Между тем государственный секретарь Уолсингем не верил, что дела у испанцев обстоят настолько плохо. Он просил Хоуарда не терять бдительности и быть готовым встретить армаду в море уже в апреле. Дрейк тоже не доверял полученным сведениям о пассивности неприятеля и пытался убедить королеву, что испанцы продолжают активно готовиться к походу. Поэтому, полагал он, необходимо взять инициативу в свои руки, нанести по противнику упреждающий удар и сжечь корабли армады в их портах.

Поскольку одно лишь имя Дрейка повергало испанцев в трепет, его появление у берегов Испании могло иметь немалый психологический эффект. Многие суеверные люди искренне верили, что сэр Фрэнсис наделен магическими способностями, что он продал свою душу дьяволу и тот помогает ему во всех начинаниях. Поговаривали, что в его каюте находится волшебное зеркало, которое показывает ему корабли противника и всё, что происходит на них. Словно колдун, он мог влиять на погоду, вызывать бурю, успокаивать волнение на море и заставлять ветры дуть в нужном направлении.

13 февраля Дрейк выслал на разведку к берегам Испании еще один пинас. В то же время были ускорены ремонт и переоснащение королевских кораблей. Несмотря на интриги «партии мира», новый фаворит королевы граф Эссекс — сын прежнего патрона Дрейка — держал сторону «партии войны» и поддерживал все антииспанские проекты сэра Фрэнсиса.

9 февраля неожиданно умер командующий испанской армадой маркиз де Санта-Крус. Филипп II с плохо скрываемым удовлетворением написал спустя неделю: «Господь показал мне свое расположение, забрав его именно теперь, до отплытия флота». Новым командующим — генерал-капитаном моря-океана — король назначил 37-летнего дона Алонсо Переса де Гусмана, двенадцатого сеньора и пятого маркиза Сан-Лукар-де-Баррамеда, девятого графа Ньевла и седьмого герцога Медина-Сидония. Увы, в отличие от своего предшественника, герцог не имел славы опытного флотоводца, но зато был добрым супругом и отцом (имел четырех сыновей), добрым христианином, рачительным хозяином и послушным исполнителем. Филипп не сомневался, что он скрупулезно выполнит его инструкции.

Елизавета, узнав о смерти маркиза де Санта-Крус, попыталась возобновить мирные переговоры с Испанией. В конце февраля ее представители выехали во Фландрию, чтобы встретиться с герцогом Пармой. Одновременно Хоуарду и Дрейку было приказано приостановить подготовку кораблей к выходу в море. Это не означало, что офицеры и команды должны были быть списаны на берег. Сохранение флота в состоянии боевой готовности давало Елизавете лишний козырь на переговорах с испанской стороной. Только четыре королевских корабля вернулись на базу в Чатем. Лорд-адмирал перенес свой флаг на «Арк Рэли» — великолепный корабль, построенный по заказу сэра Уолтера Рэли, а затем проданный им королеве за пять тысяч фунтов стерлингов, — и вместе с другими судами дивизиона остался на базе в Куинборо. После ремонта, имея под своим командованием восемь королевских кораблей, один собственный, шесть пинасов и кеч, Хоуард отправился на соединение с эскадрой Палмера, все еще блокировавшей Дюнкерк. Оттуда они вместе отправились к Флиссингену, чтобы демонстрацией военной мощи поддержать находившихся там посланников Елизаветы. Однако переговоры с герцогом Пармой не дали положительного результата; даже глупцам было понятно, что испанская сторона просто тянет время, продолжая снаряжать армаду.

В конце марта герцог Медина-Сидония получил секретные инструкции короля Филиппа. В них отмечалось:

«По получении сего приказа Вы выйдете в море, достигнете Английского канала, пройдете по нему до мыса Маргит и там окажете содействие в переправе герцогу Парме, моему кузену. Вам надлежит извещать его о продвижении, равно как и он будет извещать Вас о своей готовности.

В случае, если буря разметает армаду, назначьте рандеву в бухте Виго, порту Ла-Корунья и около островов Силли. В Ла-Манше надлежит избегать баталий с Дрейком, если только его силы не окажутся в меньшинстве, а ветер будет Вам благоприятствовать… Армада должна дойти в полном составе к месту встречи…

Если же не будет иного исхода, как вступить в сражение с армадами английского адмирала [Хоуарда] и Дрейка, знайте, что Ваши силы значительнее и Вы можете, встав по ветру и произведя иные маневры, дать им бой, ожидая, что Господь ниспошлет Вам победу.

Не примените сообщить всем, что враг, пользуясь артиллерией и огневым боем, не станет приближаться к нашим судам, в то время как в наших интересах сблизиться и взять их на абордаж…»

В это время правительство Елизаветы поставило перед Дрейком новые задачи. Прежний план кампании отменялся; сэру Фрэнсису предписывалось сформировать специальную эскадру для предотвращения возможного вторжения вражеских сил в английские воды. По замыслу министров, все морские силы страны надлежало разделить на два флота — Восточный и Западный. Первый должен был находиться у берегов Великобритании, защищая подступы к ним с востока. В задачу Западного флота входило дежурство на ирландском и испанском направлениях, чтобы не дать возможности армаде прорваться в Южные Нидерланды и соединиться с флотом Фландрии. Кроме того, предусматривалась возможность экспедиции к берегам Португалии, чтобы обеспечить там высадку дона Антониу — претендента на португальскую корону. Финальной частью этой экспедиции должен был стать рейд к Азорским островам с целью перехвата флотилий, направлявшихся в метрополию из Америки и Ост-Индии.

По мнению Дж. Корбетта, этот план не выдерживал никакой критики. Самым слабым его местом было разделение флота на два независимых дивизиона, из коих один должен был оперировать против армады у западных берегов Англии, а второй сдерживать активность флотилии Пармы в Северном море. План полностью игнорировал предложения Дрейка о нанесении превентивного удара по армаде в портах ее базирования.

30 марта Дрейк снова писал членам Королевского совета, доказывая, что «с пятьюдесятью кораблями мы добьемся гораздо большего у их собственных берегов, чем с намного большими силами можем сделать здесь, дома». В этом же письме он сетовал на то, что полученная им амуниция составляет лишь третью часть того, в чем он нуждается, и просил прислать еще пороха, так как имеющегося не хватало даже для проведения учебных артиллерийских стрельб. Порох обещали прислать. Заодно королева спрашивала у Дрейка совета, каким образом можно уничтожить корабли армады, стоявшие в порту Лиссабона, и какой величины должен быть ее флот, чтобы противостоять флоту неприятеля.

Дрейк ответил ей 13 апреля. По его мнению, теперь, когда испанские эскадры объединились в устье Тежу и стоят под прикрытием береговых фортов, атаковать их там бессмысленно. Более реальным делом представлялось нападение на какой-нибудь менее значительный вражеский порт. Это заставило бы армаду выйти в море, а уж там англичане могли бы помериться с нею силой. Для реализации такого плана Дрейк нуждался в усилении мощи плимутской эскадры и снабжении ее достаточным количеством пороха и продовольствия. Он просил королеву передать под его командование еще четыре военных корабля «и те шестнадцать судов с их пинасами, которые снаряжаются в Лондоне». Сделать это нужно было как можно быстрее, ибо одним из важнейших залогов успеха сэр Фрэнсис считал фактор внезапности. Но его предложения не были приняты во внимание.