Перед Караваджо неожиданно открылась величайшая возможность решить разом все свои проблемы написанием вполне ортодоксального произведения в духе идей Контрреформации и заручиться высоким покровительством влиятельного вице-короля и, чем чёрт не шутит, самого Филиппа III. Отложив в сторону остальные дела, он приступил к работе над «Распятием апостола Андрея» (202,5x152,7). Вспомнив свои картины на тему мученичества святых апостолов в римских церквях Сан-Луиджи деи Франчези и Санта-Мария дель Пополо, он вынужден был вновь обратиться к книге Иакова Ворагинского «Золотая легенда», рассказывающей о последних днях жизни апостола Андрея, когда, будучи осуждённым на медленную смерть на кресте, он продолжал проповедовать Христово учение собравшимся толпам людей. Напуганный массовыми волнениями проконсул Эгей пришёл ночью к месту казни и приказал снять апостола с креста, чтобы положить конец его проповедям перед народом.

Полная драматизма ночная сцена развёртывается на фоне сплошного мрака, через который справа прорываются зловещие сполохи. Подвешенный на верёвках за руки к кресту апостол Андрей написан в полный рост. Выбранная точка зрения такова, что все остальные персонажи, равно как и зритель, вынуждены смотреть на апостола снизу вверх, запрокинув голову. У подножия креста стоит проконсул Эгей в стальных латах и шляпе с плюмажем. На его латах отблески ночных сполохов. Он смотрит на апостола, который, как сказано в «Золотой легенде», говорит ему:

— Зачем пожаловал, Эгей? Если пришёл покаяться — похвально, но если вознамерился снять меня, то знай, что живым я не сойду с креста.

Один из палачей, стоя на прислонённой к кресту лестнице, готов по приказу проконсула развязать руки апостолу, но ничего не может поделать, словно его парализовало. Другому палачу внизу также не удаётся развязать верёвку на ногах приговорённого к смерти мученика. За спиной Эгея стоит его слуга, но у него, как это часто можно видеть на картинах мастера, высвечено только ухо, дабы слуга не упустил ни одного приказания хозяина. В работе над картиной автор, видимо, запамятовал, что апостол Андрей принял мученическую смерть не на латинском кресте, на котором был распят Христос, а на кресте decussate, имеющем форму римской цифры X и получившем впоследствии наименование андреевского.

Очень выразительно написана старая крестьянка, смотрящая снизу на предсмертные муки апостола. На её шее со вздувшимися жилами выделяется зоб — заболевание довольно распространённое среди неаполитанской бедноты, как и среди жителей Паданской равнины, где прошло детство Караваджо. Кроме того, считается, что святой Андрей был целителем болезни щитовидной железы. В своё время, расписывая плафон Сикстинской капеллы, на эту тему шутливо отозвался Микеланджело Буонарроти в одном из сонетов:

Несмотря на все старания Караваджо, ожидаемый гимн вере не прозвучал и нужный результат не был достигнут. Как ни велико было желание потрафить чванливому заказчику, чей профиль, вероятно, был придан проконсулу, он не смог пойти на сделку с совестью и пересилить себя, сохранив верность своим воззрениям на искусство. Когда готовая картина была доставлена во дворец, при первом же взгляде на неё вице-король обомлел — на него пахнуло ненавистным ему народным духом голытьбы. Где же героическая смерть святого апостола во имя торжества веры? К чему на картине эта страшная зобастая старуха? Но делать нечего — он уже пообещал архиепископу Амальфи, что картина будет показана в дни поминовения апостола и возвращения его мощей в отреставрированную крипту собора. Вице-королю пришлось поневоле распорядиться об отправке в конце ноября «Распятия апостола Андрея» в этот городок километрах в семидесяти южнее Неаполя, куда ожидалось прибытие на торжества самого Филиппа III. Как выяснилось позже, непогода не позволила королю отправиться в плавание, чему был особенно рад трусоватый Хуан Альфонсо.

Картина была выставлена на всеобщее обозрение в соборе Амальфи, и там произошло то, что смешало все планы вице-короля. В отличие от него огромные массы верующих прониклись истинно народным духом картины, увидев в образе апостола-мученика своего защитника от бед и произвола испанцев. Вместо намеченных торжеств начались массовые волнения, которые были подавлены силой. Случилось то, о чём поведал средневековый автор «Золотой легенды» — апостол Андрей, выразительно запёчатлённый Караваджо, продолжал нести слово Божие народу. Вызвавшая беспорядки провинившаяся картина ночью была тайком вывезена из взбунтовавшегося города.

По завершении срока пребывания на посту вице-короля Хуан Альфонсо де Бенавенте 11 июля 1610 года покинул Неаполь и увёз картину к себе на родину в Вальядолид, хотя считалось, что мизерный гонорар на неё был оплачен казной и «Распятие апостола Андрея» должно была бы остаться в Италии. В 1653 году после кончины графа Бенавенте была произведена опись, в которой среди прочих принадлежавших ему картин значилась работа Караваджо, оценённая в полторы тысячи скудо, что намного превышало цену, установленную за работы Рубенса, Эль Греко и Босха из той же коллекции. Известно, что оценку производил один из друзей семьи Веласкеса.

Тем временем обласканный заказчиками Караваджо с маниакальным упорством трудился не покладая рук. В неаполитанских архивах можно встретить упоминание имени художниках лишь в связи с подписанием контрактов или выплатой ему гонораров. Но непривычно не обнаружить ни одного протокола о задержании за противоправные действия, с чем приходилось часто сталкиваться римской полиции. В Неаполе художник настолько был поглощён делом, что почти не покидал мастерскую, если судить по количеству написанных им работ. Сохранился документ от 11 мая 1607 года, подписанный Томмазо де Франкисом, ещё одним из учредителей благотворительной конгрегации. В нём говорится о выплате Караваджо двухсот девяносто пяти скудо в качестве гонорара за картину «Бичевание Христа» (286x213). Это самая крупная по габаритам из четырёх-пяти работ, созданных в течение зимы и весны на тему Страстей Господних. К тому же периоду следует также отнести две другие его картины — «Саломея с головой Иоанна Крестителя» (91,5x106,7) и вторично написанного, но утерянного «Святого Себастьяна». Нетрудно заметить, что для Саломеи ему позировала та же натурщица, что и для «Семи дел Милосердия». Несмотря на драматизм сюжета, картина написана в сдержанной манере, а центром композиции является голова Иоанна Крестителя на медном блюде с выражением застывшей скорби на лице.

Несмотря на шумный успех в Неаполе, мысль о возвращении в Рим как идея фикс не покидала его, и он прилагал все силы, совершенствуя мастерство, чтобы добиться через высокопоставленных заказчиков отмены смертного приговора. Тема физической боли, страдания и казни была конгениальна Караваджо. Эти чувства нашли отражение и в его выдающемся творении «Бичевание Христа». Вертикальная композиция из четырёх фигур в полный рост преисполнена драматизма и динамики. Впечатляет мощная фигура обнажённого Христа, привязанного к колонне и источающего такую духовную силу, что истязатели от неожиданности оторопели и на миг прервали бичевание, а один из них даже выронил плеть. Из радиографического анализа, проделанного лет двадцать назад, следует, что автор намеревался дать изображение заказчика, смотрящего на Христа из-под руки одного из палачей справа, но в последний момент отказался от этой идеи, нарушающей заданный ритм. Картина в течение долгих лет находилась в соборе Сан-Доменико Маджоре в фамильной часовне де Франкисов, пока не была после реставрации перенесена в музей Каподимонте. Искусствовед Лонги считал это произведение одним из самых впечатляющих у Караваджо по выраженным чувствам, в котором «жестокость и беспомощность, зверство и постоянный страх перед Богом находятся друг с другом в постоянном противоречии».[73]