17 апреля лорд Хоуард получил приказ идти с частью флота на запад, чтобы соединиться с плимутской эскадрой Дрейка. В районе Дуврского пролива он оставил эскадру лорда Генри Сеймура, который должен был блокировать действия фландрской флотилии герцога Пармы. Флагманом Сеймура был новый галеон «Рейнбоу». Вице-адмиралом эскадры был назначен сэр Генри Палмер, державший свой флаг на 400-тонной «Антилопе», а контр-адмиралом — сэр Уильям Уинтер, командовавший 450-тонным «Вангардом» (он сменил Ричарда Хокинса, командовавшего «Своллоу»), Кроме того, в составе эскадры Сеймура находились еще 14 королевских судов разных типов и размеров, а именно: «Бул» — 200 тонн, капитан Джереми Тёрнер; «Тайгер» — 200 тонн, капитан Джон Восток; «Трамонтана» — 150 тонн, капитан Лак Уорд; «Скаут» — 120 тонн, капитан Генри Эшли; «Эшейтс» — 100 тонн, капитан Грегори Риггс; «Чарлз» — 70 тонн, капитан Джон Робертс; «Спай» — 50 тонн, капитан Амброуз Уорд; «Мерлин» — 50 тонн, капитан Уолтер Гауэр; «Сан» — 40 тонн, командир мистер Ричард Баклер; «Джордж» — 100 тонн, командир мистер Ричард Ходжес; судно «Фэнси»; кеч; 90-тонная бригантина под командованием капитана Томаса Скотта и галера «Бонаволия», переданная под командование Уильяма Бороу. К концу апреля к эскадре Сеймура присоединились также два десятка частных судов из пяти портов и гаваней восточного побережья. Таким образом, располагая примерно сорока судами, он смог надежно прикрыть берега восточных и юго-восточных графств, а также подступы к столице.

Тем временем Дрейк по трем независимым каналам получил свежие разведданные о том, что испанцы, ведя переговоры с английскими посланниками во Фландрии, в то же время не прекращают снаряжение кораблей Великой армады. Вооружившись пером, сэр Фрэнсис решил написать о своих тревогах Елизавете. Он убеждал ее величество в лживости испанских дипломатов и просил не доверять Парме. Передать письмо королеве должен был Уильям Феннер, капитан «Эйда», отправившийся в Лондон 28 апреля.

Очевидно, Елизавета прониклась беспокойством Дрейка. Членам совета было предложено пересмотреть ранее принятый план морской кампании с учетом его предложений.

В начале мая Дрейк и сам отправился в столицу, оставив плимутскую эскадру под командованием своих заместителей — капитанов Томаса Феннера и Роберта Кросса, занимавших посты вице-адмирала и контр-адмирала. Появившись при дворе, он тут же начал отстаивать свой прежний план нанесения удара по испанцам у их собственных берегов. Хотя лорд-адмирал не разделял идей Дрейка, королева стала на сторону последнего. Пересмотр прежних решений был зафиксирован в резолюции совета от 10 мая. Эта резолюция, в частности, предусматривала создание продовольственных резервов; обязывала власти портовых городов снабжать корабли флота всеми необходимыми припасами (при этом кораблям, имевшим двухмесячный запас провианта, разрешалось оставаться у берегов Англии, а располагавшие трехмесячным запасом должны были присоединиться к флоту лорд-адмирала); предписывала объединить эскадры Хоуарда и Дрейка в одно крупное соединение. По сути, резолюция стала компромиссом, призванным объединить положения как первоначального правительственного проекта, так и проекта Дрейка. Она развязывала руки лорд-адмиралу, позволяя ему действовать в соответствии с меняющейся обстановкой, и давала возможность сэру Фрэнсису, как заместителю Хоуарда, заняться делом государственной важности в составе объединенного флота.

Дрейк тут же приказал своим флаг-капитанам установить строгий контроль над расходованием продуктов, списать на берег всех нерадивых матросов и набрать на их место тех, кто изъявит желание служить под его началом. Перед возвращением в Плимут он, по всей видимости, добился от королевы согласия на организацию похода к берегам Испании.

В документах той эпохи сохранились сведения о том, из чего состоял рацион английских моряков. Ежедневно моряку полагались один галлон пива и фунт сухарей; в воскресенье, вторник и четверг — два фунта соленой говядины; в среду, пятницу и субботу — «четверть сушеной трески или одна восьмая свежей трески», а также брынза и масло; в понедельник — фунт соленой свинины с горохом.

23 мая близ Плимута появился флот лорда Хоуарда. Дрейк вышел ему навстречу со своей эскадрой. Раздались выстрелы артиллерийского салюта, послышались приветственные крики моряков и солдат, на судах заиграли трубы и начали бить барабаны. Согласно обычаю сэр Фрэнсис спустил свой флаг, отдав, таким образом, честь лорд-адмиралу. Хоуард немедленно отправил к нему на одном из своих кораблей вице-адмиральский флаг, удостоверяющий новый статус Дрейка — статус первого заместителя главнокомандующего.

Учитывая, что сэр Фрэнсис Дрейк обладал гораздо большим опытом проведения морских операций, чем лорд Хоуард, логично было бы ожидать, что именно он должен был возглавить английский флот. Однако в ту эпоху первостепенное значение при назначении главнокомандующего имели не личные заслуги, а знатность происхождения. В Испании тоже имелось немало опытных морских командиров, которые могли бы возглавить Великую армаду, но Филипп II, как мы уже отмечали, назначил на должность адмирала одного из самых «породистых» вельмож своего королевства — герцога Медина-Сидония. Елизавета тоже не могла нарушить сложившуюся традицию. Именно поэтому командующим английским флотом стал не Дрейк — сын простого арендатора, а лорд Хоуард. Отношения между лорд-адмиралом и его вице-адмиралом внешне выглядели подчеркнуто уважительными. «Я не могу не сказать Вам, — писал лорд-адмирал Уолсингему, — как сердечно и приятно сэр Фрэнсис Дрейк держит себя, а также с какой преданностью он служит Ее Величеству и мне, имея в виду пост, который я занимаю; поэтому я умоляю Вас написать несколько слов благодарности в частном письме к нему». Тем не менее различные малозаметные нюансы дают основания предполагать, что сэр Чарлз относился к сэру Фрэнсису как к «выскочке» (например, в своей «Реляции» он нигде не упоминает о его чине вице-адмирала), а Дрейк был не очень высокого мнения о флотоводческих способностях своего непосредственного начальника. Наверное, именно поэтому он в ходе последующих событий пытался вести себя как независимый командир, игнорируя отдельные инструкции и «рекомендации» Хоуарда.

Флот, который лорд Хоуард привел в гавань Плимута, насчитывал, по данным Дж. Корбетта, 11 больших королевских кораблей и восемь королевских пинасов, 16 больших приватных кораблей и четыре пинаса лондонской эскадры, семь кораблей и пинасов (включая 140-тонный флагманский «Уайт лайон» лорд-адмирала), снаряженных на средства Хоуарда и других частных инвесторов и временно переданных ими королевскому флоту, а также суда, реквизированные в портах южного побережья или прибывшие из Бристоля и других портов западного побережья. В целом этот дивизион мог состоять более чем из сорока галеонов и кораблей, не считая двух десятков малых судов. Плимутская эскадра Дрейка насчитывала, по разным данным, от сорока до шестидесяти судов разных типов, включая пинасы. Четыре официальных списка кораблей этой эскадры свидетельствуют, что под командованием сэра Фрэнсиса находилось около тридцати «частников», среди которых примерно 14 судов имели грузоподъемность более 200 тонн. Самыми крупными среди них были 400-тонные «Мерчент ройял» и «Галеон Лейстер»; грузоподъемность еще шести кораблей варьировалась от 140 до 200 тонн. Кроме «частников» в составе эскадры Дрейка было пять королевских галеонов и два королевских пинаса. Объединенные эскадры Хоуарда и Дрейка, таким образом, насчитывали не менее ста кораблей, включая 16 крупных кораблей королевского флота. Общая численность команд доходила до десяти тысяч человек.