просьб коммунисты Латвии, во главе которых встал освобожденный из тюрьмы Я. Калнберзин, добились включения четырех членов своей партии в новое латвийское правительство, которое возглавил беспартийный А. Кирхенштейн. В то же время президенты Латвии и Эстонии Ульманис и Пятс сохраняли свои посты. Лишь президент Литвы Сметона эмигрировал в Германию.

Новые правительства пользовались широкой поддержкой населения Прибалтики. Комиссия АН Эстонской ССР в своем докладе 1989 года, цель которого состояла в том, чтобы обосновать «противозаконность» вступления Эстонии в СССР, все же признала, что «большая часть народа Эстонии по различным причинам приветствовала новое правительство по различным причинам: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций».

В то же время посланцы Кремля постоянно подчеркивали, что происходившие перемены не приведут к изменению в государственном устройстве трех республик. Выступив с балкона советской миссии в Риге перед участниками митинга, А. Вышинский закончил свою речь по-латышски: «Да здравствует свободная Латвия! Да здравствует нерушимая дружба между Латвией и Советским Союзом!»

Рекомендации советского полпреда в Эстонии К.Н. Никитина, которые он направлял в Москву 26 июня, свидетельствовали о том, что советские дипломаты в это время даже не помышляли о возможности установления в республике советских порядков. Поэтому полпред предлагал лишь меры, укладывающиеся в отношения СССР с дружественными зарубежными странами. В тот же день, 26 июня, первый секретарь полпредства Власюк, ссылаясь на указания Жданова, просил Москву ассигновать на программу деятельности Всесоюзного общества культурных связей с заграницей (ВОКСа) «дополнительных средств в 5000 крон в связи со значительным увеличением объема работы до конца года». Совершенно очевидно, что еще 26 июня Жданов, как и работники советских дипломатических учреждений в Таллине, исходил из того, что Эстония останется надолго «заграницей» со своей «иностранной валютой».

Однако в самые последние дни июня 1940 года в советской политике в отношении стран Прибалтики произошла радикальная перемена. Об этом свидетельствовала беседа Молотова с премьер-министром Литвы Креве-Мицкевичусом 30 июня. По словам литовского премьера, Молотов убеждал премьера в том, что для Литвы было бы лучше, если бы та вступила в Советский Союз.

Почему же вдруг Сталин и все советское руководство совершили крутой поворот к советизации? Не исключено, что в значительной степени такая перемена могла произойти под влиянием реакции Германии на действия СССР в Бессарабии и Северной Буковине. 23 июня 1940 года Молотов вызвал Шуленбурга и сообщил ему о том, что «решение бессарабского вопроса не требует отлагательства». Хотя в секретном протоколе от 23 августа 1939 года Германия объявляла о своей незаинтересованности в Бессарабии, заявление Молотова, по словам историка Уильяма Ширера, вызвало «тревогу в вермахте, которая распространилась на генеральный штаб». Возникли опасения, что Советский Союз предпринял попытку завладеть Румынией, от нефти которой зависела судьба военных операций Германии.

Хотя Гитлер, к которому обратился за помощью король Румынии Кароль II, порекомендовал последнему принять советские требования, по словам Риббентропа, фюрер был «ошеломлен», узнав, что СССР потребовал от Румынии помимо Бессарабии эвакуации также Буковины, населенной украинцами. С точки зрения Гитлера, эта земля была населена «преимущественно немцами» и являлась «исконной землей австрийской короны». Как утверждал Риббентроп, Гитлер «воспринял этот шаг Сталина как признак русского натиска на Запад». 24 июня 1940 года Гитлер заявил в узком кругу о своем намерении захватить Украину, хотя тут же оговорился, что это вопрос не будет решаться в ближайшие недели. Вероятно, советское правительство получило сведения о такой реакции немцев и осознало, что вторжение в СССР стало задачей, вставшей в повестку дня фюрера Германии, а потому решило ускорить действия по укреплению своих позиций на всем протяжении будущего советско-германского фронта, в том числе и в Прибалтике.

Кроме того, Жданов, Вышинский и Деканозов могли сообщать Сталину и другим членам Политбюро о событиях в Прибалтике, которые могли быть истолкованы как свидетельства классической революционной ситуации: массовые демонстрации рабочих и митинги перед президентскими дворцами, на которых их участники требовали установления рабочего контроля над производством, смены общественного строя, восстановления советской власти; формирование рабочих дружин; освобождение из тюрем политзаключенных; активная деятельность коммунистов, вышедших из подполья и тюрем. Налицо были и другие классические признаки революционного кризиса: растерянность верхов, популярность новых правительств, обещавших социальные реформы и дружбу с СССР, способность коммунистов трех стран, несмотря на свою немногочисленность, взять инициативу в свои руки. Еще 25 июня 1940 года коммунисты Прибалтики выдвинули требования о превращении трех стран в советские республики и их вступлении в СССР.