Теперь Юлия II беспокоили амбиции Франции. Венеция только что передала ему города в Романье, он отменил отлучение от Церкви, коему он подверг Светлейшую республику, и заявил о прекращении военных действий, приглашая Альфонсо поступить так же. Феррарский герцог, верный своему слову, отказался выходить из Камбрейской лиги. Новая политика папы римского по отношению к французам была по меньшей мере удивительной. «Вон отсюда, варвары!» — прокричал он послу Людовика XII. Однако «варвары» вели себя как добропорядочные католики, немедленно ответив на призыв понтифика, и могли теперь только возмутиться при виде подобной неблагодарности. Поэт Гренгуар написал пьесу, где персонажами были Франция и Церковь, ее играли в те времена в Париже. Она позволяет хорошо понять позицию Франции:

Юлий II ненавидел и Лукрецию Борджа, и всех д'Эсте. Он будет неотступно преследовать их, словно преступников. Сначала — Ипполито, который после смерти кардинала Чезарини устроил так, что бенедиктинские монахи выбрали его аббатом Нонантоло в Модене. Как только папа обрел право назначать на подобный пост, он потребовал, чтобы Ипполито приехал в Рим и публично покаялся. Кардинал уже находился на пути к прощению, когда во Франции он весьма кстати упал с лошади и оказался на некоторое время прикованным к постели. Затем последовало дело о солеварнях в Комаккьо, недавно возвращенных Венецией Ферраре и составлявших опасную конкуренцию папским солеварням в Червио. Папа велел закрыть солеварни д'Эсте. Альфонсо отказался подчиниться, ссылаясь на то, что это владение досталось ему от императора Максимилиана, а не от Ватикана. Тогда глава Церкви аннулировал пакт, заключенный в 1501 году между Эркуле д'Эсте и отцом Лукреции, и теперь годовой ценз, сниженный тогда с четырех тысяч до 100 дукатов, возрастал до 3500 дукатов недоимок и 100 тысяч дукатов на расходы на вооружение. Альфонсо не ответил. Такое проявление независимости могло лишь еще больше вывести из себя римского папу, который в конце концов направил против феррарского государя свою армию вместе с венецианскими войсками под предводительством нового герцога Урбинского Франческо делла Ровере. Сначала они овладели городами Ченто и Пьеве, которые Александр VI даровал Эркуле д'Эсте по случаю бракосочетания Лукреции, а также соседними землями к югу от озер Комаккьо. Города капитулировали, но крепости защищались, и Альфонсо удалось отвоевать города, в то время как венецианцы получили обратно Полезину.

Юлию II нужно было найти иное средство, чтобы уничтожить Феррару, и он воспользовался Франческо Гонзага. Он посоветовал дожу освободить маркиза Мантуанского, до сих пор находившегося в плену у венецианцев, с тем чтобы уничтожить всех французов и устроить вторую Сицилийскую вечерню, при условии, что наследный принц Мантуи, сын Изабеллы д'Эсте, будет отправлен в Рим в качестве заложника и ответит за поведение своих родителей. Изабелла была встревожена. Юлий II, судя по слухам, предавался «национальному пороку Греции» с молоденькими мальчиками. Тем не менее мальчика привезли в Ватикан в начале лета, и Франческо Мантуанский был освобожден. Тотчас папа лишил Альфонсо д'Эсте поста гонфалоньера в пользу его зятя Франческо Мантуанского, возложив на последнего обязанность организовать защиту от агрессии французов, и отлучил от Церкви герцога Феррарского, дав ему шесть дней, чтобы опомниться и подчиниться. Альфонсо отказался повиноваться, ссылаясь на то, что анафема может быть оправдана лишь религиозными мотивами и что заставлять духовную власть служить светской — это безусловное злоупотребление. Тем не менее папа покарал герцогство. Юлий II, как говорят, кичливо заявил: «Феррара, я покорю тебя с помощью святого причастия или умру как собака».

Отлучение от Церкви прославило навеки феррарских государей, но они должны были помочь народу, который начинал уставать от тяжкого бремени войны. К материальным лишениям добавились тревоги, связанные с интердиктом: церкви закрывались, а для верующих не было ничего ужаснее этого. Чтобы облегчить страдания народа, герцогиня в очередной раз заложила свою серебряную посуду и поручила Изабелле найти того, кто бы дал ей ссуду под ее драгоценности. Она велела также, чтобы на ее столе стояла только глиняная посуда, сделанная в мастерской Альфонсо.

Что касается Ипполито, то, возвратившись из Флоренции, он обратился к видным горожанам и заговорил о войне как о неизбежности, с которой следует смириться. Феррарцы в порыве воодушевления поклялись, что скорее погибнут под руинами города, чем допустят гибель своих государей.

В Ферраре герцогиню называли «матерью народа». Даже Пауль Иове, враг Борджа, не мог не восхититься тем, что она отреклась от роскоши и сделала так, чтобы у ее подданных были больницы, школы и религиозные учреждения.

Став против своей воли гонфалоньером Церкви и полководцем венецианской армии, Франческо Гонзага тем самым превратился в главного врага Феррары. Юлий 11 поручил ему руководить осадой города. Естественно, чувства, которые до сих пор Лукреция испытывала к маркизу Мантуанскому, охладели. Зато она сблизилась с Изабеллой, а последняя была не слишком расположена участвовать в разорении своей семьи. Обе женщины организовали специальные пункты, где можно было сменить лошадей или пересесть на паромы, работавшие и днем и ночью, чтобы обозы с людьми и оружием могли пересекать каналы и По. Их деятельность не осталась незамеченной ни Венецией, ни папой.

Теперь, когда Камбрейская лига развалилась, Юлий II предложил Альфонсо мир, но тот, естественно, отказался. Современник Лукреции историк Гвиччардини не ошибся в том, какие цели преследовал папа римский.